Laden Sie zunächst die Kristallstrukturen von Xanthatin und Keap1 herunter. Navigieren Sie nach der Verarbeitung der Strukturen durch zwei Aufgaben, und wählen Sie die Option für das Andocken von Liganden aus. Wählen Sie das Rezeptorgitter aus der Datei aus und klicken Sie auf Durchsuchen.
Klicken Sie dann auf Desktop, öffnen Sie den Ordner Molecular Docking und doppelklicken Sie auf die Glide-Grid 2FLU-Datei. Wählen Sie die Glide-Grid 2FLU-ZIP-Datei aus und klicken Sie auf Öffnen. Klicken Sie nun auf Liganden aus Dateien verwenden.
Klicken Sie dann auf Durchsuchen und wählen Sie Desktop aus. Wählen Sie den Ordner "Molecular Docking" aus und öffnen Sie die ligprep_1 Datei. Wählen Sie danach die Datei ligprep_1-out-maegz aus und klicken Sie auf Öffnen.
Greifen Sie auf die Einstellungen zu und wählen Sie die Option XP, zusätzliche Präzision. Ändern Sie den Auftragsnamen so, dass er gleitet. xp2flu und klicken Sie dann auf Ausführen.
Um die Docking-Ergebnisse anzuzeigen, klicken Sie auf Datei und wählen Sie Optionen für Importstrukturen. Navigieren Sie zum Desktop und öffnen Sie den Ordner Molecular Docking. Wählen Sie anschließend die Datei glide-dock XP 2FLU aus.
Wählen Sie das Gleitdock XP 1 pv. maegz-Datei und klicken Sie auf Öffnen. Doppelklicken Sie dann auf den Punkt im Arbeitsbereich, um den Liganden auszuwählen.
Wählen Sie sitemap_1_protein aus. Klicken Sie auf Tabelle und schieben Sie den Mauszeiger ganz nach rechts, um die Andockpunktzahl anzuzeigen. Um die 2D-Ergebnisse zu visualisieren, wählen Sie sitemap_1_protein aus, wie zuvor gezeigt.
Klicken Sie auf Ligandeninteraktion, wählen Sie Ansicht und aktivieren Sie das Kontrollkästchen LID-Legende. Klicken Sie dann auf Datei, wählen Sie Screenshot speichern und geben Sie 6.000 als Breite ein. Deaktivieren Sie das Kontrollkästchen für den transparenten Hintergrund und klicken Sie auf OK. Speichern Sie die Datei auf dem Desktop als 2D-xanthatin-2FLU.
Die molekulare Docking-Analyse sagte die Wechselwirkung zwischen Xanthatin und dem Keap1-Protein voraus.
