Aquí, presentamos un protocolo para explorar el biomarcador y el predictor de supervivencia de la base del cáncer de mama sobre el análisis de una variedad de bases de datos accesibles al público. Este método puede mejorar la credibilidad y representatividad de las conclusiones, presentando así una perspectiva informativa sobre un gen de interés. La ventaja de este método es que permite la rápida visualización e interpretación del papel potencial de un gen en el cáncer de mama.
Además, todos los resultados obtenidos a través de este procedimiento pueden ser inmediatamente probados y repetidos simplemente consultando los sitios web correspondientes. Elegimos el cáncer de mama en el estudio para probar la viabilidad de este método. Debido a que el cáncer de mama es una enfermedad heterogénea, el diagnóstico, el tratamiento y el pronóstico de diferentes subtipos moleculares de cáncer de mama pueden variar.
Por lo tanto, es particularmente importante encontrar una herramienta o base de datos en línea eficiente con información que refleje los subtipos dispares del cáncer de mama. Para comenzar este procedimiento vaya a la interfaz web ONCOMINE. Escriba ID1 en el cuadro de búsqueda para obtener los niveles de expresión relativa del gen ID1 en varios tipos de neoplasias malignas.
En el menú De filtros primarios, seleccione el tipo de análisis y, a continuación, seleccione Cáncer frente a Análisis normal. En el menú de otras vistas, seleccione la vista de resumen de genes.
Establezca el umbral de valor P en 0,01. Establezca el umbral de cambio de pliegue en 2. Establezca el umbral de rango genético en Todos.
Establezca el tipo de datos en Todos. Descarga las cifras. Primero, vaya a la interfaz web BC Gene-Expression Miner.
En el menú de análisis, seleccione correlación y, a continuación, pulse el botón exhaustivo. Escriba ID1 en el cuadro de búsqueda y pulse el botón Enviar y el botón Iniciar análisis. Para el análisis de subgrupos en BC Gene-Expression Miner, vaya a la interfaz BC Gene-Expression Miner.
En el menú de análisis, seleccione la expresión y pulse el botón exhaustivo. Escriba ID1 en el cuadro de búsqueda y pulse el botón Enviar y el botón Iniciar análisis. Haga clic en el estado nodal y en las miniaturas de estado de grado scarff Bloom Richardson para ver imágenes completas.
En las imágenes de Scarff Bloom Richardson, pulse el botón de abajo para visualizar los valores P de las figuras. A continuación, descargue las cifras. Para el análisis de subgrupos a través de Resultado basado en expresiones génicas para el cáncer de mama en línea, vaya a la interfaz web de GOBO.
Escriba ID1 para el símbolo genético de interés y cargue el conjunto de genes. Establezca el rango de búsqueda para definir identificadores genéticos/sondas en símbolo genético. Establezca todo en la selección de tumores y seleccione el estado del nodo y la pendiente estratificadas en los parámetros multivariantes.
Los demás elementos siguen siendo predeterminados. Ahora, envíe la investigación y descargue las cifras. Para el análisis de supervivencia en BC Gene-Expression Miner, vaya a la interfaz web de BC Gene-Expression Miner.
En el menú de análisis, seleccione pronóstico y, a continuación, pulse el botón exhaustivo. Escriba ID1 en el cuadro de búsqueda y pulse el botón Enviar y, a continuación, el botón Iniciar análisis. En el análisis de pronóstico exhaustivo, seleccione Nm, ERm, MR en los criterios de población y evento, y pulse el botón Enviar para obtener más información.
Después de esto, haga clic en las miniaturas de la curva De Kaplan-Meier para exportar los gráficos completos. Para el análisis de supervivencia en el Atlas de Proteína Humana, vaya a la interfaz web de Human Protein Atlas. Escriba ID1 en el cuadro de búsqueda y haga clic en el botón de búsqueda.
A continuación, seleccione el sub-atlas de patología. Haga clic en la etiqueta para el cáncer de mama y aparecerá una página detallada que muestra una gráfica interactiva de dispersión de supervivencia y un análisis de supervivencia. Descargue estas cifras.
Para el análisis de supervivencia en Kaplan-Meier Plotter Survival, vaya a la interfaz web de Kaplan-Meier Plotter. En la zona del chip del gen del ARNm, haga clic en iniciar el trazador KM para el cáncer de mama. Escriba ID1 en la barra de búsqueda y seleccione el elemento verde en el menú candidato.
A continuación, seleccione RFS como el tipo de supervivencia y deje los demás elementos en su configuración predeterminada. Haga clic en Dibujar gráfica Kaplan-Meier y descargue las figuras. En este estudio, se realiza un resultado representativo para la minería de datos y el análisis integrador de un biomarcador de cáncer de mama utilizando ID1, uno de los miembros de la familia que unen el ADN del inhibidor.
Las diferencias de expresión de ARNm ID1 entre el tumor y los tejidos normales se analizan primero utilizando la base de datos ONCOMINE, que contiene un total de 445 análisis únicos. Sólo hay 5 estudios que revelan un nivel de expresión de ARNm de ID1 que es significativamente mayor en los tejidos normales que en los tejidos de cáncer de mama, lo que indica que hay una desregulación de la expresión de ID1 en el cáncer de mama. El BC Gene-Expression Miner se utiliza entonces para identificar la correlación entre la expresión de ARNm de ID1 y los parámetros clinicopatológicos de los pacientes con cáncer de mama.
Se observa que los niveles de ARNm de ID1 aumentan significativamente en pacientes con cáncer de mama sin metástasis de los ganglios linfáticos en comparación con aquellos con metástasis de los ganglios linfáticos. El análisis en GOBO demuestra que el aumento de los niveles de ARNm de ID1 se correlacionan con un grado tumoral más bajo. Estos resultados implican que el aumento de la expresión de ID1 está relacionado con un menor potencial metastásico y un grado patológico más bajo en el cáncer de mama.
El análisis de la base de datos BC Gene-Expression Miner indica que los niveles más altos de ARNm de ID1 están correlacionados con una supervivencia más larga y distante libre de metástasis en pacientes con cáncer de mama. El análisis del Atlas de Proteína Humana también sugiere que los niveles elevados de proteínas de ID1 se asocian con un mejor resultado de supervivencia en pacientes con cáncer de mama. El análisis de supervivencia del trazador Kaplan-Meier es consistente con estos hallazgos, y muestra que los niveles más altos de ARNm de expresión ID1 predicen una mejor supervivencia libre de recurrencia en pacientes con cáncer de mama.
Cada vez habrá más bases de datos en línea disponibles o accesibles para los investigadores. El protocolo podría proporcionar un método eficaz para que los investigadores identifiquen los genes objetivo potenciales y la vía de señalización asociada.
