1 Starten Sie zunächst die Cytoscape 3.9.1 Software2 auf dem Desktop und importieren Sie die tsv-Datei 3 mit den Kernproteinen des Anusekzems. 4 Klicken Sie auf die Stilleiste in der Systemsteuerung 5, um Farbe, Schriftart und Größe der Netzwerkknoten zu optimieren. 6 Für die Analyse der Netzwerktopologie verwenden 7 die Funktion Netzwerk analysieren.
8 Um Hub-Gene zu erhalten, verwenden Sie CytoHubba 9 und etablieren Sie das Zielnetzwerk für die Arzneimittelkomponente Krankheit. 10 Öffne die Metascape-Website. 11 Wählen Sie eine Datei aus oder fügen Sie eine Genliste in das Dialogfeld 12 ein und klicken Sie auf die Schaltfläche Senden.
13 Wählen Sie dann H.sapiens sowohl in der Eingabe als Spezies 14 als auch in der Analyse als Spezies 15 aus und aktivieren Sie die benutzerdefinierte Analysefunktion. 16 In der Anreicherungsoption 17 wählen Sie GO molekulare Funktionen, GO biologische Prozesse, 18 GO zelluläre Komponenten und die KEGG Pathway-Datenbank aus. 19 Aktivieren Sie Select Selective GO Clusters, 20 und klicken Sie auf die Schaltfläche Anreicherungsanalyse.
21 Rufen Sie nach Abschluss des Fortschrittsbalkens 22 eine Seite mit dem Analysebericht auf und klicken Sie auf 23, um die Anreicherungsergebnisse abzurufen. 24 Öffnen Sie das GEO2R-Tool, um 25 zu durchsuchen und die GEO-Genchip-Datenbank zu analysieren. 26 Öffne die GEO-Datenbank-Website.
27 Geben Sie dann das Stichwort oder den GEO-Zugang 28 ein und klicken Sie auf den Suchbutton. 29 Wählen Sie das am besten passende Ergebnis aus, 30 und suchen Sie die Referenzreihe. 31 Geben Sie nun auf der Website des GEO2R-Tools 32 die Referenzreihe in das GEO-Zugangsfeld 33 ein und klicken Sie auf die Schaltfläche Setzen.
34 Wählen Sie atopische Dermatitis als Versuchsgruppe 35 und nicht-atopische Kontrolle als Kontrollgruppe. 36 Klicken Sie auf die Schaltfläche "Analysieren" und warten Sie, bis die Ergebnisse angezeigt werden. 37 KEGG- und GO-Anreicherungsanalysen von 59 Schlüsselzielen 38 identifizierten 218 Signalwege und über 3.000 biologische Prozesse, 39 zeigten signifikante Signalwege bei SDG und Analekzemen.
40 GO-Analysen zu biologischen Prozessen, Zellzusammensetzung, 41 und molekularer Funktion 42 betonten gemeinsame Ziele bei SDG und Analekzemen. 43 Zu den relevanten biologischen Funktionen gehörten die Peptidyl-Tyrosin-44-Phosphorylierung und die Regulation der Zell-Zell-Adhäsion.
