Öffnen Sie zunächst die pharmakologische Datenbank und Analyseplattform für Systeme der traditionellen chinesischen Medizin. Geben Sie die medizinische Zusammensetzung für Jiawei Shengjiang San oder JWSJS ein und wenden Sie die Screening-Kriterien an. Rufen Sie dann mithilfe der Datenbank die Ziele ab, die den Zutaten entsprechen.
Beziehen Sie die Wirkstoffe von Bombyx batryticatus und Cicadidae Periostracum in den Datenbanken der traditionellen chinesischen Medizin und der chemischen Zusammensetzung. Nachdem Sie Verbindungen mit chemischen abstrakten Servicenummern ausgewählt haben, laden Sie 2D-Strukturdiagramme der Wirkstoffe von PubChem herunter. Prüfen Sie mit SwissADME die Komponenten mit hoher gastrointestinaler Resorption als Arzneimittelähnlichkeit, deren zwei oder mehr Items ja waren.
Importieren Sie diese in die Datenbank, um die Vorhersage des Zielproteins zu ermöglichen. Legen Sie im UniProt den Status als überprüft und die Spezies auf Mensch fest und standardisieren Sie die Ziele. Suchen Sie in verschiedenen Datenbanken nach diabetischer Nephropathie (DN) und ermitteln Sie die Ziele.
Nach dem Kombinieren und Deduplizieren. Mit unserer Software 4.2.0 können Sie die gemeinsamen Ziele von JWSJS und DN überprüfen, um Venn-Diagramme zu zeichnen. Importieren Sie die Wirkstoffe und potenziellen Ziele von JWSJS in die Cytoscape 3.8.0-Software, um ein Zielnetzwerkdiagramm für Arzneimittelbestandteile zu erstellen, das die Verbindung zwischen Medikamenten, Inhaltsstoffen, Zielen und Krankheiten visualisiert.
Um die sich überschneidenden Gene in der STRING-Plattform zu analysieren, setzen Sie die Spezies auf Homo sapiens und den minimal erforderlichen Interaktionswert auf mehr als 0,9 für die Konstruktion des Netzwerks unter Verwendung eines Analysemodus für mehrere Proteine. Analysieren Sie mit Cytoscape 3.8.0 das Netzwerk topologisch und berechnen Sie die Werte für die Zwischenzentralität, die Nähezentralität, die Gradzentralität, die Eigenvektorzentralität, die lokale durchschnittliche Konnektivitätsmethode und die Netzwerkzentralitätswerte für jeden Knoten. Rufen Sie dann die IDs der Schnittpunktziele mit orghs.eg ab.
db-Paket. Verwenden des Clusterprofilers org.hs.eg. db-, enrichplot- und ggplot2-Pakete, führen Anreicherungsanalysen durch.
Screening auf funktionelle Genontologie-Anreicherungsanalyse der Top 10 biologischen Treffer mit einem korrigierten p-Wert von weniger als 0,05 und Auswahl der Top 30 Signalwege mit der höchsten Anreicherung für die Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Analysis. Suchen Sie in der PubChem-Datenbank, um die SDF-Datei der 2D-Struktur der JWSJS-Kernkomponenten zu erhalten. Mit der Software ChemBio3D Ultra 14.0 können Sie die 3D-Struktur generieren und optimieren.
Speichern Sie es im MOL2-Format, um es als Ligandendatei zu verwenden. Suchen Sie das PDB-Format der 3D-Struktur der Kernziele aus der Datenbank der Proteindatenbank des Forschungskolabors für strukturelle Bioinformatik und laden Sie es herunter. Entfernen Sie mit der Software PyMOL 2.4.0 Wassermoleküle und Liganden aus der Proteinstruktur und speichern Sie sie als PDB-Rezeptordatei.
Importieren Sie die Rezeptorproteindatei zur Hydrierung in AutoDock Tools 1.5.7 und konvertieren Sie sowohl das Rezeptorprotein als auch den niedermolekularen Liganden in das PDBQT-Format. Legen Sie die aktive Tasche für das Rezeptorprotein fest, wobei der Abstandskoeffizient auf eins eingestellt ist. Berechnen Sie mit AutoDock Vina 1.2.0 für das molekulare Andocken die Bindungsenergie.
Visualisieren Sie die Docking-Ergebnisse mit der Software PyMOL 2.3.0 und LigPlot 2.2.5. Führen Sie molekulardynamische oder MD-Untersuchungen an einem Trio der vielversprechendsten abgeleiteten Ligandenkomplexe durch und verwenden Sie eine wässrige SBC-Umgebung mit 0,15 molaren Natriumchlorid. Starten Sie eine Energieminimierungsphase für 100 Pikosekunden mit den Desmond-Standardparametern.
Stellen Sie eine stabile Temperatur und einen stabilen Druck von 26,85 Grad Celsius und 1,01325 bar in allen Produktionssystemen durch die Nasen-Hoover-Kette und die Martyna-Tobias-Kline-Methoden sicher. Führen Sie die MD-Simulation für 100 Nanosekunden mit einem Zeitschritt von zwei Femtosekunden aus und zeichnen Sie die atomaren Koordinaten alle 100 Pikosekunden auf. Öffnen Sie das Simulationsinteraktionsdiagramm oder das SID-Modul, und laden Sie die Datendateien der Simulationsergebnisse.
Sobald die Analyse abgeschlossen ist, können Sie die Ergebnisse in der Benutzeroberfläche des SID-Moduls anzeigen und interpretieren. Injizieren Sie dem Tier der Modellgruppe eine intraperitoneale Injektion von Streptozotocin. Testen Sie nach 72 Stunden den Blutzuckerspiegel durch eine Blutentnahme aus der Schwanzvene.
Beobachten Sie die histopathologischen Veränderungen in der Rattenniere, um das erfolgreiche DN-Modell zu bestätigen. Verabreichen Sie der Ratte dann einmal täglich geeignete Medikamente über eine orale Sonde. Entnehmen Sie Blutproben aus der Bauchschlagader der anästhesierten Ratte.
Nachdem Sie die Ratte eingeschläfert haben, entnehmen Sie schließlich die Nieren für biochemische und mikroskopische Analysen. Die periodische Säure-Schiff-Färbung zeigte, dass die Modellgruppe im Vergleich zur Normalgruppe ein erhöhtes glomeruläres Volumen, eine verdickte Basalmembran und eine erhöhte mesangiale Matrix aufwies. Diese pathologischen Manifestationen wurden in jeder Gruppe des verabreichten Arzneimittels signifikant gelindert.
Die Transmissionselektronenmikroskopie zeigte, dass die glomeruläre Basalmembran in der Modellgruppe im Vergleich zur Normalgruppe verdickt war. Mikroskopische Manifestationen von Ratten in jeder Verabreichungsgruppe waren im Vergleich zur Modellgruppe in unterschiedlichem Maße gelindert. Im Vergleich zur Modellgruppe gab es eine signifikante Verringerung der Expression von p-EGFR, p-MAPK3/1 und BAX und eine Hochregulierung der BCL-2-Expression im Rattennierengewebe jeder Dosierungsgruppe in unterschiedlichem Maße.
