Um die GPU-Beschleunigungsumgebung zu konfigurieren, öffnen Sie das Terminal und geben Sie den Befehl nvidia-smi ein. Stellen Sie sicher, dass der Befehl alle Informationen zur GPU-Karte erfolgreich anzeigt und dass die CUDA-Version höher als 10.2 ist. Führen Sie dann den Befehl conda V aus, um die Installation von conda zu bestätigen.
Geben Sie den folgenden Befehl ein. Richten Sie die virtuelle Umgebung ein, und warten Sie einige Minuten, bis die Umgebung erfolgreich konfiguriert wurde. Führen Sie den Befehl conda activate CRYOSIEVE_ENV aus.
, um die neu erstellte virtuelle Umgebung zu aktivieren. Um CryoSieve zu installieren, führen Sie den Befehl pip install cryosieve aus. Geben Sie nach der Installation den Befehl cryosieve h ein, um sicherzustellen, dass die Hilfeinformationen korrekt angezeigt werden.
Laden Sie von EMPIAR den endgültigen Stack-Datensatz EMPIAR-10097 herunter. Öffnen Sie GitHub und laden Sie dann die Sterndatei und die Maske herunter. MRC und die Initiale.
MRC-Modell. Platzieren Sie alle diese Dateien zusammen in einem Ordner. Öffnen Sie das Terminal, und navigieren Sie mit dem Befehl cd file path zu dem Ordner, der das Dataset enthält.
Geben Sie dann den Befehl conda activate CRYOSIEVE_ENV ein, um die Conda-Umgebung zu aktivieren. Verwenden Sie den folgenden Befehl. Um die Partikelsiebung zu starten, überwachen Sie die Terminalanzeige auf die Ausgabeprotokolle für jede Iteration.
Geben Sie den angegebenen Befehl ein, um die Auflösungsergebnisse für die 10 Siebungsiterationen zu drucken. Der Partikelstapel, der in der siebten Iteration gefiltert wird, hat die höchste Auflösung, wobei die wenigsten Partikel das optimale Ergebnis anzeigen. Um gesiebte Partikel zu importieren, öffnen Sie die CryoSPARC-Weboberfläche.
Betreten Sie einen Arbeitsbereich und klicken Sie auf die Builder-Schaltfläche oben rechts im Fenster. Wählen Sie dann die Option Partikelstapel importieren aus und klicken Sie darauf. Geben Sie im Parameterbereich des Partikelstapel-Importfensters den Partikel-Metapfad als _ an.
nstar-Datei aus dem Ausgabeordner und dem Partikeldatenpfad in den Ordner, der die MRCS-Datei enthält. Klicken Sie auf die Schaltfläche Auftrag in die Warteschlange und dann auf die Schaltfläche Warteschlange, um den Vorgang zu starten. Klicken Sie im oberen rechten Bereich von CryoSPARC auf die Schaltfläche Builder, wählen Sie dann die Option 3D-Volumen importieren aus und klicken Sie darauf.
Geben Sie den Volume-Datenpfad als Anfangsdatenpfad an. mrc-Datei. Klicken Sie auf die Schaltfläche Auftrag in die Warteschlange und dann auf die Schaltfläche Warteschlange, um den Vorgang zu starten.
Klicken Sie erneut auf die Schaltfläche Builder und wählen Sie die Option Homogene Verfeinerung. Öffnen Sie im Hauptfenster auf der linken Seite den Auftrag zum Importieren des Partikelstapels der vierten Iteration. Ziehen Sie das importierte Partikelmodul von der rechten Seite des Hauptfensters und legen Sie es im Abschnitt "Partikelstapel" des Builders ab.
Klicken Sie auf das rote X, um den Partikelstapel-Importauftrag zu schließen. Öffnen Sie den Auftrag zum Importieren von 3D-Volumen. Ziehen Sie das importierte Volumes-Modul von der rechten Seite des Hauptfensters und legen Sie es im Anfangsvolume-Bereich des Builders ab.
Suchen Sie im Ordner Parameter die Option Symmetrie, und legen Sie sie auf C3 fest. Suchen und deaktivieren Sie die Option Erneutes Wiederholen des GS-Splits erzwingen. Klicken Sie auf die Schaltfläche Queue JOb und dann auf die Schaltfläche Queue, um die homogene Verfeinerung zu initiieren. Wenn alle Aufträge abgeschlossen sind, überprüfen Sie die Ergebnisse, und vergewissern Sie sich, dass der in der sechsten Iteration gefilterte Partikelstapel das optimale Ergebnis geliefert hat.
Das Modell zur Kartierung und die halben Kartierungen der Fourier-Schalen-Korrelationskurven der rekonstruierten Dichtekarten für den Influenza-Hämagglutinin-Trimer-Datensatz vor und nach der Methode sind dargestellt. Roh- und scharfe Dichtekarten wurden ebenfalls mit dem angewendeten äquivalenten Konturniveau verglichen. Die Verbesserung der rekonstruierten Dichtekarten wird durch den Vergleich von Seitenketten in scharfen Karten deutlich.
Nachdem die Mehrheit der Partikel im endgültigen Stapel entfernt worden war, stieg der Rosenthal Henderson B-Faktor von 226,9 Angström im Quadrat auf 146,2 Angström im Quadrat. Parameter wie lokale Auflösung, lokaler B-Faktor und RESLOG deuteten darauf hin, dass CryoSieve sowohl die Qualität der Dichtekarten als auch die des Partikels verbessert.
