Después de crear las coordenadas del sistema para las simulaciones de dinámica molecular, cree un script de envío para minimizar y relajar el sistema de coordenadas construido. Utilice los comandos enumerados hasta el comentario de producción de hashtags en el archivo README proporcionado en la salida de CHARMM-GUI al script de envío. Envíe el script de relajación y asegúrese de que se hayan producido todos los archivos de salida de sus pasos antes de pasar a la ejecución de producción.
Al finalizar, verifique la presencia de archivos de salida con diferentes extensiones generados desde GROMACS durante la ejecución de relajación de seis pasos. Para realizar pruebas comparativas, genere trayectorias cortas de uno a dos nanosegundos de duración y estime el costo computacional utilizando un número variable de nodos informáticos. Compare el rendimiento en nanosegundos por día para diferentes números de nodos de computación para determinar los recursos óptimos para la ejecución.
Elija el número de nodos que dan como resultado un nivel de rendimiento entre el 75 y el 80% del máximo. Comprima los archivos de trayectoria sin procesar indicados como archivos trr en GROMACS cambiando el formato de archivo a archivos xtc u omitiendo fotogramas para reducir el tamaño del archivo y facilitar una transferencia eficiente a la estación local para su visualización y análisis. Visualice la trayectoria completa antes de ejecutar cualquier análisis para identificar las moléculas o átomos de interés y determinar la parte de la trayectoria destinada a la caracterización.
A continuación, determine el área por serie temporal de lípidos para las simulaciones de membrana e identifique la parte de la trayectoria. El análisis de la estructura de la membrana reveló una diferencia significativa en el grosor entre los dos modelos para el retículo endoplásmico, lo que indica una relación inversa entre el área por lípido y el espesor de la membrana. Los parámetros del orden de deuterio de cada especie lipídica mostraron que hay poca o ninguna diferencia entre el orden de las colas lipídicas entre los modelos, excepto para DPPE, que muestra un ligero aumento para la cola SN1 en el modelo PI.
La composición lipídica y los modelos de membrana modulan las interacciones con otras moléculas. Por ejemplo, las simulaciones que utilizan diferentes proporciones de lípidos PC y PS mostraron que las interacciones electrostáticas impulsan la unión inicial de D112, un catión lipofílico deslocalizado a lípidos aniónicos, y las interacciones hidrofóbicas tiran de la molécula hacia el núcleo de la membrana.
