Comience por descargar la estructura del complejo proteína-proteína. Para ello, vaya a la página de inicio del banco de datos de proteínas e introduzca el ID de PDB en el cuadro de búsqueda principal. En la página principal de la estructura, haga clic en descargar archivos y luego en ensamblaje biológico 1 para descargar los archivos en formato PDB-gz.
Abra la estructura descargada en UCSF Chimera. Vaya a herramientas, luego a estructura/edición, y haga clic en cambiar ID de cadena. Cambie el nombre de la segunda cadena, inicialmente etiquetada como A a B.Luego, haga clic en favoritos, seguido del panel modelo.
Seleccione el modelo con las dos cadenas y haga clic en el botón agrupar/desagrupar para separar cada cadena en un modelo diferente. A continuación, seleccione los dos modelos y haga clic en el botón copiar/combinar. Introduzca un nuevo nombre para el modelo combinado, compruebe cerrar los modelos de origen y haga clic en Aceptar.
Haga clic en seleccionar, luego en cadena, y confirme que las cadenas en el dímero ahora se identifican como A y B.Haga clic en el archivo y guarde PDB para guardar la estructura editada como un nuevo archivo PDB. Para identificar el segmento objetivo en la proteína ligando, navegue hasta el servidor de escaneo de alanina BUDE. Haga clic en el botón elegir archivo en estructura, cargar y cargar el archivo PDB guardado.
En la página siguiente, compruebe que la estructura se ha cargado correctamente e introduzca un nombre para el trabajo en el servidor. Establezca las cadenas A como receptor y B como ligando, y haga clic en el botón de inicio de escaneo para enviar el trabajo. Una vez finalizado el trabajo, haga clic en mostrar resultados para abrir la página de resultados.
En la lista de residuos, seleccione el tramo de residuos que se prevé que interactúe mejor con la superficie de unión objetivo. Utilizando este protocolo, se predijo un segmento de aminoácidos que interactúa con la superficie de unión de IRF5. Utilizando mutagénesis computacional de barrido de alanina, se predijo un segmento de 13 aminoácidos desde las posiciones 424 a 436, con el motivo PLXIS comenzando en arginina 432.
