1 Um zu beginnen, 2 öffne die Datenbank für traditionelle chinesische Medizin Systeme 3 Pharmakologie. 4 Suchen Sie mit dem Suchfeld für chemische Namen 5 nach den ausgewählten Bestandteilsnamen 6, um die entsprechenden 3D-Strukturdateien 7 im Mol2-Format herunterzuladen. 8 Um die Kristallstrukturen der Schlüsselziele herunterzuladen, 9 öffnen Sie die RCSB-Proteindatenbank.
10 Suchen Sie im Suchfeld 11 nach den Zielnamen 12 und laden Sie die entsprechenden 13 Kristallstrukturdateien im PDB-Format herunter. 14 Importieren Sie Inhaltsstoffe und Zielstrukturdateien 15 in die Analysesoftware. 16 Klicke auf "Bearbeiten" und dann auf "Wasser löschen", um Wassermoleküle zu löschen.
17 Um Wasserstoffatome hinzuzufügen, klicken Sie auf Bearbeiten, Wasserstoff und Hinzufügen. 18 Legen Sie die Zutaten als Ligand fest. 19 Wählen Sie ganze Ziele als Rezeptor 20 aus und führen Sie ein blindes Andocken durch.
21 Um den Bereich des molekularen Andockens zu bestimmen, 22 wählen Sie den Rezeptor und den Liganden nacheinander aus. 23 Klicken Sie auf Raster und dann auf Rasterbox, um das Rasterfeld 24 so anzupassen, dass es das gesamte Modell umfasst. 25 Klicken Sie auf Datei und Schließen, um den aktuellen Status der Gridbox 26 zu speichern und die Dateien im GPF-Format zu speichern.
27 Klicken Sie nun auf Run and Run Auto Grid Four, 28 klicken Sie auf Parameter File Name und Browse, 29, um die GFP-Datei auszuwählen. 30 Klicken Sie dann auf die Schaltfläche Starten. 31 Für molekulares Andocken 32 öffnen Sie das Autodokument vier und klicken auf Andocken, Makromolekül, 33 und legen Sie einen starren Dateinamen fest, um den Rezeptor auszuwählen.
34 Klicken Sie dann auf Docking, Ligand und öffnen, 35 oder wählen Sie den Liganden aus. 36 Klicken Sie nun auf Docking 37 und Search Parameters, um die Operationsalgorithmen festzulegen. 38 Klicken Sie dann auf Andocken und Andockparameter 39, um die Andockparameter festzulegen.
40 Wählen Sie die DPF-Datei aus und klicken Sie auf die Schaltfläche Starten. 41 Speichern Sie Dateien im DPF-Format. 42 Klicken Sie auf Analysieren, Andocken, 43 und öffnen, um die DLG-Datei auszuwählen.
44 Klicken Sie dann auf Analysieren und Makromolekül 45, um den Rezeptor zu öffnen. 46 Klicken Sie nun auf Analysieren, Bestätigungen und Spielen, 47 nach Energie geordnet, um die Ergebnisse zu analysieren. 48 Klicken Sie abschließend auf Set Play, 49 und schreiben Sie complex, um die Ergebnisse im PDBQT-Format zu speichern.
50 Importieren Sie die Docking-Dateien in PyMOLE, 51, wählen Sie dann den Liganden aus und klicken Sie auf Aktion, Suchen, 52 Polarkontrakte und auf andere Atome und Objekt 53, um Wasserstoffbrückenbindungen zwischen Liganden 54 und der externen Umgebung anzuzeigen. 55 Klicken Sie auf den einzelnen Buchstaben C, um die Farbe zu ändern. 56 Klicken Sie auf Aktion und Objekt extrahieren.
57 Klicken Sie auf Anzeigen, dann auf Stäbchen, 58, um die Stäbchenstruktur des Rezeptors anzuzeigen, 59 identifizieren Sie die Residuen, die mit Liganden 60 verbunden sind, und zeigen Sie die Stäbchenstruktur an. 61 Klicken Sie dann auf Wizard und Messung 62 und klicken Sie auf zwei Atome nacheinander. 63 Klicken Sie auf Etikett und dann auf Rückstände, um das Etikett der Rückstände anzuzeigen.
64 Passen Sie bei Bedarf die Hintergrundfarbe und die Transparenz an. 65 Klicken Sie abschließend auf Datei und dann auf Bild exportieren als 66, um das Bild zu speichern. 67 In der Gruppe der atopischen Dermatitis ergab die Analyse der GEO-Datenbank 68, dass die Hochregulation 69 von P-P-A-R-G, E-G-F-R, T-N-F 70 und P-T-P-R-C MMP Nine, MAPK 14, 71 und CASP Three herunterreguliert war.
72 Die Docking-Analyse bestätigte die Interaktion 73 zwischen aktiven SDG-Komponenten 74 und potenziellen Zielproteinen 75, was auf ihre bedeutende Rolle bei der Behandlung von analem Ekzem hinweist. 76 Indigo und Berberrubin zeigten eine starke Bindungsaktivität 77 bei einem Energiegehalt von weniger als minus fünf Kilokalorien pro MOL, 78 was ihr therapeutisches Potenzial unterstreicht.
