Para empezar, abra un navegador web y navegue hasta el enlace para acceder a la funcionalidad de Análisis de Vías Conjuntas en el sitio web de MetaboAnalyst. Acceda a la carpeta donde se guardan los archivos de salida de la implementación de DeepOmicsAE y abra los archivos de texto denominados module_n. txt para cada módulo de señalización generado.
A partir de los archivos de texto, localiza la lista de proteínas y cópialas. En la página web de MetaboAnalyst, pegue la lista copiada de proteínas en la ventana de cambios de plegamiento del gen con las proteínas del gen. Repita para los metabolitos, pegándolos en la lista de compuestos con la ventana opcional de cambios de plegado en la misma página web.
Elija el organismo correspondiente y el tipo de identificación. A continuación, envíe la información haciendo clic en Enviar en la parte inferior de la página. En la página siguiente, compruebe la asignación de ID para asegurarse de que los identificadores se reconocen correctamente y, a continuación, haga clic en Continuar.
En la página Configuración de parámetros, seleccione Rutas metabólicas integradas o Todas las vías integradas para visualizar la contribución de la entrada a las vías metabólicas o a todas las vías de señalización. En el panel Selección de algoritmo, elija Análisis de enriquecimiento, Prueba hipergeométrica; Medida de topología, centralidad de grados; y Método de integración, Combinar valores p a nivel de trayectoria. Haga clic en Enviar en la parte inferior de la página.
La página final, Vista de resultados, mostrará los resultados del análisis de enriquecimiento. Esto incluye gráficos de vías enriquecidas en función de su impacto e importancia y una lista tabular de vías. La interpretación de MetaboAnalyst de los módulos de señalización obtenidos en DeepOmicsAE en un conjunto de datos de muestras cerebrales de pacientes sanos o con Alzheimer reveló que para cada módulo de señalización, se enriquecieron distintas vías metabólicas y de señalización.
Además, la caracterización de las interacciones que ocurren entre las características clínicas y los módulos de señalización mostró que la alteración del metabolismo de los glicerolípidos en los pacientes con Alzheimer se asoció con su sexo y edad de muerte. Por el contrario, las alteraciones de las sinapsis y la funcionalidad de los axones tienden a ocurrir en los pacientes con Alzheimer, independientemente de su sexo, nivel de educación y longevidad.
