Öffnen Sie zunächst die mitochondrialen Zeitrafferbilder in Bild J2.1.0. Trennen Sie Positionsstapel basierend auf dem Sichtfeld, indem Sie zur Menüleiste navigieren und auf Bild klicken. Gehen Sie dann zu Duplizieren, Slice eingeben oder Frame-Nummer und klicken Sie auf OK. Zeichnen Sie als Nächstes mit dem Werkzeug Freie Auswahl einen Interessenbereich um die Zelle.
Um das Makro auszuführen, öffnen Sie Image J, navigieren Sie zur Menüleiste und klicken Sie auf Plugins, Makros und Ausführen. Wählen Sie dann Hintergrund löschen und speichern Sie das MAKRO des Bildes. Um die Pixelgröße und die Voxeltiefe zu bestimmen, öffnen Sie Bild J und wählen Sie Bild.
Rufen Sie die Menüleiste auf, wählen Sie Bild und klicken Sie auf Eigenschaften. Nachdem Sie die Pixelgröße und die Voxeltiefe bestimmt haben, zeichnen Sie mit dem Werkzeug "Freie Auswahl" einen Interessenbereich, der die gesamte Zelle umfasst, um die gesamte Zelle in alle 15 Frames einzubeziehen. Navigieren Sie zur Menüleiste, klicken Sie auf Plugins, Makros und wählen Sie Hintergrund löschen und speichern Sie das MAKRO des Bildes.
Wählen Sie den gewünschten Speicherordner aus und klicken Sie auf Speichern, um die Datei im TIFF-Format zu speichern. Erstellen Sie dann drei Hauptordner mit den Titeln "Alle Spuren", "Perinukleare Spuren" und "Telenukleare Spuren". Erstellen Sie einen nummerierten Unterordner für jedes Bild, das in jedem Hauptordner verarbeitet werden soll, beginnend mit einem.
Fügen Sie jedem Image-Ordner eine Kopie der beiden ergänzenden Dateien für die Routinenoptimierung hinzu. Um die Standardversion der Mattendatei zu identifizieren oder zu ändern, navigieren Sie im Abschnitt Umgebung zur Registerkarte Start und klicken Sie auf Einstellungen. Wählen Sie dann MATLAB aus.
Öffnen Sie die MATLAB-Software auf dem Computer, navigieren Sie zur Menüleiste, wählen Sie Apps aus und öffnen Sie Mitometer. Wählen Sie 3D starten und legen Sie die Pixelgröße auf 0,1395089 Mikrometer, die Zeit zwischen den Frames auf 15 Sekunden, die Anzahl der Z-Ebenen auf 8 und den axialen Abstand zwischen den Z-Ebenen auf 0,418809 Mikrometer fest. Wählen Sie die einzugebenden Bilder aus.
Gehen Sie nun zum Mitometer-Seitenmenü, wählen Sie Bild und klicken Sie auf Hervorgehoben auswählen. Navigieren Sie zur Mitometer-Menüleiste, wählen Sie Tracks auswählen gefolgt von Track-Ansichten. Wählen Sie dann aus allen Spuren, telenuklearen oder perinuklearen Optionen.
Speichern Sie die Ergebnisse in einer Textdatei, indem Sie In txt speichern auswählen, und extrahieren Sie die Ergebnisdateien in die erstellten Ordner. Bereiten Sie die zufällige xlsx-Datei vor, die den Schlüssel für die Bildkodierung enthält. Fügen Sie eine Folge aufeinanderfolgender ganzer Zahlen, beginnend mit eins, in Spalte A ein und füllen Sie Spalte B mit alphanumerischen Zeichen, die die analytischen Variablen bilden.
Doppelklicken Sie auf die ausführbare Datei mlx, geben Sie die Anzahl der Ordner ein, klicken Sie auf Verzeichnis des Ordners angeben und wählen Sie Verzeichnis speichern. Wählen Sie den Namen der Tabelle in der Ausgabedatei aus und klicken Sie auf Ausführen. Führen Sie anschließend die erforderliche statistische Analyse durch.
Repräsentative Bilder der Mitochondrien nach der Behandlung, entsprechende Oberflächendiagramme und automatisierte Segmentierung werden präsentiert. Eine signifikante Abnahme der durchschnittlichen Mitochondrienlänge wurde in mit AM580 behandelten Zellen beobachtet. Die mitochondriale Oberfläche nahm in Zellen, die mit AM580 und BMS493 behandelt wurden, signifikant ab.
Die für das mitochondriale Volumen normalisierte TMRM-Intensität zeigte eine signifikante Abnahme der mit Retinsäure und CH55 behandelten Zellen.
