Öffnen Sie zunächst die Datenanalysesoftware. Klicken Sie in der oberen linken Ecke auf die Schaltfläche Datei und wählen Sie Öffnen. Um die gewünschten Dateien auszuwählen, klicken Sie mit der rechten Maustaste auf den Dateinamen und wählen Sie Eigenschaften.
Wählen Sie dann den Kalibrierungsstatus aus. Wählen Sie in der Dropdown-Box die Option Interne Kalibrierung für das Massenspektrometer aus. Stellen Sie sicher, dass alle Fehler kleiner als ein Teil pro Million sind.
Wählen Sie danach die interne Mobilitätskalibrierung aus, und bestätigen Sie, dass der Fehler weniger als ein Teil pro Million beträgt. Klicken Sie anschließend mit der rechten Maustaste auf das Chromatogramm und wählen Sie Chromatogramm bearbeiten. Klicken Sie bei Typ auf das Dropdown-Feld und wählen Sie extrahiertes Ionenchromatogramm aus.
Wählen Sie unter Filter die Option Alle MS aus, und wählen Sie für den Scan-Modus Alle aus, um die Peaks für das gewünschte Molekül und nicht nur für seine Fragmente anzuzeigen. Es gibt zwei Filteroptionen für die Molekülauswahl, Massen oder Formel. Wenn Massen ausgewählt ist, wählen Sie das theoretische M über Z des interessierenden Moleküls, in diesem Fall 829,7985.
Wenn die Formel ausgewählt ist, wählen Sie die Formel für das Molekül und die interessierenden Ionenformen, in diesem Fall Ammonium. Wählen Sie für die Breite das Plus- oder Minuszeichen eins aus. Stellen Sie bei der Polarität sicher, dass der positive Modus beibehalten wird.
Wählen Sie unter Mobilität die Werte 1,455 bis 1,465 aus, um das interessierende Molekül zu isolieren und Moleküle herauszufiltern, die nicht innerhalb dieser Werte liegen. Sobald die Parameter ausgewählt sind, klicken Sie oben rechts auf Ändern und dann auf OK. Nach kurzer Zeit verarbeitet die Software die Selektionen und gibt ein Chromatogramm aus.
Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Grundlinie des Ursprungs des interessierenden Peaks und ziehen Sie den Peak, während Sie bis zum Ende des Peaks halten, um ein Live-Massenspektrum von Fragmenten innerhalb dieser Retentionszeit zu erhalten. Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf der linken Seite des Bildschirms auf Mobilogramm und wählen Sie Mobilogramm bearbeiten. Ein Fenster mit dem Namen "Mobilogramm-Ablaufverfolgungen bearbeiten" wird angezeigt.
Befolgen Sie die zuvor gezeigten Schritte. Geben Sie für die Retentionszeit die Retentionszeit des Peaks of Interest ein. Sobald die Parameter ausgewählt sind, klicken Sie oben rechts auf Hinzufügen und dann auf OK.
Warten Sie, bis die Software die Auswahl verarbeitet und ein Chromatogramm ausgibt. Wiederholen Sie zum Extrahieren von Ionen die zuvor gezeigten Schritte, bis eine Liste von Ionen gebildet ist. Wählen Sie am unteren Rand des MS-Fensters Profil MS und Fragment MS aus, um eine Spektrumansicht der Ionen aus einem vollständigen Scan und passiv zu ermöglichen.
Klicken Sie für die Spektralansicht mit der rechten Maustaste und wählen Sie zusammengesetzte Spektren kopieren. Die Spektraldaten, die auf der rechten Seite angezeigt werden, können weitere Informationen über die Verbindung liefern, z. B. Auflösungsvermögen, Intensität und Signal-Rausch-Verhältnis. Um die Daten zu verarbeiten, müssen Sie das Chromatogramm und die Mobilitätsspitzen manuell integrieren, um wertvolle Informationen über das interessierende Molekül zu erhalten.
Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf Linkssuchen, Suchen und manuelles Chromatogramm oder Mobilogramm auswählen. Klicken Sie mit der linken Maustaste und markieren Sie den gewünschten Peak. Zu den erhaltenen Informationen gehören die Retentionszeit, die Fläche, das Signal-Rausch-Verhältnis und die Mobilität.
