Bildanalyse in der Gen5-Software zur Analyse des Ansprechens auf Medikamente in patienteneigenen Organoiden mittels Multiplex-Lebendzell-Bildgebung

Bilden Sie zunächst die fluoreszenzmarkierten PDOs mit dem Cytation 5 Lebendzell-Bildgebungssystem ab. Starten Sie dann die Gen5-Software. Navigieren Sie zu Experimente, und klicken Sie im Task-Manager auf Öffnen.

Öffnen Sie das gewünschte Experiment, und wählen Sie Platte und dann Ansicht in der Symbolleiste aus. Wechseln Sie dann das Dropdown-Menü Daten zu Z-Projektion. Doppelklicken Sie auf ein ausgewähltes Well.

Wählen Sie Analysieren aus. Klicken Sie auf Ich möchte einen neuen Schritt zur Reduzierung von Bildanalysedaten einrichten, und klicken Sie auf OK.In Analyseeinstellungen, legen Sie den Typ auf Zellularanalyse und den Erkennungskanal auf Z Projection transformiertes TSF-Hellfeld fest. Klicken Sie auf Optionen, um die primäre Masken- und Zählseite zu öffnen.

Aktivieren Sie Auto im Schwellenwertfeld und klicken Sie auf OK, um das Popup-Fenster zu schließen. Definieren Sie unter Objektauswahl minimale und maximale Objektgrößen, um Zellkörper oder einzelne Zellen herauszufiltern, und wählen Sie nach Bedarf andere Features aus. Klicken Sie anschließend auf Übernehmen und die maskierten Objekte werden hervorgehoben.

Um eine Subpopulationsanalyse in der Symbolleiste für die Mobilfunkanalyse einzurichten, klicken Sie auf Berechnete Metriken. Klicken Sie dann unten rechts auf Relevante Metriken auf Objektebene auswählen oder erstellen. Wählen Sie aus den verfügbaren Objektmetriken die gewünschten Metriken aus, z. B. Zirkularität, und klicken Sie auf Einfügen.

Klicken Sie zur Bestätigung auf OK. Wählen Sie als Nächstes in der Symbolleiste für die Mobilfunkanalyse die Option Subpopulationsanalyse aus, und klicken Sie auf Hinzufügen, um eine neue Subpopulation zu erstellen. Geben Sie einen Namen für die Teilpopulation ein.

Klicken Sie in den Objektmetriken auf Bedingung hinzufügen, um eine ausgewählte Metrik hinzuzufügen. Geben Sie die gewünschten Parameter in das Fenster Bedingung bearbeiten ein und klicken Sie auf OK. Wählen Sie die gewünschten Ergebnisse in der Tabelle am unteren Rand des Fensters aus und klicken Sie auf OK, gefolgt von Übernehmen. Wählen Sie unter Objektdetails die angegebene Teilpopulation aus, um die Maskierung anzuzeigen.

Wenn Sie zufrieden sind, klicken Sie im Fenster Mobilfunkanalyse auf OK und dann auf Schritt hinzufügen, um die Analyse auf alle Wells anzuwenden.