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  • Referencias
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Resumen

Presentamos el proceso de aislamiento, propagación y caracterización de bacterias degradadoras de hidrocarburos de hábitats acuáticos. El protocolo describe el aislamiento bacteriano, la identificación mediante el método de ARNr 16S y las pruebas de su potencial de degradación de hidrocarburos. Este artículo ayudaría a los investigadores a caracterizar la biodiversidad microbiana en muestras ambientales y, específicamente, a detectar microbios con potencial de biorremediación.

Resumen

Los hidrocarburos contaminantes son recalcitrantes a la degradación y su acumulación en el medio ambiente es tóxica para todas las formas de vida. Las bacterias codifican numerosas enzimas catalíticas y son naturalmente capaces de metabolizar hidrocarburos. Los científicos aprovechan la biodiversidad de los ecosistemas acuáticos para aislar bacterias con potencial de biodegradación y biorremediación. Estos aislados del medio ambiente proporcionan un rico conjunto de vías metabólicas y enzimas, que pueden utilizarse aún más para ampliar el proceso de degradación a escala industrial. En este artículo, describimos el proceso general de aislamiento, propagación e identificación de especies bacterianas de hábitats acuáticos y evaluamos su capacidad para utilizar hidrocarburos como única fuente de carbono in vitro utilizando técnicas simples. El presente protocolo describe el aislamiento de diversas especies bacterianas y su posterior identificación mediante el análisis de ARNr 16S. El protocolo también presenta pasos para caracterizar el potencial de degradación de hidrocarburos de los aislados bacterianos. Este protocolo será útil para los investigadores que intentan aislar especies bacterianas de hábitats ambientales para sus aplicaciones biotecnológicas.

Introducción

Los hidrocarburos (HC) se utilizan ampliamente como combustibles y en aplicaciones químicas. Los hidrocarburos aromáticos como el benceno, el tolueno y el xileno se utilizan ampliamente como disolventes1. Alquenos como el etileno y el propileno sirven como precursores en la síntesis de polímeros de polietileno y polipropileno, respectivamente. La polimerización de otro hidrocarburo, el estireno forma poliestireno. Las actividades antropogénicas introducen hidrocarburos en el medio ambiente durante su producción y transporte. La contaminación del suelo y el agua por hidrocarburos preocupa seriamente el medio ambiente y la salud humana. Los microbios desempeñan un papel importante en el mantenimiento del ecosistema mediante la regulación de los ciclos biogeoquímicos y la utilización de una amplia gama de sustratos, que incluyen también contaminantes y xenobióticos, convirtiéndolos en carbono y fuente de energía. Este proceso de desintoxicación de contaminantes ambientales por microorganismos se conoce como biorremediación 3,4,5,6,7.

Los microorganismos con capacidad para degradar hidrocarburos se encuentran en hábitats acuáticos y edáficos 8,9,10. Se han identificado muchas bacterias con el potencial de degradar alcanos y HC aromáticos, como Pseudomonas, Acinetobacter, Rhodococcus, Marinobacter y Oleibacter11. El desarrollo de enfoques tecnológicamente avanzados e independientes de la cultura ha ayudado a descubrir nuevas comunidades microbianas que degradan el HC12. El material genómico aislado directamente de las muestras de origen se amplifica y secuencia mediante métodos de alto rendimiento, como la secuenciación de nueva generación (NGS), seguida de un análisis, lo que elimina la necesidad de cultivar microorganismos. Los métodos de NGS, como el análisis del metagenoma, son caros y sufren inconvenientes relacionados con el proceso de amplificación13. Las técnicas de cultivo, como el cultivo de enriquecimiento selectivo14, que tienen como objetivo el aislamiento de microbios que degradan hidrocarburos, siguen siendo útiles, ya que permiten a los investigadores sondear y manipular las vías metabólicas en aislados bacterianos.

El aislamiento del ADN genómico y la posterior secuenciación del material genómico revelan información valiosa sobre cualquier organismo. La secuenciación del genoma completo ayuda en la identificación de genes que codifican la resistencia a los antibióticos, posibles dianas farmacológicas, factores de virulencia, transportadores, enzimas metabolizadoras de xenobióticos, etc.15,16,17. Se ha demostrado que la secuenciación del gen que codifica el 16SrRNA es una técnica robusta para identificar la filogenia bacteriana. La conservación de la secuencia y la función del gen a lo largo de los años lo convierte en una herramienta fiable para identificar bacterias desconocidas y comparar un aislado con las especies más cercanas. Además, la longitud de este gen es óptima para el análisis bioinformático18. Todas estas características, junto con la facilidad de amplificación de genes mediante cebadores universales y la mejora en la tecnología de secuenciación de genes, lo convierten en un estándar de oro para la identificación de microbios.

En este trabajo se describe un procedimiento para recuperar microorganismos cultivables con potencial de degradación de HC a partir de muestras ambientales. El método que se describe a continuación describe la recolección e identificación de bacterias degradadoras de HC y se divide en cinco secciones: (1) recolección de bacterias a partir de muestras de agua, (2) aislamiento de cultivos puros, (3) exploración de la capacidad de degradación de HC de aislados bacterianos, (4) aislamiento de ADN genómico y (5) identificación basada en la secuenciación del gen 16S rRNA y el análisis BLAST. Este procedimiento se puede adaptar para aislar bacterias para muchas aplicaciones biotecnológicas diferentes.

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Protocolo

1. Recolección, procesamiento y análisis de muestras

NOTA: A continuación, presentamos un protocolo para aislar bacterias de hábitats acuáticos. Algunos de los aislados pueden ser patógenos, por lo tanto, use guantes y desinfecte el área de trabajo antes y después de su uso.

  1. Recoja 500 ml de muestra de agua en cinco botellas de vidrio estériles de diferentes sitios del cuerpo de agua. Mida el pH y la temperatura de cada muestra con un medidor de pH y un termómetro, respectivamente.
    NOTA: El protocolo no es específico del sitio y también se puede adaptar fácilmente para aislar organismos de cuerpos de agua contaminados con hidrocarburos.
  2. Filtre la muestra en un lote de 100 ml a través de láminas filtrantes de 0,22 μm de tamaño de poro, en condiciones asépticas.
    NOTA: El diámetro del papel de filtro no debe exceder el diámetro de la placa de Petri. Por ejemplo, el papel de filtro que no supere los 85 mm de diámetro es óptimo para una placa de Petri de 100-120 mm.
  3. Mantenga los papeles de filtro sobre diferentes placas de medios nutritivos (PYE 19, R2A20,M9, LB, NB, TSB, M63 21 y M2G22). Los diferentes tipos de medios de cultivo permiten la selección y enriquecimiento de diferentes microorganismos. Las composiciones de varios medios de crecimiento se enumeran en la Tabla 1. Utilice un papel para cada placa de medios y despegue después de 2 h con pinzas estériles.
  4. Diluir en serie las muestras de agua sin filtrar (dilución 106 ) en agua bidestilada estéril añadiendo 100 μL de la muestra de agua recogida en 900 μL de agua estéril. Esto da como resultado una dilución de 1:10. A partir de esta muestra, tomar 100 μL y añadir 900 μL de agua estéril para obtener una dilución 1:100. Repita la dilución hasta que el pliegue de dilución sea 1:1.000.000. Mezclar por pipeteo. El volumen final de cada dilución será de 1 mL.
  5. Extienda 100 μL de la muestra de agua diluida individualmente en todas las placas de medios de crecimiento mencionadas en el paso 3 por triplicado.
  6. Incubar las placas a 30 °C durante 24 a 48 h dependiendo del crecimiento de las colonias.
    NOTA: La mayoría de los aislados ambientales crecen a una temperatura óptima de 30 °C. Si aísla las muestras de un ambiente con temperaturas extremas, incube las placas a la misma temperatura que la del sitio de recolección.
  7. A continuación, recoja las colonias con un palillo de dientes estéril o una punta de pipeta y realice un rayado de cuadrante para obtener colonias aisladas.
  8. Incuba las placas durante la noche. Al día siguiente, examine las colonias en función de sus características morfológicas, como el color, la textura, la forma, el tamaño, el margen, la elevación, etc. Repintar las colonias para obtener cultivos puros.
  9. Realice la tinción de Gram de cada cultivo puro23 y proceda con la preparación del caldo de glicerol.
  10. Para preparar las reservas de glicerol, inocular una sola colonia en 3 ml de medio de cultivo adecuado e incubar a 30 °C. Del cultivo nocturno, tomar 700 μL y añadir 300 μL de glicerol al 100% (esterilizado en autoclave) en crioviales24. Congele los viales a -80 °C para su almacenamiento a largo plazo.

2. Degradación de hidrocarburos

NOTA: El siguiente ejemplo es para examinar los aislados que pueden degradar el estireno. Se trata de una ligera modificación del método adaptado en un informe anterior25. Siga los pasos en condiciones asépticas.

  1. De un plato recién rayado, elija una colonia e inocule en 5 ml de caldo de soja tríptico (TSB)/caldo nutritivo (NB). Cultive el cultivo durante la noche a 30 °C con agitación a 200 rpm hasta que la absorbancia alcance ~2.
    NOTA: Aparte de TSB/NB, se puede elegir cualquier medio de cultivo en el que las bacterias alcancen una alta densidad celular.
  2. Al día siguiente, pegue las células a 2862 x g durante 5 min a 4 °C y deseche el sobrenadante.
  3. Lavar el pellet dos veces con 2 ml de solución salina esterilizada en autoclave (0,9% NaCl) y centrifugar a 2862 x g durante 5 min a 4 °C.
    NOTA: La solución salina es isotónica y, por lo tanto, mantiene la presión osmótica dentro de las células bacterianas.
  4. Resuspenda el pellet en 2 mL de medio basal líquido libre de carbono (LCFBM). Mida la absorbancia (OD600).
  5. Tomar dos matraces estériles Erlenmeyer con capacidad de 150 mL para el control y el grupo experimental. Etiquétalos como A y B.
  6. En el grupo no inoculado/control (matraz A), añadir 40 mL de LCFBM y estireno (5 mM).
  7. En el matraz B, añadir 35 mL de LCFBM y estireno (ajustar la concentración final de estireno a 5 mM). Añadir la suspensión celular con un diámetro exterior final de600 células ≈ 0,1 y compensar el volumen restante con LCFBM hasta 40 mL. Incubar los matraces a 30 °C agitando a 200 rpm durante 30 días.
    NOTA: Los hidrocarburos en exceso pueden ser tóxicos para los microbios, por lo tanto, comience con baja concentración y auméntela gradualmente.
  8. Repita lo anterior para cada deformación adicional que deba evaluarse para la degradación de hidrocarburos.
  9. Mida el OD600 de cada matraz cada 5 días y trace una curva de crecimiento. Aumente la incubación hasta 45 días si las bacterias pueden utilizar estireno. Un aumento en OD600 indica que la bacteria puede metabolizar el estireno.

3. Cribado de la degradación de catecol por aislados bacterianos

NOTA: La degradación de hidrocarburos aromáticos como estireno, benceno, xileno, naftaleno, fenoles, etc. produce catecoles como intermediarios de reacción. Los catecoles son metabolizados por las bacterias con la ayuda de las enzimas catecol 1,2-dioxigenasa y catecol 2,3-dioxigenasa a través de las vías de orto- y meta-escisión, respectivamente26. Estas enzimas también intervienen en la degradación de otros hidrocarburos como el clorobenceno27. El protocolo que se menciona a continuación utiliza lisado de células enteras para el ensayo de la enzima catecol 2, 3-dioxigenasa28. El mismo método de lisis se puede utilizar para detectar la actividad de la catecol 1,2-dioxigenasa. Sin embargo, la composición de la mezcla de reacción variará. Ambas enzimas son de naturaleza inducible y pueden ser inducidas por la adición de fenol al medio de crecimiento.

  1. Con la ayuda de un asa estéril, inocule la colonia bacteriana de una placa recién rayada en un medio de sales minerales (MSM) suplementado con 1-4 mM de fenol. Incubar el cultivo a 30 °C y 200 rpm. Coseche el cultivo a 4 °C cuando el DO 600 alcance entre 1,4 y 1,6 (es decir, en fase exponencial tardía) centrifugando a4500 x g durante 20 min.
  2. Lavar el gránulo celular con tampón de fosfato (0,5 M, pH 7,5).
  3. Vuelva a suspender las células en el tampón de fosfato mencionado anteriormente y ajuste el ODfinal 600 ≈ 1,0.
  4. Lisar las células mediante sonicación pulsada durante 1,5 min, siendo la duración de cada pulso de 15 s. Después de este paso, la suspensión debe ser clara o menos turbia. Si no es así, aumente el número de pulsos y compruebe si la suspensión está despejada. Después de cada pulso, mantenga la muestra en hielo para evitar la degradación de las proteínas.
  5. Eliminar los restos celulares y las células intactas mediante centrifugación a 9.000 x g durante 30 min, manteniendo la temperatura fría (4 °C).
  6. Pipetear con cuidado el sobrenadante transparente. Esta fracción tiene el extracto crudo para el ensayo enzimático.
  7. Determinar la concentración proteica del extracto crudo por el método de Bradford o Lowry29,30.
  8. Para determinar la actividad de la catecol 2,3-dioxigenasa, se mide la formación del producto final de la reacción (semialdehído 2-hidroximucónico) mediante un espectrofotómetro.
  9. Prepare la mezcla de reacción añadiendo 20 μL de catecol (50 mM), 960 μL de tampón fosfato (50 mM, pH 7,5) y 20 μL de extracto crudo.
  10. Para el control negativo, reemplace el extracto crudo con tampón de fosfato y ajuste el volumen final a 1 mL.
  11. Incubar la mezcla de reacción durante 30 min. A intervalos de tiempo establecidos, mida la absorbancia a 375 nm. Un aumento en la absorbancia indica la formación del producto final de la reacción, el semialdehído del ácido 2-hidroximucónico (2-HMS). Realice el experimento por triplicado.
    NOTA: El catecol es sensible a la luz y al oxígeno. Guarde la mezcla de reacción en la oscuridad y cierre bien los tubos para evitar la degradación natural del catecol.

4. Aislamiento genómico del ADN del cultivo puro

NOTA: Este es el protocolo general para el aislamiento de ADN genómico. La tinción de Gram se realizó durante la etapa de recolección, procesamiento y análisis de la muestra. Debido a la variación en el grosor de la pared celular de las bacterias grampositivas y gramnegativas, el método de lisis celular se modifica en consecuencia. Use guantes mientras aísla y desinfecte el banco de trabajo con etanol al 70% para evitar que las nucleasas degraden el ADN. Algunos de los productos químicos que se mencionan a continuación pueden causar quemaduras graves en la piel y se debe tener el cuidado adecuado al manipularlos.

  1. Aislamiento de ADN genómico de bacterias gramnegativas31.
    1. Elija una sola colonia e inocule en un medio de cultivo fresco en tubos de ensayo estériles.
    2. Coloque los tubos en un agitador de incubadora a 200 rpm y deje que las bacterias crezcan durante la noche a 30 °C.
    3. Al día siguiente, pelines de 1,5 ml de cultivo cultivado durante la noche a 12.400 x g durante 3 min.
    4. Retirar el sobrenadante y volver a suspender el gránulo en 200 μL de tampón de lisis (40 mM de acetato de tris, pH 7,8, 20 mM de acetato de sodio, 1 mM de EDTA, 1% de SDS).
    5. Añadir 66 μL de solución de NaCl (5 M) y mezclar bien.
    6. Gellet la mezcla resultante a 12.400 x g durante 10 min (4 °C).
    7. Pipetear el sobrenadante transparente en un tubo de microcentrífuga nuevo y añadir un volumen igual de cloroformo.
    8. Invierta, mezcle la solución varias veces hasta que se observe una solución lechosa.
    9. Girar a 12.400 x g durante 3 min y transferir el sobrenadante a un vial limpio.
    10. Agregue 1 ml de etanol 100% helado; mezclar por inversión hasta que se precipiten hebras blancas de ADN.
    11. Centrifugar el ADN precipitado a 2.200 x g durante 10 min a 4 °C y desechar el sobrenadante.
    12. Lave el gránulo de ADN con 1 ml de etanol al 70% y deje que el gránulo de ADN se seque durante 5 minutos a temperatura ambiente.
    13. Una vez seco, vuelva a suspender el gránulo en 100 μL de 1x tampón Tris-EDTA(TE) y almacene el ADN a -20 °C.
    14. Mida la concentración (A260/280) con un espectrofotómetro y ejecute el ADN en gel de agarosa (1%) para evaluar la calidad del ADN24.
  2. Aislamiento de ADN genómico de la cepa grampositiva32
    1. Elija una sola colonia e inocule en medio de cultivo fresco en tubos de ensayo estériles.
    2. Coloque los tubos en un agitador de incubadora a 200 rpm y deje que las bacterias crezcan durante la noche a una temperatura de crecimiento adecuada.
    3. Al día siguiente, tome 1,5 ml del cultivo cultivado y centrifugue a 8.600 x g durante 5 minutos.
    4. Retire el sobrenadante y vuelva a suspender las células en el tampón TE.
    5. Ajuste el diámetro exterior600 = 1,0 con tampón TE y transfiera 740 μL de la suspensión celular a un tubo de microfuga limpio.
    6. Añadir 20 μL de lisozima (100 mg/ml de stock) y mezclar bien pipeteando. Incubar a 37 °C durante 30 min (en baño seco).
    7. Añadir 40 μL de SDS al 10% y mezclar bien.
    8. Añadir 8 μL de proteinasa K (10 mg/mL). Mezclar bien e incubar a 56 °C durante 1-3 h (en baño seco). La suspensión debería aclararse ahora con una mayor viscosidad, lo que marca una lisis celular eficiente.
      NOTA: La suspensión se puede dejar toda la noche si las células no se lisan correctamente.
    9. Precalentar la mezcla CTAB/NaCl a 65 °C (en baño seco) y añadir 100 μL de esta mezcla a la suspensión celular. Mezclar bien.
    10. Incubar a 65 °C durante 10 min (en baño seco).
    11. Añadir 500 μL de cloroformo:alcohol isoamílico (24:1) y mezclar bien. Centrifugar a 16.900 x g durante 10 min a 25 °C.
    12. Transferir la fase acuosa a un tubo de microcentrífuga fresco evitando la fase orgánica (fase viscosa en la parte inferior).
    13. Agregue con cuidado 500 μL de fenol:cloroformo:alcohol isoamílico (25:24:1) y mezcle bien. Centrifugar a 16.900 x g durante 10 min a 25 °C.
    14. Tomar la fase acuosa en un tubo de microcentrífuga nuevo. Añadir 500 μL de cloroformo:alcohol isoamílico (24:1) y mezclar bien.
    15. Trasvasar la fase acuosa y añadir isopropanol de 0,6 volúmenes (preenfriado a -20 °C).
    16. Las hebras de ADN precipitadas deben ser visibles en forma filiforme. Incubar a -20 °C durante 2 h o toda la noche.
    17. Centrifugar a 16.900 x g durante 15 min a 4 °C para granular el ADN.
    18. Decantar el isopropanol con cuidado y lavar el pellet con 1 ml de etanol frío al 70% (preenfriado a -20 °C) para eliminar las impurezas.
    19. Centrifugar a 16.900 x g durante 5 min a 4 °C. Deseche el sobrenadante.
    20. Deje que el gránulo se seque a temperatura ambiente durante 20 minutos o mantenga el tubo a 37 °C. Asegúrese de que el gránulo no esté demasiado seco.
    21. Vuelva a suspender en 100 μL de tampón TE 1x y almacene el ADN a -20 °C.
      NOTA: Si el gránulo se seca demasiado y es difícil de resuspender, incubar el tubo de microcentrífuga con gránulo de ADN y agua libre de nucleasa a 37 °C durante 15-20 min y volver a suspender mediante pipeteo.
    22. Mida la concentración (A260/280) con un espectrofotómetro después de realizar una dilución 1:100 en tampón TE 1x y ejecute el ADN en gel de agarosa (1%) para evaluar la calidad del ADN24.

5. Secuenciación del ARNr 16S

NOTA: El protocolo que se describe a continuación es para la amplificación y secuenciación del ARNr 16S para la identificación bacteriana. La información derivada de la secuencia de ARNr 16S se utiliza para la identificación de un organismo desconocido y para encontrar la relación entre diferentes organismos.

  1. Para identificar las cepas, amplifique el ADN aislado de los cultivos bacterianos puros mediante PCR con cebadores universales dirigidos a la secuencia de ARNr 16S para bacterias: 27F (5'-AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-3') y 1492R (5'- TACGGYTACCTTGTTACGACTT-3')33.
  2. Prepare la mezcla de PCR (reacciones de 25 μL) en hielo con 18 μL de agua esterilizada en autoclave/libre de nucleasas, 2,5 μL de tampón 10x, 0,5 μL de cebadores directos e inversos (100 μM de stock), 2 μL de la mezcla de dNTPs (100 μM de stock), 1 μL de molde de ADN (2-15 ng/μL) y 1 U de Taq Polimerasa.
  3. Utilice las siguientes condiciones cíclicas para la amplificación del gen ARNr 16S: desnaturalización inicial a 94 °C durante 10 min, (desnaturalización final a 94 °C durante 40 s, recocido de cebador a 56 °C durante 1 min, extensión a 74 °C durante 2 min) x 30 ciclos, extensión final a 74 °C durante 10 min.
  4. Una vez finalizado el ciclo, mezcle 5 μL de muestra y 1 μL de colorante de carga de ADN 5x. Aplicar gel de agarosa al 1% para verificar la amplificación. Almacene los productos de PCR a 4 °C a corto plazo o congélelos a -20 °C hasta su uso posterior.
  5. Para la secuenciación del gen ARNr 16S, configure la misma reacción que se mencionó anteriormente para un volumen mayor (100 μL).
  6. Purifique los amplicones para la secuenciación Sanger24,34 utilizando el kit de purificación de productos de PCR o mezcle toda la muestra con un colorante de carga de ADN y cárguela en un gel de agarosa para realizar el método de extracción en gel.
  7. Una vez realizada la secuenciación, convierta el archivo de resultados en formato FASTA y compruebe la similitud de la secuencia con la herramienta básica de búsqueda de alineación local (BLAST) en NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)35.

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Resultados

En la Figura 1 se representa el esquema que describe todo el procedimiento para el aislamiento y cribado de bacterias de hábitats acuáticos y su posterior identificación mediante análisis de ARNr 16S. Se recogieron muestras de agua de un humedal en Dadri, India, en botellas de vidrio estériles e inmediatamente se llevaron al laboratorio para su procesamiento. Las muestras se pasaron a través de láminas de filtro con un tamaño de poro de 0,22 μm, y los papeles de fi...

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Discusión

Está bien establecido que solo aproximadamente el 1% de las bacterias de la Tierra se pueden cultivar fácilmente en el laboratorio6. Incluso entre las bacterias cultivables, muchas permanecen sin caracterizar. Las mejoras en los métodos moleculares han dado una nueva dimensión al análisis y evaluación de las comunidades bacterianas. Sin embargo, estas técnicas tienen limitaciones, pero no hacen que los análisis de la cultura sean redundantes. Las técnicas de cultivo puro para aislar espec...

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Divulgaciones

Los autores declaran no tener conflictos de intereses.

Agradecimientos

Agradecemos al Dr. Karthik Krishnan y a los miembros del laboratorio de RP por sus útiles comentarios y sugerencias. DS cuenta con el apoyo de la beca de doctorado de SNU y la beca del Earthwatch Institute India. El laboratorio RP cuenta con el apoyo de una subvención CSIR-EMR y fondos iniciales de la Universidad Shiv Nadar.

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Materiales

NameCompanyCatalog NumberComments
AgaroseSigma-AldrichA4718Gel electrophoresis
Ammonium chloride (NH4Cl)Sigma-AldrichA9434Growth medium component
Ammonium sulphateSigma-AldrichA4418Growth medium component
Bacto-AgarMillipore1016141000Solid media preparation
Calcium chloride (CaCl2)MERCKC4901-500GGrowth medium component
CatecholSigma-Aldrich135011Hydrocarbon degradation assay
Cetyltrimethylammonium bromide, CTABSigma-AldrichH6269Genomic DNA Isolation
ChloroformHIMEDIAMB109Genomic DNA isolation
Disodium phosphate (Na2HPO4)Sigma-AldrichS5136Growth medium component
EDTASigma-AldrichE9884gDNA buffer component
Ferrous sulphate, heptahydrate (FeSO4.7H20)Sigma-Aldrich215422Growth medium component
GlucoseSigma-AldrichG7021Growth medium component
GlycerolSigma-AldrichG5516Growth medium component; Glycerol stocks
IsopropanolHIMEDIAMB063Genomic DNA isolation
LB AgarDifco244520Growth medium
Luria-Bertani (LB)Difco244620Growth medium
Magnesium sulphate (MgSO4)MERCKM2643Growth medium component
Manganese (II) sulfate monohydrate (MnSO4.H20)Sigma-Aldrich221287Growth medium component
Nutrient Broth (NB)Merck (Millipore)03856-500GGrowth medium
PeptoneMerck91249-500GGrowth medium component
PhenolSigma-AldrichP1037Genomic DNA isolation
Potassium phosphate, dibasic (K2HPO4)Sigma-AldrichP3786Growth medium component
Potassium phosphate, monobasic (KH2PO4)Sigma-AldrichP9791Growth medium component
Proteinase KThermoFisher ScientificAM2546Genomic DNA isolation
QIAquick Gel Extraction kitQIAGEN160016235DNA purification
QIAquick PCR Purification kitQIAGEN163038783DNA purification
R2A AgarMillipore1004160500Growth medium
SmartSpec Plus SpectrophotometerBIO-RAD4006221Absorbance measurement
Sodium acetateSigma-AldrichS2889Genomic DNA isolation
Sodium chloride (NaCl)Sigma-AldrichS9888Growth medium component
Sodium dodecyl sulphate (SDS)Sigma-AldrichL3771Genomic DNA isolation
StyreneSigma-AldrichS4972Styrene biodegradation
Taq DNA PolymeraseNEBM0273X16s rRNA PCR
Tris-EDTA (TE)Sigma-Aldrich93283Resuspension of genomic DNA
Tryptic Soy Broth (TSB)Merck22092-500GGrowth medium
Yeast extractSigma-AldrichY1625-1KGGrowth medium component
Zinc sulfate heptahydrate (ZnSO4.7H20)Sigma-Aldrich221376Growth medium component

Referencias

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