Laden Sie zunächst die komprimierte Analysepipeline von GitHub herunter, indem Sie den Befehl in das Terminal eingeben. Geben Sie nach dem Herunterladen den Befehl ein, um die ZIP-Datei zu dekomprimieren. Sobald die Dekomprimierung abgeschlossen ist, entfernen Sie die ZIP-Datei, und ändern Sie den Namen des dekomprimierten Ordners.
Legen Sie dann ausführbare Berechtigungen für alle Shell-Skripts im Arbeitsverzeichnis fest. Suchen Sie aus den verfügbaren Optionen das entsprechende Installationsshell-Skript. Suchen Sie nach einem Skript mit dem Namen Script_01_Installation.sh.
Öffnen Sie das Terminal und geben Sie echo SHELL ein, um die im aktiven Terminal verwendete Standard-Shell zu überprüfen. Wenn bash nicht die Standard-Shell ist, legen Sie sie fest, indem Sie chsh s in das Terminal eingeben. Geben Sie das Skript für den schnellen Download der Warteschlange in das Terminal ein, oder ziehen Sie die Skriptdatei in das Terminal, und drücken Sie die Eingabetaste.
Überprüfen Sie nach dem Ausführen des Skripts die Protokolldatei auf Fehlermeldungen. Geben Sie nun das Trimmskript in das Terminal ein und führen Sie es aus. Geben Sie als Nächstes das Skript zur Erstellung des bowtie2-Index in das Terminal ein und führen Sie es aus.
Führen Sie abschließend das bowtie2-Mapping-Skript aus und drücken Sie die Eingabetaste. Geben Sie das bam-Filter- und Sortierskript in das Terminal ein und führen Sie es aus. Konvertieren Sie als Nächstes bam in die Formate BEDPE, BED und bedGraph, indem Sie den entsprechenden Befehl in das Terminal eingeben und die Eingabetaste drücken.
Führen Sie die Normalisierung mit der SRPMC-Methode durch und führen Sie dann das Skript zur Analyse der Einfügegröße aus. Führen Sie Spitzenaufrufe mit dem MACS-Befehl im Terminal durch. Geben Sie anschließend den Befehl für Spitzenanrufe mit SEACR ein und drücken Sie die Eingabetaste.
Erstellen Sie Peak-BED-Dateien, indem Sie den entsprechenden Befehl im Terminal verwenden, und filtern Sie dann die Peaks. Geben Sie als Nächstes den Befehl zum Zusammenführen von MACS-Peaks ein. Geben Sie den Befehl in das Terminal ein, um SEACR-Peaks zusammenzuführen.
Generieren Sie ein Korrelationsdiagramm und führen Sie den Befehl für die Analyse der Hauptkomponenten im Terminal aus. Erstellen Sie dann mit dem entsprechenden Befehl ein Venn-Diagramm, in dem verschiedene Methoden verglichen werden. Geben Sie den Befehl ein, um ein Venn-Diagramm für Replikate zu generieren.
Generieren Sie abschließend eine fokussierte Peak-Center-Heatmap. Generieren Sie dann eine Heatmap für das gesamte Peak-Center.
