Konvertieren Sie nach der hochauflösenden Magnetresonanztomographie T1-gewichtete, T2-gewichtete und Null-Zeit-Echo-DICOM-Scandateien mit dem dcm2niix-Tool aus dem DICOM-Format in das NIfTI-Format. Führen Sie mit dem SimNIBS Charm-Tool die Co-Registrierung und die Extraktion von Gewebemasken durch. Öffnen Sie als Nächstes Brainsight.
Klicken Sie auf Neues leeres Projekt und laden Sie das T1-gewichtete NIfTI-Bild des Teilnehmers. Klicken Sie auf die Registerkarte Rekonstruktionen und dann auf das Dropdown-Menü Neue Rekonstruktion. Klicken Sie auf Skin und dann im neuen Fenster auf Compute Skin.
Wenn Sie fertig sind, klicken Sie auf die Schaltfläche Schließen in der oberen linken Ecke des Fensters. Klicken Sie auf der Registerkarte Rekonstruktionen auf das Dropdown-Menü Neue Rekonstruktion, gefolgt von Full Brain Curvilinear. Passen Sie nun die Position des grünen Kastens auf der sagittalen, koronalen und transversalen Ebene an, indem Sie seine Ränder so ziehen, dass sie das Gehirn eng umgeben.
Scrollen Sie durch alle Schichten, um sicherzustellen, dass sich keine Geweberänder überlappen. Klicken Sie auf Curvilinear berechnen und stellen Sie die Schältiefe auf vier Millimeter ein. Klicken Sie dann in Brainsight auf die Registerkarte Landmarks, gefolgt von Landmarks konfigurieren.
Platzieren Sie das Fadenkreuz an der Spitze der Nase, und beschriften Sie den Orientierungspunkt im Namensfeld mit Nase. Platzieren Sie dann das Fadenkreuz zwischen den Augen über dem Nasenrücken und beschriften Sie den Orientierungspunkt mit Nasion. Platzieren Sie als Nächstes das Fadenkreuz auf dem linken Ohr und beschriften Sie den Orientierungspunkt mit L-Ohr.
Platzieren Sie dann das Fadenkreuz auf dem rechten Ohr und beschriften Sie den Orientierungspunkt mit R-Ohr. Klicken Sie anschließend auf die Registerkarte Ziele, gefolgt von Ziele konfigurieren. Platzieren Sie das Fadenkreuz an der Stelle des gewünschten Ziels und verwenden Sie die Winkelschalter auf der rechten Seite des Bildschirms, um den Flugbahnwinkel einzustellen.
Sobald das gewünschte Ziel und die Flugbahn ausgewählt sind, klicken Sie auf das neue Dropdown-Menü und wählen Sie Flugbahn. Um das Ziel zu benennen, geben Sie in das Textfeld neben name ein. Klicken Sie auf Exportieren, um das Ziel zu exportieren, und speichern Sie es im entsprechenden Betreffordner.
Öffnen Sie BabelBrain und wählen Sie die gewünschten Dateien für akustische und thermische Simulationen aus. Um die Textdatei auszuwählen, die zuvor aus Brainsite exportiert wurde, klicken Sie auf Trajektorie auswählen und wählen Sie die entsprechende Teilnehmerdatei aus. Klicken Sie auf SimNIBS auswählen, um die zuvor erstellte SimNIBS-Datei auszuwählen.
Klicken Sie auf T1W auswählen und wählen Sie das gewichtete T1-Bild aus, das zuvor erstellt und für die Ziel- und Trajektorienzuordnung verwendet wurde. Wählen Sie nun "Echte CT" für CT-Scans, "CTE" für CTE-Scans oder "Nein", um eine vereinfachte Maske zu verwenden, die mit dem Charm-Werkzeug generiert wurde. Wenn Sie ein CT- oder CTE-Bild verwenden, klicken Sie auf das Dropdown-Menü Coreg, gefolgt von CT zu MR. Klicken Sie auf Auswählen und wählen Sie das entsprechende Bild aus der entsprechenden Teilnehmerdatei aus.
Klicken Sie auf Thermisches Profil auswählen, und wählen Sie die Wärmeprofildatei aus, die die Beschallungsparameter des Experiments in Bezug auf Ein- und Ausdauer und Einschaltdauer beschreibt. Klicken Sie dann auf das Dropdown-Menü neben Wandler und wählen Sie den Wandler aus, der für die Experimente verwendet wird. Klicken Sie auf das Dropdown-Menü neben dem Computing-Backend und wählen Sie das Computing-Backend des Computers aus, auf dem die Simulationen ausgeführt werden.
Sobald Sie alle Informationen eingegeben haben, klicken Sie auf Weiter, um den Rest der Simulationen abzuschließen. Wählen Sie nun die Ultraschallfrequenz des Schallkopfs und die entsprechenden Punkte pro Wellenlänge aus. Klicken Sie auf Planungsmaske berechnen.
Überprüfen Sie das Bild, um sicherzustellen, dass die Grenzen für Haut, Schädel und Gehirn genau erkannt wurden. Um die akustische Simulation zu starten, klicken Sie auf die Registerkarte Step 2 AC Sim, um sie zu öffnen. Passen Sie den Abstand vom Kegel zum Brennfleck an, indem Sie den entsprechenden Abstand eingeben.
Um die Simulation auszuführen, klicken Sie auf die Schaltfläche Felder berechnen. Passen Sie den ZSteering-Wert so an, dass sich das Fadenkreuz in der Mitte des Fokuspunkts befindet. Drücken Sie die Pfeile nach oben oder unten, oder geben Sie den erforderlichen Wert manuell ein.
Klicken Sie dann auf Felder berechnen. Für die thermische Simulation klicken Sie auf die Registerkarte Step 3 Thermal Sim und dann auf Calculate Thermal Fields.
