Aktivieren Sie zunächst die Conda-Umgebung, indem Sie den Befehl in das Terminal eingeben. Verwenden Sie den Befehl, um ein interaktives Python-Notebook zu öffnen. Erstellen Sie ein neues Python-Notebook im gewünschten Ordner und geben Sie einen entsprechenden Namen an.
Importieren Sie dann die Python-Datei mit den Ausrichtungsfunktionen, indem Sie den Befehl in der ersten Zelle ausführen. Bei Verwendung von Knospungsdaten als Zellzyklusphasendaten. Importieren Sie einen Datenrahmen, der den Prozentsatz enthält, der zu jedem Zeitpunkt geknospet wurde, indem Sie den Befehl in einer neuen Zelle ausführen.
Richten Sie dann die knospenden Daten an einer Zeitskala eines Lebenslinienpunkts aus, indem Sie die Funktion in eine neue Zelle eingeben. Importieren Sie als Nächstes den experimentellen Datenrahmen in das Notebook, indem Sie den Befehl in einer neuen Zelle ausführen. Richten Sie die experimentellen Daten an einer Zeitpunktskala der Lebenslinie aus, indem Sie die Funktion in eine neue Zelle eingeben.
Geben Sie dann den Befehl in eine neue Zelle ein, um den an der Lebenslinie ausgerichteten Datensatz herunterzuladen. Die knospenden Daten, die aus der RNAseq von Condition 2 gesammelt wurden, zeigten den Prozentsatz, der im Laufe der Zeit sowohl für die nicht ausgerichtete Zeitskala in Minuten als auch für die ausgerichtete Zeitskala in Lebenslinienpunkten angestoßen wurde. Die Durchflusszytometriedaten, die für den Datensatz "Bedingung 2" gesammelt wurden, der für einen ausgewählten Zeitpunkt aufgetragen wurde, zeigten, dass die Daten mit der durch das Alignment bestimmten Phase übereinstimmten.
