Los grupos de proteínas pueden formar un complejo en el que cada proteína de este complejo tiene un papel diferente en la ejecución general de la función del complejo. A menudo, algunas de las proteínas del complejo pueden ser reemplazadas por una variante estrechamente relacionada para dar lugar a un complejo que contiene muchos de los mismos componentes, pero que es funcionalmente distinto.

La ubiquitina ligasa SCF es un complejo proteico de cinco proteínas individuales. Este complejo une la ubiquitina a otras proteínas diana para marcarlas para su degradación. Para realizar esta función, una de las proteínas, la F-box, se encarga de unirse al sustrato, permitiendo así que una proteína diferente del complejo, la enzima conjugadora de ubiquitina, acceda al sustrato y se una a la ubiquitina. La proteína F-box tiene múltiples variantes intercambiables para que el complejo pueda reconocer diferentes sustratos. Además, diferentes organismos pueden tener diferentes conjuntos de variantes de proteínas F-box. Los humanos tienen 38 variantes conocidas, Saccharomyces cerevisiae tiene 11, Drosophila tiene 22 y C. elegans tiene 326. Esta variación permite que el complejo se dirija a un amplio espectro de proteínas cambiando solo uno de sus componentes.

Estas variantes intercambiables son a menudo el resultado de la duplicación de genes. Durante la evolución molecular, el gen de una proteína beneficiosa a veces puede duplicarse durante la replicación del ADN debido a razones, como la recombinación ectópica, el deslizamiento de la replicación, la aneuploidía, la poliploidía y la retrotransposición. Esta copia duplicada del gen puede sufrir mutaciones mientras se transfiere de una generación a la siguiente, ya que la mutación no afecta la función del gen original. Estas mutaciones dan lugar a variantes de un gen que son responsables de proteínas, como la F-box, que son funcionalmente similares pero tienen diferentes especificidades de sustrato.