Nehmen Sie zunächst Multiview-Bilder von Zebrafischembryonen im Frühstadium mit einem Lichtblattmikroskop auf. Sobald Interessenpunkte erkannt wurden, wählen Sie alle Ansichten aus, klicken Sie mit der rechten Maustaste, und wählen Sie Mit Interessenpunkten registrieren aus. Um zu überprüfen, wie genau die Registrierung funktioniert hat, wählen Sie zwei aufeinanderfolgende Ansichten aus.
Gehen Sie zum überlappenden Bereich und wechseln Sie zwischen den beiden Ansichten, um zu beobachten, ob sich die aus verschiedenen Winkeln abgebildeten Perlen überlagern. Klicken Sie nach erfolgreicher Registrierung im Multi-View-Explorer-Fenster auf Speichern, um die aktualisierte XML-Datei zu speichern. Öffnen Sie nun die Perle.
XML-Datei in einem Texteditor Ihrer Wahl und kopieren Sie den gesamten Block unter Ansichtsregistrierungen. Öffnen Sie den Embryo. XML-Datei und ersetzen Sie den Block "Ansichtsregistrierungen" durch den Block, der aus der Perlendatei kopiert wurde.
Öffnen Sie dann den Embryo. XML-Datei in Big Stitcher und prüfen Sie sorgfältig, ob die Registrierung für den Embryo erfolgreich funktioniert hat. Wiederholen Sie dasselbe für die Perlen, indem Sie die Überlappung der interessierenden Strukturen in jeweils zwei aufeinanderfolgenden Ansichten überprüfen.
Um eine Multi-View-Dekonvolution durchzuführen, wählen Sie alle Ansichten in der Bead-Datei aus, klicken Sie mit der rechten Maustaste und wählen Sie Punktspreizungsfunktionen und Extraktionsoptionen. Fahren Sie mit den Standardgrößen der Point-Spread-Funktion fort und klicken Sie auf OK. Speichern Sie dann die XML-Datei erneut. Öffnen Sie als Nächstes den Embryo.
XML-Datei und weisen Sie die Punktverteilungsfunktion für jede Ansicht separat zu. Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf eine Ansicht, klicken Sie auf Punktverteilungsfunktionen, wählen Sie Zuweisen und wählen Sie Erweitert, gefolgt von Neue PSF allen ausgewählten Ansichten zuweisen. Klicken Sie auf Durchsuchen, gehen Sie zum XML-Dateipfad und öffnen Sie den PSF-Ordner.
Wählen Sie in der ausgewählten Ansicht die passende Punktspreizungsfunktion mit der entsprechenden ID und klicken Sie auf OK. Nachdem die Punktverteilungsfunktion für alle Ansichten zugewiesen wurde, klicken Sie mit der rechten Maustaste und wählen Sie Multi-View-Dekonvolution. Wählen Sie den Begrenzungsrahmen als aktuell ausgewählte Ansichten aus. Bei 70 % Epibolie nahmen die Embryonen horizontale, vertikale oder schräge Orientierungen innerhalb des Polymerröhrchens an, wobei die Horizontale am wenigsten vertreten war, während die vertikale und die schräge Position gleichermaßen beobachtet wurden.
Bei der Probenvorbereitung vor der Gastrulation wiesen etwa 25 % der Embryonen eine horizontale Ausrichtung auf. Der Rest der Embryonen zeigte im Knospenstadium verschiedene andere Orientierungen. Viele von ihnen orientierten sich jedoch während der frühen Somitenbildung in die horizontale Position um.
Ein Vergleich von Bildern, die mit Informationen auf zellulärer Skala angereichert wurden, zeigte keinen signifikanten Unterschied in der Zellkerninformation, aber die Zellgrenzen waren im 30-Grad-Bereich besser aufgelöst. Im Vergleich zu den ursprünglichen Eingabebildern enthielten die segmentierten Bilder Fehler. Die Software erkannte entweder keine Zellgrenze oder zeichnete nicht vorhandene Zellgrenzen.
Die Anzahl der Fehler erhöhte die Anzahl der infundierten Bilder, die aus der Bildgebung in Winkelintervallen von 45 und 60 Grad gewonnen wurden, im Vergleich zu 30 Grad.
