Analyse verschiedener Orientierungen von Zebrafischembryonen im Chorion mittels Multiview-Bildgebung

Beginnen Sie mit dem Zusammenbau des Probenhalters, um den Embryo zu lokalisieren. Führen Sie den Schlauch mit den Embryonen direkt in eine Kapillare mit dem richtigen Durchmesser ein. Starten Sie nun das Live-Scannen und navigieren Sie mit dem Probennavigator, um die erste Ansicht auszuwählen.

Richten Sie das Slice-Intervall ein, gefolgt vom ersten und letzten Slice des Z-Stapels in dieser Ansicht. Ändern Sie den Winkel im Proben-Navigator, um zur nächsten Ansicht zu gelangen. Richten Sie den Z-Stapel für die zweite Ansicht ein, und fügen Sie die Informationen im Dialogfeld für die Mehrfachansicht hinzu.

Nachdem Sie alle Ansichten festgelegt haben, speichern Sie diese Informationen in einer Textdatei, die die Z-Stapel-Informationen, die Koordinaten des Rohrs und die Winkelspezifikationen für jede Ansicht enthält. Löschen Sie dann alle Positionen aus dem Dialogfeld für die Mehrfachansicht. Übersetzen Sie als Nächstes in eine andere Y-Koordinate außerhalb des Embryos, wo die Kügelchen sichtbar sind.

Fügen Sie diese Position dem Dialogfeld für die Mehrfachansicht hinzu, und speichern Sie diese Position in einer neuen Textdatei. Gehen Sie dann in den Ordner, in dem die Textdateien gespeichert sind, und duplizieren Sie die Embryo Positions-Datei in eine neue Datei mit dem Namen Beads Positions. Ersetzen Sie die Y-Koordinate für alle Ansichten in der Datei "Perlenpositionen" durch die Y-Koordinate aus der Y-Datei "Perlen".

Kehren Sie anschließend zur Imaging-Software zurück und laden Sie die Beads Positions-Datei. Wenn die Option Zeitreihen aktiviert ist, wählen Sie einen Zyklus aus und starten Sie das Experiment. Speichern Sie Perlenbilder als Perlen, um während der Bildverarbeitung unterschiedliche Ansichten zu registrieren.

Löschen Sie dann die Positionen und laden Sie die anfängliche Embryonenpositionsdatei in die Software, stellen Sie die gewünschte Anzahl von Zyklen mit einem geeigneten Zeitintervall ein und starten Sie das Experiment.