Para comenzar, conecte un dispositivo portátil de imágenes estomáticas a una computadora equipada con un software de adquisición de imágenes. Use un pedazo de papel para quitar con cuidado las gotas de agua de las hojas inoculadas de la planta Arabidopsis thaliana inoculadas con Pseudomonas syringae. Ahora abra la cubierta superior del dispositivo, coloque la hoja en el escenario y cierre la cubierta.
Ajuste el enfoque con el tornillo de ajuste y haga clic en Guardar imagen en el ordenador para capturar la imagen. Para realizar una medición automatizada de la apertura estomática, abra el bloc de notas de Google Colaboratory. Haga clic en Archivo seguido de Guardar una copia en Drive para hacer una copia local en Google Drive.
Cuando se abra una nueva pestaña, cierre la pestaña del bloc de notas original. Presione el botón Ejecutar en la sección Configuración ambiental del cuaderno para importar las bibliotecas necesarias sin desplegar los bloques de celdas. En la sección Configuración del directorio, crea tres carpetas en Google Drive para su análisis.
Mueva las imágenes adquiridas a la carpeta example_result, clasificándolas por tratamiento o muestra para la generación final de gráficos. Haga clic en Descargar modelos entrenados para descargar los archivos ONNX de los modelos entrenados de Zenodo. Coloque los archivos descargados en el directorio del modelo.
Ejecute la parte de inferencia y medición de la apertura estomática del cuaderno para cuantificar la apertura estomática a partir de imágenes individuales. Las imágenes resultantes con inferencia superpuesta y el example_result. CSV se exportará al directorio inference_results.
Ejecute la sección Generación de gráficos para crear un gráfico sobre la relación de apertura de estomas. Exporte este gráfico al directorio inference_results. Se observó una disminución en la apertura estomática en las plantas inoculadas con Pto en comparación con las plantas inoculadas simuladamente una hora después de la inoculación.
A las tres horas después de la infección, la apertura estomática tanto en las plantas inoculadas con Pto como en las plantas simuladas fue prácticamente la misma. La medición automatizada de la apertura estomática tardó aproximadamente cinco segundos en procesar una imagen, lo que resultó en una reducción del 95% en el tiempo de medición.
