Sequenzierung und Identifizierung von Multispezies-Biofilm-Mikrobiota aus Rhizosphärenproben

Etablieren Sie zunächst einen Rhizosphären-Biofilm mit mehreren Spezies und erhalten Sie die Zellsuspension der Mikrobiota. Mischen Sie Triptychon-Sojabrühe-Medien mit minimalen Salzen, Glycerin, Glutamat-Medien in einem Eins-zu-Eins-Verhältnis. Inkubieren Sie die Zellsuspension über Nacht im Medium bei 30 Grad Celsius, um die Bakterien zu aktivieren.

Platzieren Sie 100-Mikrometer-Nylon-Zellfilter auf einer 24-Well-Platte. Impfen Sie die Bakteriensuspension in drei Replikaten und kultivieren Sie den Pellikel-Biofilm 36 Stunden lang bei 30 Grad Celsius. Entfernen Sie den Filter, der den Pellikel-Biofilm enthält, und geben Sie zwei Milliliter PBSS-Puffer auf eine neue 24-Well-Zellplatte.

Legen Sie den Filter in die Platte, um den Biofilm zu waschen und die freien Zellen zu entfernen. Nach der Identifizierung und Kultivierung der fünf wichtigsten Arten im Biofilm werden die 31 Kombinationen synthetischer Gemeinschaften im Medium inkubiert. Nach dem genannten Verfahren wurden signifikante Gradienten in der Biofilmbildungskapazität der Gurken-Rhizosphären-Bodenmikrobiota beobachtet.

Die Sequenzierung von Biofilm-Amplikons bestätigte das Vorhandensein verschiedener Spezies im Pellikel.