Para empezar, pesa tubos de dos mililitros y registra el peso inicial como w0. Coseche los tejidos de la raíz de Arabidopsis thaliana cocultivados y lávelos tres veces con agua estéril. Coloca la raíz sobre papel de filtro para eliminar el exceso de agua.
Transfiera las raíces al tubo de microcentrífuga previamente pesado. Pesa las raíces con el tubo y anótalo como w1. A continuación, agregue 1 mililitro de PBS al tubo y Vortex durante ocho minutos a velocidad máxima.
Diluir las suspensiones que contienen las células bacterianas colonizadas por la raíz de 1 por 10 a la 1ª negativa a 1 por 10 a la 5ª negativa. Extienda las suspensiones bacterianas diluidas en placas de agar Luria-Bertani e incube a 37 grados centígrados durante 10 horas. Después de la incubación, cuente las colonias bacterianas en placas de agar Luria-Bertani.
Calcular las unidades formadoras de colonias según la dilución correspondiente, y normalizar los datos con el peso fresco de la raíz para obtener un recuento de células bacterianas colonizadas por gramo de raíz. A los dos días después de la inoculación, la colonización de Bacillus velezensis tipo salvaje SQR9 y un mutante derivado, delta 8mcp, demostró una reducción significativa de la colonización radicular de delta 8mcp, lo que sugiere la efectividad de esta condición y método para medir la colonización bacteriana.