Starten Sie zunächst die Bildverarbeitungssoftware, wählen Sie die Datei aus, öffnen Sie dann die Daten und wählen Sie die zuvor generierten Micro-CT-gescannten Bilder im Punkt-BMP-Format aus. Wenn sich das Fenster der Bildleseparameter öffnet, bestätigen Sie die Parameter und bestätigen Sie, wenn sie korrekt sind. Klicken Sie im Hauptfenster auf Projektansicht, um ein neues Objekt zu finden, das mit dem Namen der Punkt-BMP-Datei erstellt wurde.
Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf das erstellte Objekt, wählen Sie die Option Ortho-Slice und klicken Sie dann auf Erstellen. Wählen Sie unter Eigenschaften die Ausrichtungsebene und die anzuzeigende Schnittnummer aus. Um 3D-Volumen des gesamten Kopfes im Hauptfenster zu erhalten, gehen Sie zur Projektansicht, klicken Sie mit der rechten Maustaste auf das Bildobjekt, wählen Sie die Option "Interaktiver Schwellenwert" und klicken Sie auf "Erstellen".
Ändern Sie unter Eigenschaften die Werte für den minimalen Schwellenwert RGB und den maximalen Schwellenwert RGB, bis der Teil des Bildes ausgewählt ist, der dem Kopf des Tieres entspricht. Wählen Sie dann Anwenden aus. Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf das Schwellenwertobjekt, das in der Projektansicht erstellt wurde.
Wählen Sie in den Eigenschaften Isosurface aus, wählen Sie einen Schwellenwert aus, um die Oberfläche zu visualisieren, und klicken Sie dann auf Anwenden. Um die Orientierungspunkte zu digitalisieren, klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Projektansicht, wählen Sie Objekt erstellen, wählen Sie dann Punkte und Linien gefolgt von Orientierungspunkten aus und klicken Sie dann auf Erstellen. Klicken Sie dann mit der rechten Maustaste auf die neuen Objekt-Orientierungspunkte.
Wählen Sie die Orientierungspunktansicht und klicken Sie auf Erstellen. Ändern Sie unter Größe die Punktgröße. Um Orientierungspunkte in Eigenschaften hinzuzufügen, wählen Sie im Bearbeitungsmodus Hinzufügen aus.
Digitalisieren Sie fünf gleichmäßig verteilte Punkte um die Kurven bis zum nächsten Orientierungspunkt am Mittelhirnkortex-Schnittpunkt, dann digitalisieren Sie acht Halblandmarken um den Kortex. Um die digitalisierten Punkte zu speichern, klicken Sie mit der rechten Maustaste auf Objektorientierungspunkte und wählen Sie Daten speichern. Um das Gehirn zu segmentieren, klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Projektansicht, gefolgt von Objekt erstellen, wählen Sie Bilder und Felder aus und beschriften Sie das Feld.
Klicken Sie auf Erstellen. Wählen Sie das Beschriftungsfeldobjekt aus und klicken Sie in den Eigenschaften auf die Option Segmentierungseditor. Fügen Sie unter Materialien ein neues Material hinzu und benennen Sie es in Gehirn um.
Wählen Sie unter Auswahl die aktuelle Scheibe aus, um das Gewebe zu segmentieren, das dem Gehirn in jeder Schicht entspricht. Verwenden Sie in Werkzeugen den Zauberstab und den Pinsel, um das Gehirngewebe in jeder Scheibe auszuwählen. Drücken Sie dann unter Auswahl auf Hinzufügen.
Kehren Sie nun zur Projektansicht zurück, klicken Sie mit der rechten Maustaste auf das Beschriftungsfeld, wählen Sie Oberfläche generieren und klicken Sie dann auf Übernehmen. Sobald die Oberfläche erhalten ist, wenden Sie die Extraktionsoberfläche an, um sie zu exportieren. Mit Mikro-CT-Scans können trotz der geringen Größe des neonatalen Mäusegehirns die anatomischen Strukturen wie Riechkolben, Kortex, Mittelhirn, Kleinhirn und Hinterhirn unterschieden werden.
Die manuelle Segmentierung des gesamten Gehirns führte zur 3D-Modellrekonstruktion des Gehirns der Neugeborenen.
