Einführende Analyse und Validierung von CUT&RUN-Sequenzierungsdaten

Unsere Forschung untersucht die Rolle repetitiver DNA-Elemente bei der Entstehung und dem Fortschreiten von Krebs. Wir fragen, ob diese Elemente direkt an den Mechanismen der Krebsentstehung beteiligt sind, und wenn ja, können wir diese Informationen nutzen, um die Patientenergebnisse zu verbessern. Viele Next-Generation-Sequencing-Technologien und analytische Pipelines wurden entwickelt, um die Merkmale und Veränderungen der epigenetischen Faktoren zu erfassen, wie z. B. transkriptionelle oder posttranslationale Chromatinveränderungen und die Bindung an die spezifische Lokalisation auf dem Chromatin und den DNA- oder RNA-Sequenzen, die vom defensiven Protein sowohl in Massen- als auch in Einzelzellauflösung eingefangen werden.

Die Technologien, mit denen die Forschung in unserem Fachgebiet vorangebracht wird, sind solche, die die genomischen Positionen von modifizierten Histonen oder Transkriptionsfaktoren auf dem Chromatin kartieren können. Für unsere Zwecke ist die relevanteste Technik innerhalb dieses Technologiedachs eine Technik namens CUT&RUN. Viele öffentlich zugängliche CUT&RUN-Analyse-Pipelines sind relativ komplex für den bioinformatischen Einsteiger, der den Ablauf der Analyse verstehen und eine eigene Analyse-Pipeline für sein Projekt entwickeln möchte.

Aber unsere CUT&RUN-Analyse-Pipeline wird Schritt für Schritt in einer einzigen Programmsprache entwickelt, die viel einfacher zu verstehen und einfacher zu modifizieren ist, um ihre Daten in Publikationsqualität zu erhalten und die Erfahrung für die Bioinformatik aufzubauen. Wir konzentrieren uns darauf, die Antwort darauf zu finden, wie sich die chronische doppelsträngige RNA-Expression auf die Biomimikry-Evasion und die Immuntherapieraten bei der Krebsentstehung auswirkt und wie das TP53-Protein die chronische doppelsträngige RNA-Expression und die Biomimikry-Evasion regulieren kann. Und am Ende wollen wir verstehen, wie wir den immuntherapieresistenten Krebs heilen können, indem wir die chronische doppelsträngige RNA-Expression und den Biomimikry-Evasionsprozess verstehen und gezielt angehen.