Bevor Sie die SCRAP-Installation auf der Mac OSX-Plattform starten, führen Sie den Befehl git im Terminal aus, um die Existenz von Git zu bestätigen. Um die Miniconda-Installation zu überprüfen, geben Sie im Terminal die Conda ein. Anweisungen zur Installation von Miniconda finden Sie in der Markdown-Datei für das Plattform-Setup im Meffert Lab GitHub Repository für die Installation unter Windows, Mac OS und Ubuntu Verwenden Sie für Mac-Systeme mit dem Home Brew Package Manager den Befehl brew install miniconda, um Miniconda zu installieren.
Um Conda zu installieren, führen Sie conda init aus, geben Sie die verwendete Shell an, schließen Sie die Shell und öffnen Sie sie erneut. Bei einer erfolgreichen Installation wird die Basisumgebung angezeigt, die in der Terminalsitzung aktiviert wurde. Führen Sie als Nächstes den angegebenen Git-Klon aus, um die neueste Kopie des SCRAP-Quellcodes zu erhalten.
Installieren Sie Mamba, einen verbesserten Paket-Solver für Conda. Installieren Sie mit dem folgenden Befehl alle Abhängigkeiten für SCRAP von SCRAP_environment. yml in eine eigene Conda-Umgebung.
Verwenden Sie als Nächstes das angegebene Bash-Skript, das spezifisch für den Organismus ist, dessen SNC-RNA-mRNA-Interaktionen auf SCHROTT analysiert werden. Geben Sie das Verzeichnis des SCRAP-Quellordners an und führen Sie die Installationsschritte mithilfe der Dateien in den FASTA- und Annotationsordnern durch. Stellen Sie sicher, dass der Verzeichnispfad vollständig ist und mit einem Schrägstrich endet.
Weitere Informationen finden Sie in den Tabellen in der ReadMe-Datei. md für die korrekten miRBase-Spezies-Abkürzungen. Für ein aktualisiertes Referenzgenom verwenden Sie den UCSC Genome Browser oder den NCBI Genome Data Hub.
Überprüfen Sie die entsprechende Spezies.Annotation. bed-Dateien im Annotationsverzeichnis im SCRAP-Quellordner. Wenn eine andere Spezies analysiert werden muss, geben Sie eine angegebene Datei an.
Verwenden Sie nach der Installation von Abhängigkeiten und SCRAP das angegebene Skript, um die SCRAP-Analyse mit der angegebenen Befehlsstruktur zu initiieren. Listen Sie den vollständigen Pfad zu den Beispielverzeichnissen ohne Abkürzung auf, und formatieren Sie die Beispielverzeichnisse so, dass der Ordnername mit dem Beispielnamen übereinstimmt. Heben Sie hervor, dass der aufgeführte Pfad zu dem Verzeichnis führt, das alle Beispielordner enthält, und nicht zu einem einzelnen Beispielordner oder einer einzelnen Beispieldatei.
Listen Sie als Nächstes den gesamten Pfad zur Adapterdatei auf. Stellen Sie sicher, dass die Beispielnamen in der Adapterdatei mit den zuvor genannten Ordnernamen und Dateinamen übereinstimmen. Geben Sie den Probentyp an, entweder ein paariges Ende oder ein einzelnes Ende, und geben Sie die Auswahl der RNA-Filter für Prä-mRNAs, tRNAs und optional die RNA-Reinigung an.
Listet den gesamten Pfad zum Referenzverzeichnis auf. miRBase-Abkürzung und die Referenzgenom-Abkürzung.
