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Primer Extension Capture: Targeted Sequence Retrieval from Heavily Degraded DNA Sources

We present a method of targeted DNA sequence retrieval from DNA sources which are heavily degraded and contaminated with microbial DNA, as is typical of ...

Max-Planck Institute for Evolutionary Anthropology, Leipzig

&#x76EE;&#x524D;&#x7684;&#x52AA;&#x529B;&#x6765;&#x6062;&#x590D; Neandertal &#x548C;&#x731B;&#x72B8;&#x8C61;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; DNA 454 &#x6D4B;&#x5E8F;&#x8BC1;&#x660E;&#x8FD9;&#x79CD;&#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x3002;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x4F8B;&#x7A0B; 454 &#x6D4B;&#x5E8F;&#x5E94;&#x7528;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x4ECD;&#x7136;&#x9700;&#x8981;&#x5FAE;&#x514B;&#x6570;&#x91CF;&#x7684;&#x521D;&#x6B65;&#x6750;&#x6599;&#x3002;&#x8FD9;&#x662F;&#x7531;&#x4E8E;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x6709;&#x6548;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x91CF;&#x5316; 454 &#x6D4B;&#x5E8F;&#x5E93;&#xFF0C;&#x56E0;&#x6B64;&#x6709;&#x5FC5;&#x8981;&#x6602;&#x8D35;&#x548C;&#x52B3;&#x52A8;&#x5BC6;&#x96C6;&#x578B;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x65F6;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x548C;&#x5176;&#x4ED6;&#x7A77;&#x4EBA;&#x7684; DNA &#x6837;&#x672C;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x4E00;&#x79CD;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5B9A;&#x91CF; pcr &#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x6709;&#x6548;&#x5730;&#x6D88;&#x9664;&#x4E86;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x9650;&#x5236;&#x7684; 454 &#x6D4B;&#x5E8F;&#x5E93;&#x91CF;&#x5316;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F30;&#x8BA1;&#x5206;&#x5B50;&#x6570;&#x76EE;&#x548C;&#x7247;&#x6BB5;&#x5927;&#x5C0F;&#x5206;&#x5E03;&#x5728;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5E93;&#x6765;&#x81EA; Neandertal DNA &#x63D0;&#x53D6;&#x3001; SAGE ditags &#x548C;&#x9ED1;&#x7329;&#x7329;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; DNA&#xFF0C;&#x800C;&#x4E0D;&#x6267;&#x884C;&#x4EFB;&#x4F55;&#x6EF4;&#x5B9A;&#x8FD0;&#x884C;&#x83B7;&#x5F97;&#x6700;&#x4F18;&#x6392;&#x5E8F;&#x7684;&#x6536;&#x76CA;&#x7387;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x6B64;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;454 &#x6D4B;&#x5E8F;&#x53EF;&#x4EE5;&#x7ECF;&#x5E38;&#x4ECE;&#x6267;&#x884C;&#x53EA;&#x8981; 50 pg &#x7684;&#x521D;&#x6B65;&#x6750;&#x6599;&#x65E0;&#x6EF4;&#x5B9A;&#x6CD5;&#x8FD0;&#x884C;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x5927;&#x5E45;&#x5EA6;&#x964D;&#x4F4E;&#x6210;&#x672C;&#xFF0C;&#x540C;&#x65F6;&#x63D0;&#x9AD8;&#x6837;&#x54C1;&#x7684;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x548C;&#x534F;&#x8BAE;&#x5F00;&#x53D1; 454 &#x5E73;&#x53F0;&#x4E0A;&#x7684;&#x8303;&#x56F4;&#x3002;&#x8BE5;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4E5F;&#x5E94;&#x9002;&#x7528;&#x4E8E;&#x7167;&#x6392;&#x80F6;&#x7247;/Solexa &#x548C; ABI/&#x56FA;&#x4F53;&#x6D4B;&#x5E8F;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5E94;&#x56E0;&#x6B64;&#x6709;&#x52A9;&#x4E8E;&#x6269;&#x5927;&#x6240;&#x6709;&#x4E09;&#x4E2A;&#x5E73;&#x53F0;&#x7684;&#x8F85;&#x52A9;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;

&#x4ECE;&#x5411;&#x76AE;&#x514B;/&#x5FAE;&#x514B;&#xFF1A; &#x5B9A;&#x91CF; pcr &#x6280;&#x672F;&#x964D;&#x4F4E;&#x4E86;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x7269;&#x8D28;&#x9700;&#x6C42;&#x3002;

Current efforts to recover the Neandertal and mammoth genomes by 454 DNA sequencing demonstrate the sensitivity of this technology. However, routine 454 sequencing applications still require microgram quantities of initial material. This is due to a lack of effective methods for quantifying 454 sequencing libraries, necessitating expensive and labour-intensive procedures when sequencing ancient DNA and other poor DNA samples. Here we report a 454 sequencing library quantification method based on quantitative PCR that effectively eliminates these limitations. We estimated both the molecule numbers and the fragment size distributions in sequencing libraries derived from Neandertal DNA extracts, SAGE ditags and bonobo genomic DNA, obtaining optimal sequencing yields without performing any titration runs. Using this method, 454 sequencing can routinely be performed from as little as 50 pg of initial material without titration runs, thereby drastically reducing costs while increasing the scope of sample throughput and protocol development on the 454 platform. The method should also apply to Illumina/Solexa and ABI/SOLiD sequencing, and should therefore help to widen the accessibility of all three platforms.

From micrograms to picograms: quantitative PCR reduces the material demands of high-throughput sequencing.

Les efforts actuels pour r&eacute;cup&eacute;rer le Neandertal et g&eacute;nomes mammouths par s&eacute;quen&ccedil;age 454 d&eacute;montrent la sensibilit&eacute; de cette technologie. Cependant, les applications de s&eacute;quen&ccedil;age 454 de routine exigent encore quantit&eacute;s de microgramme de mati&egrave;res premi&egrave;res. Cela est d&ucirc; au manque de m&eacute;thodes efficaces pour quantifier 454 s&eacute;quen&ccedil;age des biblioth&egrave;ques, ce qui n&eacute;cessite des proc&eacute;dures co&ucirc;teuses et &agrave; forte intensit&eacute; de main-d&#39;&oelig;uvre lors du s&eacute;quencement d&#39;ADN ancien et autres pauvres &eacute;chantillons d&#39;ADN. Nous pr&eacute;sentons une m&eacute;thode de quantification de biblioth&egrave;que 454 s&eacute;quen&ccedil;age bas&eacute;e sur la PCR quantitative qui &eacute;limine efficacement ces limitations. Nous avons estim&eacute; que tant les num&eacute;ros de la mol&eacute;cule et les distributions de taille de fragment dans les biblioth&egrave;ques de s&eacute;quen&ccedil;age provenant des extraits d&#39;ADN de Neandertal, SAGE ditags et l&#39;ADN g&eacute;nomique de bonobo, obtenir des rendements de s&eacute;quen&ccedil;age optimal sans effectuer les ex&eacute;cutions de titrage. En utilisant cette m&eacute;thode, s&eacute;quen&ccedil;age 454 peut r&eacute;guli&egrave;rement &ecirc;tre effectu&eacute;es depuis aussi peu que 50 pg de mat&eacute;riels initiaux sans pistes de titrage, r&eacute;duisant ainsi consid&eacute;rablement les co&ucirc;ts tout en augmentant la port&eacute;e de l&#39;&eacute;chantillon d&eacute;bit et protocole de d&eacute;veloppement sur la plateforme 454. La m&eacute;thode s&#39;applique &eacute;galement aux Illumina/Solexa et s&eacute;quen&ccedil;age de l&#39;ABI/solide et devrait donc contribuer &agrave; &eacute;largir l&#39;acc&egrave;s &agrave; tous les trois plates-formes.

De microgrammes &agrave; picogrammes : PCR quantitative r&eacute;duit les exigences mat&eacute;rielles de s&eacute;quen&ccedil;age haut-d&eacute;bit.

Aktuelle Bem&uuml;hungen, die Neandertal und Mammut Genome von 454 DNA-Sequenzierung zu erholen demonstrieren die Empfindlichkeit dieser Technologie. Routine 454 Sequenzierung Anwendungen erfordern jedoch noch Mikrogramm Mengen an Ausgangsmaterial. Dies ist aufgrund mangelnder effektive Methoden zur quantifizieren 454 Sequenzierung Bibliotheken, erfordern teure und arbeitsintensive Prozeduren bei der Sequenzierung von alte DNA und anderen armen DNA-Proben. Hier berichten wir eine 454 Sequenzierung Bibliothek Quantifizierung Methode auf der Grundlage quantitativen PCR, die diese Einschr&auml;nkungen wirksam beseitigt. Sch&auml;tzten wir die Molek&uuml;l-Zahlen und die Fragment-Gr&ouml;&szlig;e-Verteilungen in Sequenzierung Bibliotheken von Neandertal DNA Extrakte, SAGE Ditags und Bonobo genomischer DNA, erhalten optimale Sequenzierung Ertr&auml;ge ohne jede Titration l&auml;uft abgeleitet. Mit dieser Methode kann 454 Sequenzierung von weniger als 50 Pg des urspr&uuml;nglichen Materials ohne Titration l&auml;uft, damit drastisch senken und gleichzeitig den Umfang der Stichprobe Durchsatz und Protokoll-Entwicklung auf der 454 Plattform routinem&auml;&szlig;ig durchgef&uuml;hrt werden. Die Methode sollte auch f&uuml;r Illumina/Solexa und ABI/SOLiD-Sequenzierung gelten, und soll daher dazu beitragen, um die Erreichbarkeit aller drei Plattformen zu erh&ouml;hen.

Von Mikrogramm zu Pikogramm: quantitativer PCR verringert die materiellen Anforderungen des Hochdurchsatz-Sequenzierung.

Gli sforzi attuali di recuperare il Neandertal e mammui genomi di sequenziamento del DNA 454 dimostrano la sensibilit&agrave; di questa tecnologia. Tuttavia, routine 454 sequenziamento applicazioni richiedono ancora microgrammi quantitativi di materiale iniziale. Ci&ograve; &egrave; dovuto una mancanza di efficaci metodi per 454 misurando sequenziazione di librerie, che necessita di procedure costose e manodopera quando sequenziamento del DNA antico e altri poveri campioni di DNA. Qui riportiamo un metodo di quantificazione di biblioteca di 454 sequenziamento basato su PCR quantitativa che elimina in modo efficace queste limitazioni. Abbiamo stimato sia i numeri della molecola e le distribuzioni di dimensione frammento nelle biblioteche di sequenziamento derivate da estratti di DNA Neandertal, salvia ditags e DNA genomic bonobo, ottenendo rese di sequenziamento ottimale senza eseguire qualsiasi titolazione corre. Utilizzando questo metodo, sequenziamento 454 pu&ograve; essere eseguita regolarmente da poco quanto 50 pg del materiale iniziale senza titolazione corre, riducendo quindi drasticamente i costi aumentando la portata del campione throughput e protocollo di sviluppo su piattaforma 454. Il metodo deve applicarsi anche alla sequenza di ABI e solide e Illumina/Solexa e pertanto dovrebbe contribuire ad per ampliare l&#39;accessibilit&agrave; di tutte e tre le piattaforme.

Da microgrammi di picogrammi: PCR quantitativa riduce le richieste di materiale di sequenziamento ad alta velocit&agrave;.

&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x3068;&#x30DE;&#x30F3;&#x30E2;&#x30B9;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0; 454 &#x3092;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3059;&#x308B;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x52AA;&#x529B;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x6280;&#x8853;&#x306E;&#x611F;&#x5EA6;&#x3092;&#x30C7;&#x30E2;&#x30F3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x30A2;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x51E6;&#x7406;&#x30EB;&#x30FC;&#x30C1;&#x30F3; 454 &#x307E;&#x3060;&#x521D;&#x671F;&#x7D20;&#x6750;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x91CF;&#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x3001;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x3092;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x9AD8;&#x4FA1;&#x3067;&#x3001;&#x52B4;&#x50CD;&#x96C6;&#x7D04;&#x578B;&#x306E;&#x624B;&#x9806;&#x306F;&#x3001;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x4ED6;&#x306E;&#x8CA7;&#x3057;&#x3044;&#x4EBA;&#x3005; &#x306E; DNA &#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3092;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x304D; necessitating &#x5B9A;&#x91CF;&#x5316; 454 &#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306E;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5236;&#x9650;&#x3092;&#x6392;&#x9664;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684; PCR &#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x6CD5;&#x306E; 454 &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;&#x5206;&#x5B50;&#x756A;&#x53F7;&#x3068;&#x7531;&#x6765;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E; DNA &#x30A8;&#x30AD;&#x30B9;&#x3001;&#x30BB;&#x30FC;&#x30B8; ditags &#x3068;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x6EF4;&#x5B9A;&#x306E;&#x5B9F;&#x884C;&#x3092;&#x5B9F;&#x884C;&#x305B;&#x305A;&#x6700;&#x9069;&#x9806;&#x5E8F;&#x5229;&#x56DE;&#x308A;&#x3092;&#x53D6;&#x5F97; bonobo &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0; &#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30D5;&#x30E9;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8; &#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x5206;&#x5E03;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;454 &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x65E5;&#x5E38;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB; &#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x958B;&#x767A; 454 &#x30D7;&#x30E9;&#x30C3;&#x30C8;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x4E0A;&#x306E;&#x7BC4;&#x56F2;&#x3092;&#x5897;&#x52A0;&#x3055;&#x305B;&#x306A;&#x304C;&#x3089;&#x3001;&#x30B3;&#x30B9;&#x30C8;&#x3092;&#x524A;&#x6E1B;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5C11;&#x3057; 50 pg &#x521D;&#x671F;&#x7D20;&#x6750;&#x6EF4;&#x5B9A;&#x306E;&#x5B9F;&#x884C;&#x304C;&#x306A;&#x304F;&#x304B;&#x3089;&#x5B9F;&#x884C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x3001;&#x30A4;&#x30EB;&#x30DF;&#x30CA;/Solexa &#x3068;&#x914D;&#x5217;&#x3059;&#x308B; ABI/&#x56FA;&#x4F53;&#x306B;&#x3082;&#x9069;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3001;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E; 3 &#x3064;&#x306E;&#x30D7;&#x30E9;&#x30C3;&#x30C8;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x30A2;&#x30AF;&#x30BB;&#x30B7;&#x30D3;&#x30EA;&#x30C6;&#x30A3;&#x3092;&#x5E83;&#x3052;&#x308B;&#x306B;&#x5F79;&#x7ACB;&#x3064;&#x306F;&#x305A;&#x3002;

&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF; &#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x304B;&#x3089;: &#x91CF;&#x7684;&#x306A; PCR &#x306F;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x6750;&#x6599;&#x306E;&#x8981;&#x6C42;&#x3092;&#x6E1B;&#x3089;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

454 DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD558; &#xC5EC; Neandertal &#xBC0F; &#xAC70; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xD604;&#xC7AC; &#xB178;&#xB825;&#xC774; &#xAE30;&#xC220;&#xC758; &#xAC10;&#xB3C4; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xB8E8;&#xD2F4; 454 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC751;&#xC6A9; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8;&#xC5D0;&#xB294; &#xC5EC;&#xC804;&#xD788; &#xADF8;&#xB7A8; &#xC591;&#xC758; &#xCD08;&#xAE30; &#xC790;&#xB8CC; &#xD544;&#xC694;. &#xC774;&#xAC83;&#xC740; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;, &#xACE0; &#xB300; DNA &#xBC0F; &#xB2E4;&#xB978; &#xBD88; &#xC30D; &#xD55C; DNA &#xC0D8;&#xD50C;&#xC744; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD560; &#xB54C; &#xBE44;&#xC2F8;&#xACE0; &#xB178;&#xB3D9; &#xC9D1;&#xC57D;&#xC801;&#xC778; &#xC808;&#xCC28;&#xB97C; &#xD544;&#xC694;&#xB85C; &#xD558;&#xB294; &#xCE21;&#xB7C9; 454 &#xC704;&#xD55C; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC778; &#xBC29;&#xBC95;&#xC758; &#xBD80;&#xC871; &#xB54C;&#xBB38;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xD55C;&#xACC4;&#xB97C; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC81C;&#xAC70;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC815;&#xB7C9; PCR &#xAE30;&#xBC18; 454 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xC815;&#xB7C9;&#xD654; &#xBC29;&#xBC95; &#xBCF4;&#xACE0;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xBD84;&#xC790; &#xC22B;&#xC790;&#xC640; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; Neandertal DNA &#xCD94;&#xCD9C; &#xBB3C;, &#xC138;&#xC774; &#xC9C0; ditags &#xBC0F; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC801;&#xC815; &#xC2E4;&#xD589; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xACE0; &#xCD5C;&#xC801; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC218;&#xC728;&#xC744; &#xC5BB;&#xB294; &#xBCF4;&#xB178;&#xBCF4; genomic DNA&#xC5D0;&#xC11C; &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C; &#xC870;&#xAC01; &#xD06C;&#xAE30; &#xBD84;&#xD3EC; &#xCD94;&#xC815;. &#xC774; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;, 454 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC218; 454 &#xD50C;&#xB7AB;&#xD3FC;&#xC5D0; &#xC0D8;&#xD50C; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xBC0F; &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC758; &#xBC94;&#xC704;&#xB97C; &#xC99D;&#xAC00; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xBE44;&#xC6A9;&#xC744; &#xC808;&#xAC10; &#xD568;&#xC73C;&#xB85C;&#xC368; &#xACFC;&#xAC10; &#xD558; &#xAC8C; &#xC801;&#xC815; &#xC2E4;&#xD589; &#xC5C6;&#xC774; &#xCD08;&#xAE30; &#xC790;&#xB8CC;&#xC758; &#xC791;&#xC740; 50 &#xC138;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC77C;&#xC0C1;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC218;&#xD589;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;. &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xC640; Illumina/Solexa&#xC640; ABI &#xB2E8;&#xB2E8;&#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xC801;&#xC6A9; &#xD574;&#xC57C; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC138; &#xD50C;&#xB7AB;&#xD3FC; &#xBAA8;&#xB450;&#xC758; &#xC811;&#xADFC;&#xC131;&#xC744; &#xD655;&#xB300; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xB3C4;&#xC6C0;&#xC774; &#xD574;&#xC57C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Picograms &#xD558; &#x338D;&#xC5D0;&#xC11C;: &#xC815;&#xB7C9; PCR &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC758; &#xC18C;&#xC7AC; &#xC218;&#xC694; &#xAC10;&#xC18C;.

Los esfuerzos actuales para recuperar el Neandertal y el mamuts genomas por 454 secuenciaci&oacute;n de ADN demuestran la sensibilidad de esta tecnolog&iacute;a. Sin embargo, aplicaciones de secuenciaci&oacute;n de rutina 454 todav&iacute;a requieren cantidades de microgramos de material inicial. Esto es debido a la falta de m&eacute;todos eficaces para cuantificaci&oacute;n 454 secuenciaci&oacute;n bibliotecas, que requiere procedimientos costosos y mano de obra cuando la secuenciaci&oacute;n de ADN antiguo y otras muestras de ADN de pobres. Presentamos un m&eacute;todo de cuantificaci&oacute;n de biblioteca de 454 secuenciaci&oacute;n basado en la PCR cuantitativa que elimina eficazmente estas limitaciones. Estimamos tanto los n&uacute;meros de la mol&eacute;cula y las distribuciones de tama&ntilde;o de fragmento en bibliotecas de secuenciaci&oacute;n derivadas de extractos de ADN del Neandertal, SAGE ditags y el ADN gen&oacute;mico de bonobo, obtener rendimientos &oacute;ptimos de la secuencia sin realizar cualquier valoraci&oacute;n carreras. Usando este m&eacute;todo, las secuencia 454 rutinariamente se puede realizar desde tan poco como 50 pg de material inicial sin titulaci&oacute;n carreras, reduciendo as&iacute; dr&aacute;sticamente costos aumentando el alcance del desarrollo de la velocidad de transmisi&oacute;n y Protocolo de la muestra en la plataforma 454. El m&eacute;todo tambi&eacute;n deber&iacute;a aplicarse a Illumina/Solexa y secuenciaci&oacute;n de ABI/s&oacute;lido y por lo tanto contribuir&aacute; a ampliar la accesibilidad de las tres plataformas.

De microgramos a picogramos: PCR cuantitativa reduce las demandas materiales de secuenciaci&oacute;n de alto rendimiento.

&#x4E00;&#x4E2A;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53; (mt) &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x662F;&#x4ECE;&#x4E2A;&#x522B; 38,000 &#x5C81; Neandertal &#x6539;&#x9020;&#x7684; 8341 mtDNA &#x5E8F;&#x5217;&#x786E;&#x5B9A; 4.8 Gb &#x7684; DNA &#x751F;&#x6210;&#x4ECE;&#x5927;&#x7EA6; 0.3 g &#x7684;&#x9AA8;&#x4E4B;&#x95F4;&#x3002;&#x88C5;&#x914D;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x6BEB;&#x4E0D;&#x542B;&#x7CCA;&#x5730;&#x89C4;&#x5B9A; Neandertal &#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x53D8;&#x5F02;&#x7684;&#x73B0;&#x5B58;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B; mtDNAs&#xFF0C;&#x4E0D;&#x5C5E;&#x4E8E;&#x548C;&#x5141;&#x8BB8;&#x5206;&#x6B67;&#x65E5;&#x671F;&#x4E4B;&#x95F4;&#xFF0C;&#x4E24;&#x4E2A; mtDNA &#x5931;&#x4F20;&#x7684; 660,000 + 140,000 &#x5E74;&#x7684;&#x4F30;&#x8BA1;&#x6570;&#x3002;&#x5728;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7F16;&#x7801;&#x7684; 13 &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#xFF0C;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x547C;&#x5438;&#x94FE;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8272;&#x7D20; c &#x6C27;&#x5316;&#x9176;&#x4E9A; 2 &#x5355;&#x4F4D;&#x81EA;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x5206;&#x79BB;&#x7ECF;&#x5386;&#x4E86;&#x6570;&#x76EE;&#x6700;&#x5927;&#x7684;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x66FF;&#x6362;&#x4E2D;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x7956;&#x5148;&#x3002;&#x6709;&#x8BC1;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#x51C0;&#x5316; mtDNA &#x6CA6;&#x843D;&#x7684;&#x521D;&#x7A3F;&#x4E2D;&#x7684;&#x9009;&#x5B9A;&#x5185;&#x5BB9;&#x76F8;&#x6BD4;&#x5176;&#x4ED6;&#x7075;&#x957F;&#x7C7B;&#x8C31;&#x7CFB;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x8868;&#x660E;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x7684;&#x6709;&#x6548;&#x79CD;&#x7FA4;&#x5927;&#x5C0F;&#x5C0F;&#x3002;

&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x5B8C;&#x6210;&#x521D;&#x7A3F;&#x3002;

A complete mitochondrial (mt) genome sequence was reconstructed from a 38,000 year-old Neandertal individual with 8341 mtDNA sequences identified among 4.8 Gb of DNA generated from approximately 0.3 g of bone. Analysis of the assembled sequence unequivocally establishes that the Neandertal mtDNA falls outside the variation of extant human mtDNAs, and allows an estimate of the divergence date between the two mtDNA lineages of 660,000 +/- 140,000 years. Of the 13 proteins encoded in the mtDNA, subunit 2 of cytochrome c oxidase of the mitochondrial electron transport chain has experienced the largest number of amino acid substitutions in human ancestors since the separation from Neandertals. There is evidence that purifying selection in the Neandertal mtDNA was reduced compared with other primate lineages, suggesting that the effective population size of Neandertals was small.

A complete Neandertal mitochondrial genome sequence determined by high-throughput sequencing.

Une s&eacute;quence du g&eacute;nome mitochondrial complet (mt) a &eacute;t&eacute; reconstruite &agrave; partir d&#39;un Neandertal ans 38 000 individuels avec des s&eacute;quences d&#39;ADN mitochondrial 8341 identifi&eacute;s entre 4,8 Go d&#39;ADN produit d&#39;environ 0,3 g d&#39;os. Analyse de la s&eacute;quence Assembl&eacute;e &eacute;tablit sans &eacute;quivoque que l&#39;ADNmt de Neandertal ne rel&egrave;ve pas de la variation de l&#39;ADNmt humain existants et permet une estimation de la date de divergence entre les deux lign&eacute;es d&#39;ADNmt de 660 000 +/-140 000 ans. Des 13 prot&eacute;ines cod&eacute;es dans l&#39;ADN mitochondrial, sous-unit&eacute; 2 de cytochrome c oxydase de la cha&icirc;ne mitochondriale de transport d&#39;&eacute;lectrons a connu le plus grand nombre de substitutions d&#39;acides amin&eacute;s dans les anc&ecirc;tres de l&#39;homme depuis la s&eacute;paration des N&eacute;andertaliens. Il est prouv&eacute; que purifier la s&eacute;lection dans le Neandertal ADNmt a &eacute;t&eacute; r&eacute;duite par rapport aux autres lign&eacute;es de primates, sugg&eacute;rant que la taille effective de la population de N&eacute;andertal &eacute;tait petite.

Un Neandertal complet du g&eacute;nome mitochondrial s&eacute;quence d&eacute;termin&eacute;e par s&eacute;quen&ccedil;age haut-d&eacute;bit.

Eine vollst&auml;ndige mitochondriale (Mt)-Genom-Sequenz wurde mit 8341 MtDNA-Sequenzen identifiziert unter 4,8 Gb von DNA aus ca. 0,3 g Knochen generiert aus einem 38.000 Jahre Neandertal einzelne rekonstruiert. Analyse der montierten Sequenz legt eindeutig fest, dass die Neandertal MtDNA nicht in die Variation der erhaltenen menschlichen MtDNAs f&auml;llt und eine Sch&auml;tzung des Datums Divergenz zwischen den zwei MtDNA Abstammungen von 660.000 +/-140.000 Jahren erm&ouml;glicht. Der 13 Proteine codiert in der MtDNA hat 2-Untereinheit des Cytochrom-C-Oxidase der mitochondrialen Atmungskette die gr&ouml;&szlig;te Zahl von Aminos&auml;ure-Ersetzungen in menschlichen Vorfahren seit der Trennung von Neandertals erlebt. Es gibt Hinweise, dass reinigende Selektion aus dem Neandertal MtDNA reduziert wurde mit anderen Primaten-Linien verglichen, was darauf hindeutet, dass die effektive Populationsgr&ouml;&szlig;e des Neandertals klein war.

Eine komplette Neandertal mitochondrialen Genom-Sequenz von Hochdurchsatz-Sequenzierung bestimmt.

Una sequenza del genoma mitocondriale completo (mt) &egrave; stata ricostruita da un Neandertal di 38.000 anni individuale con 8341 sequenze di DNA mitocondriale identificate tra 4,8 Gb di DNA generato da circa 0,3 g di osso. Analisi della sequenza montata stabilisce inequivocabilmente che il mtDNA di Neandertal non rientra la variazione dei mtDNAs umani esistenti e permette una stima della data divergenza tra i due lignaggi di mtDNA di 660.000 + 140.000 anni. Delle 13 proteine codificate nel mtDNA, subunit&agrave; 2 di citocromo c ossidasi della catena di trasporto degli elettroni mitocondriale ha sperimentato il maggior numero di sostituzioni dell&#39;amminoacido in antenati umani poich&eacute; la separazione da Neandertals. Ci sono prove che purificante selezione nel Neandertal mtDNA &egrave; stato ridotto rispetto a altri lignaggi di primate, suggerendo che la dimensione effettiva della popolazione di Neandertals era piccola.

Un Neandertal completa sequenza del genoma mitocondriale determinato dal sequenziamento di alto-rendimento.

&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; (mt) &#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F; 38,000 &#x6B73; Neandertal &#x304B;&#x3089;&#x500B;&#x5225; 8341 mtDNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x9593;&#x3067; 4.8 Gb &#x9AA8;&#x306E;&#x7D04; 0.3 g &#x304B;&#x3089;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x308B; DNA &#x306E;&#x8B58;&#x5225;&#x3068;&#x518D;&#x5EFA;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x7D44;&#x307F;&#x7ACB;&#x3066;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x306B;&#x306F;&#x306F;&#x3063;&#x304D;&#x308A;&#x3068;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x304C;&#x73FE;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E; Mtdna &#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x5916;&#x306B;&#x8A72;&#x5F53;&#x3057;&#x3001;&#x767A;&#x6563;&#x65E5;&#x4ED8; 2 &#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x7CFB;&#x7D71; 660,000 &plusmn; 14&#x4E07;&#x5E74;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x306B;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x305F; 13 &#x306E;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x96FB;&#x5B50;&#x4F1D;&#x9054;&#x9396;&#x30B7;&#x30C8;&#x30AF;&#x30ED;&#x30E0; c &#x9178;&#x5316;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8; 2 &#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x5206;&#x96E2;&#x4EE5;&#x6765;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x7956;&#x5148;&#x306E;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x7F6E;&#x63DB;&#x306E;&#x6700;&#x5927;&#x6570;&#x3092;&#x7D4C;&#x9A13;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x305F;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x306E;&#x6D44;&#x5316;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306A;&#x4EBA;&#x53E3;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x304C;&#x5C0F;&#x3055;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x305D;&#x306E;&#x4ED6;&#x970A;&#x9577;&#x985E;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3068;&#x3044;&#x3046;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x304C;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x3002;

&#xC644;&#xC804; &#xD55C; &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; (&#xC0B0;) &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB294; &#xAC1C;&#xBCC4; 38000 &#xC138; Neandertal&#xC5D0;&#xC11C; &#xC57D; 0.3 g&#xC758; &#xBF08;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xC131; &#xB41C; DNA&#xC758; 4.8 g b &#xC911; &#xC2DD;&#xBCC4; 8341 mtDNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC7AC;&#xAC74; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC870;&#xB9BD; &#xC21C;&#xC11C;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xBA85;&#xBC31; &#xD558; &#xAC8C; Neandertal mtDNA &#xD604;&#xC874; &#xC778;&#xAC04; Mtdnas&#xC758; &#xD3B8;&#xCC28;&#xB97C; &#xBC97;&#xC5B4;&#xB098;&#xB294; &#xACE0; 140000 &#xB144; + 660,000&#xC758; &#xB450; mtDNA &#xACC4;&#xBCF4; &#xC0AC;&#xC774; &#xBD84;&#xAE30; &#xB0A0;&#xC9DC; &#xACAC;&#xC801;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xB3C4;&#xB85D; &#xC124;&#xC815; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Mtdna&#xC5D0; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xB41C; 13 &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; 2 &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; &#xC804;&#xC790; &#xC218;&#xC1A1; &#xCCB4;&#xC778;&#xC758; &#xC2DC; &#xD1A0; &#xD06C;&#xB86C; c &#xC0B0;&#xD654; &#xD6A8;&#xC18C; Neandertals&#xC5D0;&#xC11C; &#xBD84;&#xB9AC; &#xC774;&#xD6C4; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC870;&#xC0C1;&#xC5D0; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xB97C; &#xD568;&#xC720;&#xD55C; &#xC0B0; &#xC131; &#xB300;&#xCCB4;&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD070; &#xC218;&#xB97C; &#xACBD;&#xD5D8; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC99D;&#xAC70;&#xB294; Neandertals&#xC758; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xAD6C; &#xD06C;&#xAE30;&#xB294; &#xC791;&#xC740; &#xC81C;&#xC548; &#xB2E4;&#xB978; &#xC601;&#xC7A5;&#xB958; &#xACC4;&#xBCF4;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xC815;&#xD654; mtDNA &#xAC10;&#xC18C; &#xD588;&#xB2E4; Neandertal&#xC758; &#xC120;&#xD0DD; &#xC774;&#xB2E4;.

&#xC644;&#xC804; &#xD55C; Neandertal &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACB0;&#xC815; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Una secuencia del genoma mitocondrial completo (mt) fue reconstruida de un Neandertal de a&ntilde;os 38.000 individuales con 8341 secuencias de mtDNA entre 4,8 Gb de ADN generado a partir de aproximadamente 0,3 g de hueso. An&aacute;lisis de la secuencia montado establece inequ&iacute;vocamente que el Neandertal mtDNA cae fuera de la variaci&oacute;n de mtDNAs humanos existentes y permite una estimaci&oacute;n de la fecha de divergencia entre los dos linajes de mtDNA de 660.000 +/-140.000 a&ntilde;os. De las 13 prote&iacute;nas codificadas en el ADNmt, subunidad 2 de citocromo c oxidasa de la cadena de transporte de electrones mitocondrial ha experimentado el mayor n&uacute;mero de sustituciones de amino&aacute;cidos en los antepasados humanos desde la separaci&oacute;n de los neandertales. Existen evidencias que purificar la selecci&oacute;n en el Neandertal mtDNA se redujo en comparaci&oacute;n con otros linajes de primates, lo que sugiere que el tama&ntilde;o efectivo de poblaci&oacute;n de neandertales era peque&ntilde;o.

Un Neandertal completa secuencia del genoma mitocondrial determinado por secuenciaci&oacute;n de alto rendimiento.

&#x82E5;&#x8981;&#x63D0;&#x9AD8;&#x4EA7;&#x91CF;&#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x751F;&#x6210;&#x7684;&#x5C11;&#x91CF;&#x7684;&#x8D77;&#x59CB; DNA &#x7684; 454 &#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8C03;&#x67E5; 454 &#x5E93;&#x5236;&#x5907;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4E2D;&#x7684;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x6B65;&#x9AA4;&#x7684;&#x6548;&#x7387;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x627E;&#x5230;&#x7684;&#x6700;&#x540E;&#x4E00;&#x6B65;&#xFF0C;&#x5F53;&#x5355;&#x7EDE;&#x56FE;&#x4E66;&#x9986;&#x53D1;&#x8868;&#x7684;&#x6C22;&#x6C27;&#x5316;&#x94A0;&#xFF0C;&#x662F;&#x6548;&#x7387;&#x4F4E;&#x4E0B;&#x548C;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x53EF;&#x53D8;&#x3002;&#x5F53;&#x8FD9;&#x4E00;&#x6B65;&#x66F4;&#x6362;&#x70ED;&#x5904;&#x7406;&#x65F6;&#xFF0C;&#x56FE;&#x4E66;&#x9986;&#x6570;&#x91CF;&#x5927;&#x5E45;&#x589E;&#x52A0;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x5F53;&#x7B2C;&#x4E00;&#x6B21;&#x72EC;&#x7ACB;&#x4E8E;&#x6C22;&#x6C27;&#x5316;&#x94A0;&#x5904;&#x7406;&#x548C;&#x968F;&#x540E;&#x7684;&#x70ED;&#x5904;&#x7406;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6A21;&#x677F;&#xFF0C;&#x5219;&#x53EF;&#x4EE5;&#x786E;&#x5B9A;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x5355;&#x4E2A;&#x6A21;&#x677F; DNA &#x5206;&#x5B50;&#x7684;&#x4E24;&#x80A1;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x786E;&#x8BA4; C/G &#x78B1;&#x57FA; T &#x4F5C;&#x4E3A;&#x89C2;&#x5BDF; / &#x78B1;&#x57FA;&#x7684;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x6539;&#x8FDB;&#x7684;&#x80DE;&#x5627;&#x5576;&#x800C;&#x4E0D;&#x662F;&#x9E1F;&#x560C;&#x5464;&#x6B8B;&#x7559;&#x91CF;&#x3002;

454 &#x6D4B;&#x5E8F;&#x5E93;&#x4ECE;&#x5C11;&#x91CF;&#x7684; DNA &#x7684;&#x5236;&#x5907;&#x4F18;&#x5316;&#x5141;&#x8BB8;&#x8FD9;&#x4E24;&#x79CD; DNA &#x94FE;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x3002;

To increase the yield of DNA sequence generated by the 454 technology from small amounts of starting DNA, we investigated the efficiency of each step in the 454 library preparation process. We find that the last step, when the single-stranded library is released by NaOH, is inefficient and highly variable. When this step is replaced with heat treatment, library amounts dramatically increase. Furthermore, when sequencing templates are first isolated by NaOH treatment and subsequently by heat treatment, the sequences of both strands of individual template DNA molecules can be determined. Using this approach, we confirm that C/G base pairs observed as T/A base pairs in Neanderthal DNA sequences are due to a modification of the cytosine rather than guanine residues.

Optimization of 454 sequencing library preparation from small amounts of DNA permits sequence determination of both DNA strands.

Pour augmenter le rendement de la s&eacute;quence d&#39;ADN g&eacute;n&eacute;r&eacute; par la technologie 454 de petites quantit&eacute;s d&#39;ADN de d&eacute;part, nous avons &eacute;tudi&eacute; l&#39;efficacit&eacute; de chaque &eacute;tape du processus de pr&eacute;paration de 454 biblioth&egrave;que. Nous constatons que la derni&egrave;re &eacute;tape, lorsque la biblioth&egrave;que simple brin est lib&eacute;r&eacute;e par NaOH, est inefficace et tr&egrave;s variable. Lorsque cette &eacute;tape est remplac&eacute;e par un traitement thermique, les montants de biblioth&egrave;que augmentent consid&eacute;rablement. En outre, lorsque les mod&egrave;les de s&eacute;quen&ccedil;age sont d&#39;abord isol&eacute;es par traitement de NaOH, puis par traitement thermique, les s&eacute;quences de deux brins de mol&eacute;cules d&#39;ADN de chaque mod&egrave;le peuvent &ecirc;tre d&eacute;termin&eacute;s. En utilisant cette approche, nous confirmons que paires de bases C/G observ&eacute; comme T / une paires de bases des s&eacute;quences d&#39;ADN de Neandertal sont d&ucirc; &agrave; une modification des r&eacute;sidus cytosine plut&ocirc;t que guanine.

Optimisation de 454 s&eacute;quen&ccedil;age de pr&eacute;paration de la biblioth&egrave;que de petites quantit&eacute;s d&#39;ADN permet la d&eacute;termination de la s&eacute;quence des deux brins d&#39;ADN.

Um den Ertrag der DNA-Sequenz generiert die 454-Technologie von kleinen Mengen ab DNA zu erh&ouml;hen, untersuchten wir die Effizienz der einzelnen Schritte im Vorbereitungsprozess 454-Bibliothek. Wir finden, dass der letzte Schritt, wenn die einzelstr&auml;ngige-Bibliothek von NaOH, freigegeben ist ineffizient und sehr variabel ist. Wenn dieser Schritt mit W&auml;rmebehandlung ersetzt wird, erh&ouml;hen Bibliothek Betr&auml;ge drastisch. Dar&uuml;ber hinaus Wenn Sequenzierung Vorlagen zuerst NaOH-Behandlung und anschlie&szlig;end W&auml;rmebehandlung isoliert sind, k&ouml;nnen die Sequenzen der beide Str&auml;nge der einzelnen Vorlage DNA-Molek&uuml;le bestimmt werden. Bei dieser Vorgehensweise best&auml;tigen wir, dass C/G-Basenpaare als T beobachtet / A Basenpaare der Neandertaler-DNA-Sequenzen aufgrund einer &Auml;nderung der anstelle von Guanin Cytosin R&uuml;ckst&auml;nde sind.

Optimierung der Bibliothek Zubereitung von kleinen Mengen DNA Sequenzierung 454 erlaubt Sequenz Bestimmung der beiden DNA-Str&auml;nge.

Per aumentare il rendimento della sequenza di DNA generato dalla tecnologia 454 da piccole quantit&agrave; di DNA di partenza, abbiamo studiato l&#39;efficienza di ogni fase del processo di preparazione 454 libreria. Troviamo che l&#39;ultimo passaggio, quando la biblioteca di single-stranded &egrave; rilasciata da NaOH, &egrave; altamente variabile e inefficiente. Quando questo passaggio &egrave; sostituito con trattamento termico, gli importi libreria aumentano drammaticamente. Inoltre, quando modelli di sequenziamento sono in primo luogo isolati da NaOH trattamento e, successivamente, mediante un trattamento termico, le sequenze dei due fili modello singole molecole di DNA possono essere determinate. Utilizzando questo approccio, confermiamo che paia di basi C/G osservato come T / un paia di basi in sequenze di DNA del Neanderthal sono a causa di una modifica dei residui citosina, piuttosto che della guanina.

Ottimizzazione di 454 sequenziamento preparazione libreria da piccole quantit&agrave; di DNA consente la determinazione della sequenza di due filamenti di DNA.

DNA &#x306E;&#x958B;&#x59CB;&#x306E;&#x5C11;&#x91CF;&#x304B;&#x3089; 454 &#x6280;&#x8853;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x305F; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x53CE;&#x7A6B;&#x3092;&#x5897;&#x52A0;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;454 &#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306E;&#x6E96;&#x5099;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306E;&#x5404;&#x30B9;&#x30C6;&#x30C3;&#x30D7;&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x6027;&#x3092;&#x691C;&#x8A0E;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4E00;&#x672C;&#x9396;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA; NaOH &#x3067;&#x96E2;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3068;&#x304D;&#x3001;&#x6700;&#x5F8C;&#x306E;&#x30B9;&#x30C6;&#x30C3;&#x30D7;&#x304C;&#x975E;&#x80FD;&#x7387;&#x7684;&#x3001;&#x9AD8;&#x3044;&#x5909;&#x6570;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30B9;&#x30C6;&#x30C3;&#x30D7;&#x306F;&#x71B1;&#x51E6;&#x7406;&#x3092;&#x4EA4;&#x63DB;&#x3057;&#x305F;&#x5834;&#x5408;&#x3001;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306E;&#x91CF;&#x3092;&#x5287;&#x7684;&#x306B;&#x9AD8;&#x3081;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x30C6;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x6700;&#x521D;&#x306F; NaOH &#x51E6;&#x7406;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x305D;&#x306E;&#x5F8C;&#x71B1;&#x51E6;&#x7406;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x5206;&#x96E2;&#x3057;&#x305F;&#x3089;&#x3001;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x30C6;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8; DNA &#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x30B9;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30C9;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x3068;&#x3057;&#x3066; T C/G &#x5869;&#x57FA;&#x5BFE;&#x3092;&#x89B3;&#x5BDF;/&#x5869;&#x57FA;&#x306E;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3067;&#x3001;&#x30B0;&#x30A2;&#x30CB;&#x30F3;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x30B7;&#x30C8;&#x30B7;&#x30F3;&#x6B8B;&#x57FA;&#x306E;&#x4FEE;&#x98FE;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

454 DNA &#x306E;&#x5C11;&#x91CF;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306E;&#x6E96;&#x5099;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x51E6;&#x7406;&#x306E;&#x6700;&#x9069;&#x5316;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9; dna &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x5B9A;&#x91CF;&#x3092;&#x8A31;&#x53EF;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC801;&#xC740; &#xC591;&#xC758; DNA&#xB97C; &#xC2DC;&#xC791;&#xC5D0;&#xC11C; 454 &#xAE30;&#xC220;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC0DD;&#xC131; &#xB41C; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xC218;&#xC775;&#xB960;&#xC744; &#xB192;&#xC774;&#xB824;&#xBA74; &#xC6B0;&#xB9AC; 454 &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xC900;&#xBE44; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xC758; &#xAC01; &#xB2E8;&#xACC4; &#xB9C8;&#xB2E4;&#xC758; &#xD6A8;&#xC728;&#xC131; &#xC870;&#xC0AC;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9; &#xB2E8;&#xACC4;, NaOH, &#xB2E8;&#xC77C; &#xAC00;&#xB2E5; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xB97C; &#xB193;&#xC73C;&#xBA74; &#xBE44;&#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xB192;&#xC740; &#xBCC0;&#xC218; &#xCC3E;&#xC744;. &#xC774; &#xB2E8;&#xACC4;&#xB294; &#xC5F4; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB85C; &#xB300;&#xCCB4; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;, &#xB3C4;&#xC11C;&#xAD00; &#xAE08;&#xC561; &#xADF9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC99D;&#xAC00;. &#xB610;&#xD55C;, &#xCC98;&#xC74C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD15C;&#xD50C;&#xB9BF;&#xC740; NaOH &#xCC98;&#xB9AC; &#xD558; &#xACE0; &#xADF8; &#xD6C4; &#xC5F4; &#xCC98;&#xB9AC;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACA9;&#xB9AC; &#xB41C; &#xB54C; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC11C;&#xC2DD; &#xD30C;&#xC77C; DNA &#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xB450; &#xAC00;&#xB2E5;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xD655;&#xC778;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;, C/G &#xC790;&#xB8CC; &#xC30D; T&#xC73C;&#xB85C; &#xAD00;&#xCC30; / &#xB124;&#xC548;&#xB370;&#xB974;&#xD0C8;&#xC778; DNA &#xC21C;&#xC11C; &#xC790;&#xB8CC; &#xC30D;&#xC740; guanine &#xBCF4;&#xB2E4; &#xC2DC; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;&#xC758; &#xC218;&#xC815;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xD574; &#xD655;&#xC778;.

&#xCD5C;&#xC801;&#xD654; 454 &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xC900;&#xBE44;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC18C;&#xB7C9;&#xC758; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC758; &#xB450; DNA &#xBB3C;&#xAC00;&#xC758; &#xC21C;&#xC11C; &#xACB0;&#xC815;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Para aumentar el rendimiento de la secuencia de la DNA generado por la tecnolog&iacute;a 454 de peque&ntilde;as cantidades de a partir de ADN, investigamos la eficacia de cada paso en el proceso de preparaci&oacute;n de la 454 biblioteca. Encontramos que el &uacute;ltimo paso, cuando la biblioteca monocatenario se publica por NaOH, es ineficiente y altamente variable. Si este paso se sustituye con el tratamiento t&eacute;rmico, cantidades de biblioteca aumentan dram&aacute;ticamente. Adem&aacute;s, cuando la secuencia plantillas primero son aisladas por tratamiento de NaOH y posteriormente por tratamiento t&eacute;rmico, se pueden determinar las secuencias de las dos l&iacute;neas de las mol&eacute;culas de ADN de cada plantilla. Usando esta aproximaci&oacute;n, confirmamos que pares de base C/G observ&oacute; como T / A pares de base en secuencias de ADN de Neandertal son debido a una modificaci&oacute;n de los residuos de citosina en lugar de guanina.

Optimizaci&oacute;n de 454 secuenciaci&oacute;n de preparaci&oacute;n de la biblioteca de peque&ntilde;as cantidades de ADN permite la determinaci&oacute;n de la secuencia de dos filamentos de la DNA.

Neandertal DNA &#x5206;&#x6790;&#x5B58;&#x5728;&#x5DE8;&#x5927;&#x6F5C;&#x529B;&#x7684;&#x8C03;&#x67E5;&#x4EBA;&#x53E3;&#x5386;&#x53F2;&#x8FD9;&#x4E00;&#x7FA4;&#x4F53;&#x7684;&#x667A;&#x4EBA;&#xFF0C;&#x4F46;&#x8FDB;&#x5C55;&#x4E00;&#x76F4;&#x6709;&#x9650;&#x7531;&#x4E8E;&#x6837;&#x672C;&#x548C; DNA &#x7684;&#x635F;&#x574F;&#x7684;&#x72B6;&#x6001;&#x7684;&#x7470;&#x5B9D;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x68C0;&#x7D22;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x5927;&#x5927;&#x51CF;&#x5C11;&#x6837;&#x54C1;&#x9500;&#x6BC1;&#x548C;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x8981;&#x6C42;&#xFF0C;&#x5E76;&#x4F7F;&#x7528;&#x6B64;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x91CD;&#x5EFA;&#x5B8C;&#x6574;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53; DNA (mtDNA) &#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E94;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x4ECE;&#x5176;&#x5730;&#x7406;&#x8303;&#x56F4;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x5728;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#xFF0C;&#x4F4F;&#x5728; 38,000 &#x5230;&#x4E03;&#x4E07;&#x5E74;&#x524D;&#x5E74;&#x524D; mtDNA &#x9057;&#x4F20;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x662F;&#x5927;&#x7EA6;&#x4E09;&#x5206;&#x4E4B;&#x4E00;&#x7684;&#x5728;&#x5F53;&#x4EE3;&#x7684;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x3002;&#x4E0E;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x86CB;&#x767D;&#x6F14;&#x53D8;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#x7684;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x7684;&#x957F;&#x671F;&#x6709;&#x6548;&#x79CD;&#x7FA4;&#x5927;&#x5C0F;&#x662F;&#x6BD4;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x548C;&#x73B0;&#x5B58;&#x7C7B;&#x4EBA;&#x733F;&#x7684;&#x5C11;&#x3002;

&#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x5730;&#x7684;&#x68C0;&#x7D22;&#x548C;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x4E94;&#x4E2A; Neandertal &#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;

Analysis of Neandertal DNA holds great potential for investigating the population history of this group of hominins, but progress has been limited due to the rarity of samples and damaged state of the DNA. We present a method of targeted ancient DNA sequence retrieval that greatly reduces sample destruction and sequencing demands and use this method to reconstruct the complete mitochondrial DNA (mtDNA) genomes of five Neandertals from across their geographic range. We find that mtDNA genetic diversity in Neandertals that lived 38,000 to 70,000 years ago was approximately one-third of that in contemporary modern humans. Together with analyses of mtDNA protein evolution, these data suggest that the long-term effective population size of Neandertals was smaller than that of modern humans and extant great apes.

Targeted retrieval and analysis of five Neandertal mtDNA genomes.

Analyse de l&#39;ADN de Neandertal offre de grandes possibilit&eacute;s pour l&#39;&eacute;tude de l&#39;histoire de la population de ce groupe des hominin&eacute;s, mais les progr&egrave;s ont &eacute;t&eacute; limit&eacute;s en raison de la raret&eacute; des &eacute;chantillons et &eacute;tat endommag&eacute; de l&#39;ADN. Nous pr&eacute;sentons une m&eacute;thode d&#39;antique DNA sequence recherche cibl&eacute;e qui r&eacute;duit consid&eacute;rablement la destruction de l&#39;&eacute;chantillon et le s&eacute;quen&ccedil;age des demandes et cette m&eacute;thode permet de reconstruire les g&eacute;nomes mitochondriaux complets d&#39;ADN (ADN mitochondrial) de cinq N&eacute;andertaliens de dans l&#39;ensemble de leur aire de r&eacute;partition g&eacute;ographique. Nous constatons que l&#39;ADN mitochondrial diversit&eacute; g&eacute;n&eacute;tique chez les N&eacute;andertaliens qui vivait il y a 38 000 &agrave; 70 000 ans &eacute;tait environ le tiers de celui chez l&#39;homme moderne contemporain. Avec des analyses de l&#39;&eacute;volution des prot&eacute;ines ADN mitochondrial, ces donn&eacute;es sugg&egrave;rent que la taille effective de la population &agrave; long terme des N&eacute;andertaliens a &eacute;t&eacute; inf&eacute;rieure &agrave; celle des hommes modernes et les grands singes.

Recherche cibl&eacute;e et l&#39;analyse des cinq g&eacute;nomes d&#39;ADNmt de Neandertal.

Analyse von Neandertal DNA h&auml;lt gro&szlig;es Potential f&uuml;r die Untersuchung der Bev&ouml;lkerung-Geschichte dieser Gruppe von Homininae, aber Fortschritte sind aufgrund der Seltenheit der Proben und besch&auml;digten Zustand der DNA. Wir pr&auml;sentieren eine Methode zur gezielten alte DNA Sequenz Abruf bereit, der Probe Zerst&ouml;rung und Sequenzierung Forderungen erheblich reduziert und verwenden Sie diese Methode, um die komplette mitochondriale DNA (MtDNA) Genome von f&uuml;nf Neandertals aus in ihrem geografischen Umfeld zu rekonstruieren. Wir finden, dass genetische Diversit&auml;t der MtDNA in Neandertals, die vor 38.000 bis 70.000 Jahren lebte etwa ein Drittel davon in zeitgen&ouml;ssischen modernen Menschen war. Zusammen mit der Analyse der MtDNA Protein Evolution zufolge diese Daten die langfristige effektive Populationsgr&ouml;&szlig;e des Neandertals kleiner als die des modernen Menschen und erhaltenen Menschenaffen war.

Gezielte Abruf- und Analyse von f&uuml;nf Neandertal MtDNA Genomen.

Analisi del DNA Neandertal detiene un grande potenziale per indagare la storia della popolazione di questo gruppo di ominidi, ma i progressi sono stati limitati a causa della rarit&agrave; dei campioni e stato danneggiato del DNA. Noi presentiamo un metodo mirato antico DNA sequenza recupero che riduce notevolmente la distruzione del campione e sequenziamento richieste e utilizzare questo metodo per ricostruire il genoma di DNA (mtDNA) mitocondriale completo di cinque Neandertals da attraverso il loro areale geografico. Troviamo che la diversit&agrave; genetica del DNA mitocondriale in Neandertals che visse 38.000 a 70.000 anni fa era circa un terzo di quello in contemporanei degli esseri umani moderni. Insieme con l&#39;analisi dell&#39;evoluzione della proteina del DNA mitocondriale, questi dati suggeriscono che la dimensione della popolazione efficace a lungo termine di Neandertals era inferiore a quella degli esseri umani moderni e grandi scimmie esistenti.

Recupero mirato e l&#39;analisi di cinque genomi mtDNA di Neandertal.

&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E; DNA &#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x30DB;&#x30DF;&#x30CB;&#x30F3;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x306E;&#x6B74;&#x53F2;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x4FDD;&#x6301;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x9032;&#x884C;&#x306F;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x304A;&#x3088;&#x3073; DNA &#x306E;&#x7834;&#x640D;&#x3057;&#x305F;&#x72B6;&#x614B;&#x306E;&#x5E0C;&#x5C11;&#x6027;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x5236;&#x9650;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x7834;&#x58CA;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x8981;&#x6C42;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x7D5E;&#x3063;&#x305F;&#x306E;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x691C;&#x7D22;&#x306E;&#x624B;&#x6CD5;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066; 5 &#x3064;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; DNA (mtDNA) &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x8D8A;&#x3048;&#x3066;&#x5730;&#x7406;&#x7684;&#x7BC4;&#x56F2;&#x3092;&#x518D;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x304C; 70,000 &#x306B; 38,000 &#x5E74;&#x524D;&#x4F4F;&#x3093;&#x3067;&#x3044;&#x305F;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x73FE;&#x4EE3;&#x7684;&#x306A;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x7D04; 1/3 &#x306E;&#x3053;&#x3068;&#x3060;&#x3063;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x307E;&#x3059;&#x3002;MtDNA &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3068;&#x3068;&#x3082;&#x306B;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x306E;&#x9577;&#x671F;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306A;&#x4EBA;&#x53E3;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x306F;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x3068;&#x73FE;&#x751F;&#x985E;&#x4EBA;&#x733F;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x5C11;&#x306A;&#x3044;&#x3068;&#x8003;&#x3048;&#x3089;&#x308C;&#x305F;.

&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x7D5E;&#x3063;&#x305F;&#x691C;&#x7D22;&#x3068; 5 &#x3064;&#x306E;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x3002;

Neandertal DNA&#xC758; &#xBD84;&#xC11D; &#xC870;&#xC0AC; hominins,&#xC774; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC758; &#xC778;&#xAD6C; &#xC5ED;&#xC0AC;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xC911;&#xB300; &#xD55C; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xB825;&#xC744; &#xBCF4;&#xC720; &#xD558; &#xACE0; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC9C4;&#xD589; &#xC0D8;&#xD50C; &#xBC0F; DNA&#xC758; &#xC190;&#xC0C1;&#xB41C; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC758; &#xD76C;&#xADC0; &#xD55C; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC81C;&#xD55C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB300;&#xC0C1;&#xB41C; &#xACE0; &#xB300; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAC80;&#xC0C9; &#xC0D8;&#xD50C; &#xD30C;&#xAD34; &#xBC0F; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC694;&#xAD6C; &#xC0AC;&#xD56D;&#xC744; &#xD06C;&#xAC8C; &#xAC10;&#xC18C; &#xC2DC;&#xD0A4;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC81C;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0;&#xC774; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC9C0;&#xB9AC;&#xC801; &#xBC94;&#xC704;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &#xC644;&#xC804; &#xD55C; &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; DNA (mtDNA) &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0;&#xC11C; 5 Neandertals&#xC758; &#xC7AC;&#xAD6C;&#xC131;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; mtDNA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131; 38000 70000 &#xB144; &#xC804;&#xC5D0; &#xC0B4;&#xC558;&#xB358; Neandertals&#xC5D0;&#xB294; &#xC57D; 1 / 3&#xB294; &#xD604;&#xB300; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCC3E;&#xC744;. MtDNA &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC9C4;&#xD654;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;, &#xD568;&#xAED8; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; Neandertals&#xC758; &#xC7A5;&#xAE30; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xAD6C; &#xD06C;&#xAE30;&#xB294; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;&#xACFC; &#xD604;&#xC874; &#xC720;&#xC778;&#xC6D0;&#xC758; &#xADF8;&#xAC83; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xC791;&#xC740; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB300;&#xC0C1;&#xB41C; &#xAC80;&#xC0C9; &#xBC0F; 5 &#xAC1C;&#xC758; Neandertal mtDNA &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;.

An&aacute;lisis de ADN del Neandertal tiene gran potencial para la investigaci&oacute;n de la historia de la poblaci&oacute;n de este grupo de hom&iacute;nidos, pero el progreso ha sido limitado debido a la rareza de las muestras y estado da&ntilde;ado de la DNA. Presentamos un m&eacute;todo de espec&iacute;fica antigua recuperaci&oacute;n de secuencia de ADN que reduce la destrucci&oacute;n de la muestra y la secuenciaci&oacute;n de las demandas y utiliza este m&eacute;todo para reconstruir los genomas completos de ADN (mtDNA) mitocondriales de cinco neandertales de a trav&eacute;s de su &aacute;rea de distribuci&oacute;n geogr&aacute;fica. Encontramos que la diversidad gen&eacute;tica del mtDNA en neandertales que vivieron hace de 38.000 a 70.000 a&ntilde;os era aproximadamente un tercio de los en los seres humanos modernos contempor&aacute;neos. Junto con el an&aacute;lisis de la evoluci&oacute;n de prote&iacute;nas mtDNA, estos datos sugieren que el tama&ntilde;o efectivo de poblaci&oacute;n a largo plazo de los neandertales era menor que la de los seres humanos modernos y los grandes simios.

Recuperaci&oacute;n espec&iacute;fico y an&aacute;lisis de genomas de mtDNA de Neandertal cinco.

&#x4ECE;&#x65E9;&#x671F;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B; (EMHs) &#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x6062;&#x590D;&#x53EF;&#x4EE5;&#x63ED;&#x793A;&#x4E0E;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x7684;&#x53E4;&#x8001;&#x7FA4;&#x4F53;&#x53CA;&#x5176;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x548C;&#x5B83;&#x4EEC;&#x5728;&#x5F53;&#x524D;&#x7684;&#x4EBA;&#x53E3;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5173;&#x7CFB;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x79CD;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x662F;&#x5F88;&#x6709;&#x95EE;&#x9898;&#x7684;&#x56E0;&#x4E3A;&#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B; DNA &#x7ECF;&#x5E38;&#x6C61;&#x67D3;&#x9AA8;&#x5934; [1&#xFF0C;2]&#x3002;&#x4F8B;&#x5982;&#xFF0C;&#x5728;&#x6700;&#x8FD1;&#x7684;&#x4E00;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53; (mt) DNA &#x4ECE;&#x65B0;&#x77F3;&#x5668;&#x65F6;&#x4EE3;&#x7684;&#x6B27;&#x6D32;&#x9AA8;&#x67B6;&#xFF0C;&#x5E8F;&#x5217;&#x53D8;&#x5F02;&#x53EA;&#x91C7;&#x53D6;&#x4E86;&#x771F;&#x786E;&#x5982;&#x679C;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x6CA1;&#x6709;&#x6216;&#x7F55;&#x89C1;&#x7684;&#x73B0;&#x65F6;&#x7684;&#x4EBA;&#x53E3;&#xFF0C;&#x800C;&#x5176;&#x4ED6;&#x4EBA;&#x4E5F;&#x8981;&#x6298;&#x6263;&#x5C3D;&#x53EF;&#x80FD;&#x6C61;&#x67D3; [3&#xFF0C;4]&#x3002;&#x8FD9;&#x9650;&#x5236;&#x4E86;&#x5BF9;&#x6709;&#x6548;&#x5E02;&#x573A;&#x5047;&#x8BF4;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x643A;&#x5E26;&#x7F55;&#x89C1;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x4EA7;&#x751F;&#x504F;&#x89C1;&#xFF0C;&#x89C6;&#x53E4;&#x4EE3;&#x57FA;&#x56E0;&#x6C60;&#x3002;&#x5176;&#x4ED6;&#x529E;&#x6CD5;&#x786E;&#x5B9A;&#x6C61;&#x67D3;&#x7684; DNA&#xFF0C;&#x5982;&#x6709;&#x6295;&#x5165;&#x7684;&#x6240;&#x6709;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x90FD;&#x8054;&#x7CFB;&#x4E0E;&#x6837;&#x672C;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5206;&#x578B;&#x7684;&#x6807;&#x672C;&#x662F;&#x53EF;&#x80FD;&#x7684;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#x9650;&#x5236;&#x5206;&#x6790; [5&#x3001; 6] &#x5E76;&#x4E14;&#x4E0D;&#x80FD;&#x6392;&#x9664;&#x6240;&#x6709;&#x53EF;&#x80FD;&#x7684;&#x6C61;&#x67D3;&#x6765;&#x6E90;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x7814;&#x7A76; mtDNA Neandertal &#x9057;&#x9AB8;&#xFF0C;&#x90A3;&#x91CC;&#x53EF;&#x4EE5;&#x533A;&#x5206;&#x6C61;&#x67D3;&#x548C;&#x5185;&#x6E90;&#x6027; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x788E;&#x7247;&#x6A21;&#x5F0F;&#x548C;&#x6838;&#x82F7;&#x9178; misincorporations &#x53EF;&#x4EE5;&#x7528;&#x4E8E;&#x8861;&#x91CF;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x771F;&#x5B9E;&#x6027;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x529F;&#x80FD;&#x6765;&#x786E;&#x5B9A;&#x4ECE;&#x5927;&#x7EA6; 30,000 &#x5C81;&#x6709;&#x6548;&#x5E02;&#x573A;&#x5047;&#x8BF4;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x4FC4;&#x7F57;&#x65AF;&#x7684; Kostenki 14 &#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684; mtDNA &#x5E8F;&#x5217;&#x3002;

&#x65E9;&#x671F;&#x7684;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#xFF0C;&#x4ECE; Kostenki&#xFF0C;&#x4FC4;&#x7F57;&#x65AF;&#x7684;&#x5B8C;&#x6574;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;

The recovery of DNA sequences from early modern humans (EMHs) could shed light on their interactions with archaic groups such as Neandertals and their relationships to current human populations. However, such experiments are highly problematic because present-day human DNA frequently contaminates bones [1, 2]. For example, in a recent study of mitochondrial (mt) DNA from Neolithic European skeletons, sequence variants were only taken as authentic if they were absent or rare in the present population, whereas others had to be discounted as possible contamination [3, 4]. This limits analysis to EMH individuals carrying rare sequences and thus yields a biased view of the ancient gene pool. Other approaches of identifying contaminating DNA, such as genotyping all individuals who have come into contact with a sample, restrict analyses to specimens where this is possible [5, 6] and do not exclude all possible sources of contamination. By studying mtDNA in Neandertal remains, where contamination and endogenous DNA can be distinguished by sequence, we show that fragmentation patterns and nucleotide misincorporations can be used to gauge authenticity of ancient DNA sequences. We use these features to determine a complete mtDNA sequence from a approximately 30,000-year-old EMH from the Kostenki 14 site in Russia.

A complete mtDNA genome of an early modern human from Kostenki, Russia.

La r&eacute;cup&eacute;ration de s&eacute;quences d&#39;ADN des premiers humains modernes (EMHs) pourrait faire la lumi&egrave;re sur leurs interactions avec les groupes archa&iuml;ques comme les N&eacute;andertaliens et leurs relations avec les populations humaines actuelles. Toutefois, ces exp&eacute;riences sont tr&egrave;s probl&eacute;matiques parce que l&#39;ADN humain actuel contamine fr&eacute;quemment OS [1, 2]. Par exemple, dans une &eacute;tude r&eacute;cente de mitochondrial (mt) ADN du n&eacute;olithiques europ&eacute;ens squelettes, s&eacute;quence variantes n&#39;&eacute;taient prises aussi authentiques que si elles &eacute;taient absentes ou rares dans la population actuelle, tandis que d&#39;autres devaient &ecirc;tre r&eacute;duits que possible contamination [3, 4]. Cela limite l&#39;analyse aux individus EMH transportant des s&eacute;quences rares et donne ainsi une vue biais&eacute;e de l&#39;ancien pool g&eacute;nique. Autres approches d&#39;identifier la contamination ADN, comme le g&eacute;notypage tous les individus qui sont entr&eacute;s en contact avec un &eacute;chantillon, limitent les analyses aux sp&eacute;cimens lorsque cela est possible [5, 6] et n&#39;excluent pas toutes les sources possibles de contamination. En &eacute;tudiant l&#39;ADN mitochondrial dans les restes de Neandertal, o&ugrave; la contamination et l&#39;ADN endog&egrave;ne se distingue par la s&eacute;quence, nous montrons que les patrons de fragmentation et de misincorporations de nucl&eacute;otides peuvent servir pour &eacute;valuer l&#39;authenticit&eacute; des s&eacute;quences d&#39;ADN anciens. Ces caract&eacute;ristiques nous permet de d&eacute;terminer une s&eacute;quence d&#39;ADN mitochondrial complet d&#39;un EMH environ 30 000 ans sur le site de 14 Kostenki en Russie.

Un g&eacute;nome d&#39;ADN mitochondrial complet d&#39;un homme modern pr&eacute;coce de Kostenki en Russie.

Die Wiederherstellung der DNA-Sequenzen von fr&uuml;hen modernen Menschen (EMHs) k&ouml;nnte Aufschluss &uuml;ber ihre Interaktionen mit archaischen Gruppen wie Neandertals und ihre Beziehungen zur aktuellen menschlichen Populationen. Solche Experimente sind jedoch sehr problematisch, da die heutigen menschlicher DNA h&auml;ufig Knochen [1, 2] Verunreinigungen. Beispielsweise in einer k&uuml;rzlich durchgef&uuml;hrten Studie der Mitochondrien (Mt) DNA von neolithischen Europ&auml;ische Skelette, Sequenz, die Varianten nur so authentisch getroffen wurden, wenn sie abwesend waren oder selten in der heutigen Bev&ouml;lkerung, w&auml;hrend andere werden mussten als m&ouml;gliche Verunreinigung [3, 4 abgezinst]. Dadurch werden Analyse EMH Einzelpersonen tragen seltene Sequenzen und somit ergibt sich eine voreingenommene Blick von der alten Genlache. Andere Ans&auml;tze zur Identifizierung kontaminierender DNA, wie alle Individuen, die kommen, in Kontakt mit einer Stichprobe, die Genotypisierung beschr&auml;nken Analysen f&uuml;r Exemplare, wo dies m&ouml;glich ist [5, 6] und alle m&ouml;gliche Quellen der Verunreinigung nicht ausschlie&szlig;en. Durch das Studium von MtDNA in Neandertal bleibt, wo Kontamination und endogene DNA Reihenfolge unterschieden werden k&ouml;nnen, zeigen wir, dass Fragmentierung Muster und Nukleotid-Misincorporations zum Messen der Authentizit&auml;t des alten DNA-Sequenzen verwendet werden k&ouml;nnen. Wir verwenden diese Features, um eine komplette MtDNA-Sequenz aus einer rund 30.000 Jahre alte EMH vom Standort Kostenki 14 in Russland zu bestimmen.

Eine komplette MtDNA-Genom von einem fr&uuml;hen modernen Menschen aus Kostenki, Russland.

Il recupero delle sequenze del DNA dai primi esseri umani moderni (EMHs) potrebbe far luce sulle loro interazioni con gruppi arcaiche come Neandertals e delle loro relazioni attuali popolazioni umane. Tuttavia, tali esperimenti sono altamente problematici perch&eacute; attuale DNA umano spesso contamina ossa [1, 2]. Ad esempio, in un recente studio del DNA mitocondriale (mt) dal neolitici europei scheletri, sequenza di varianti sono state prese come autentiche solo se fossero assenti o rari nella popolazione presente, mentre gli altri hanno dovuto essere scontati come possibili contaminazioni [3, 4]. Questo limita l&#39;analisi ai singoli EMH portando rare sequenze e quindi produce una vista parziale del patrimonio genetico antico. Altri approcci di identificazione di contaminazione del DNA, come ad esempio la genotipizzazione di tutti gli individui che sono entrati in contatto con un campione, limitano l&#39;analisi a campioni dove questo &egrave; possibile [5, 6] e non escludere tutte le possibili fonti di contaminazione. Dallo studio del DNA mitocondriale in resti di Neandertal, dove la contaminazione e DNA endogeno si possono distinguere dalla sequenza, mostriamo che motivi di frammentazione e misincorporations nucleotide pu&ograve; essere utilizzato per valutare l&#39;autenticit&agrave; delle sequenze del DNA antiche. Usiamo queste caratteristiche per determinare una sequenza completa del mtDNA da un EMH circa 30.000 anni fa dal sito Kostenki 14 in Russia.

Un genoma completo del DNA mitocondriale di un inizio umano moderno da Kostenki, Russia.

DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x65E9;&#x3044;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593; &#xFF08;EMHs&#xFF09; &#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x56DE;&#x5FA9;&#x306F;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x53E4;&#x98A8;&#x306A;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x3068;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3068;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x306E;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306B;&#x5149;&#x3092;&#x5F53;&#x3066;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E; DNA &#x306F;&#x983B;&#x7E41;&#x306B;&#x9AA8; [1, 2] &#x3092;&#x6C5A;&#x67D3;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x3067;&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x5B9F;&#x9A13;&#x306F;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x554F;&#x984C;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3068;&#x3048;&#x3070;&#x3001;&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; (mt &#x306E;) DNA &#x65B0;&#x77F3;&#x5668;&#x6642;&#x4EE3;&#x306E;&#x6B27;&#x5DDE;&#x306E;&#x30B9;&#x30B1;&#x30EB;&#x30C8;&#x30F3;&#x3001;&#x30D0;&#x30EA;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x307F;&#x4E0D;&#x5728;&#x3060;&#x3063;&#x305F;&#x304B;&#x4ED6;&#x306E;&#x3082;&#x306E;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3001;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x3067;&#x306F;&#x73CD;&#x3057;&#x3044;&#x3001;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x9650;&#x308A;&#x6C5A;&#x67D3; [3, 4] &#x5272;&#x5F15;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x672C;&#x683C;&#x7684;&#x306A;&#x64AE;&#x5F71;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x7814;&#x7A76;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x307E;&#x308C;&#x306A;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x904B;&#x3076; EMH &#x500B;&#x4EBA;&#x306B;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x5236;&#x9650;&#x3001;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x504F;&#x898B;&#x3092;&#x53E4;&#x4EE3;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x3068;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;DNA &#x3092;&#x6C5A;&#x67D3;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x6765;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x500B;&#x4EBA;&#x306B;&#x9023;&#x7D61;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3001;&#x30B8;&#x30A7;&#x30CE;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x306A;&#x3069;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x4ED6;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x6A19;&#x672C;&#x306B;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x5236;&#x9650;&#x3059;&#x308B; [5, 6] &#x3068;&#x6C5A;&#x67D3;&#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x3092;&#x9664;&#x5916;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x3067;&#x304F;&#x3060;&#x3055;&#x3044;&#x3002;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x307E;&#x307E;&#x3001;&#x3069;&#x3053;&#x3067;&#x6C5A;&#x67D3;&#x3068;&#x5185;&#x56E0;&#x6027; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3092;&#x533A;&#x5225;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3001;mtDNA &#x52C9;&#x5F37;&#x3057;&#x3066;&#x65AD;&#x7247;&#x5316;&#x306E;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3068;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E; misincorporations &#x306F;&#x3001;&#x53E4;&#x4EE3;&#x306E; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x4FE1;&#x6191;&#x6027;&#x3092;&#x5224;&#x65AD;&#x3059;&#x308B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A; mtDNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x7D04; 30,000 &#x5E74;&#x524D; EMH &#x30ED;&#x30B7;&#x30A2;&#x3067; Kostenki 14 &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Kostenki&#x3001;&#x30ED;&#x30B7;&#x30A2;&#x304B;&#x3089;&#x3001;&#x65E9;&#x3044;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A; mtDNA &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3002;

&#xCD08;&#xAE30; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04; (EMHs)&#xC5D0;&#xC11C; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBCF5;&#xAD6C; Neandertals &#xAC19;&#xC740; &#xACE0;&#xB9AC; &#xD0C0; &#xBD84; &#xD55C; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC73C;&#xB85C; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xBC0F; &#xD604;&#xC7AC; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC778;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xAC8C; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xAD00;&#xACC4;&#xC5D0; &#xC8FC;&#xC2E4; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; DNA&#xB294; &#xC790;&#xC8FC; &#xBF08; [1, 2] &#xC624;&#xC5FC; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xBB38;&#xC81C;&#xAC00; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC608;&#xB97C; &#xB4E4;&#xC5B4;, &#xCD5C;&#xADFC; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; (&#xC0B0;) DNA&#xC758; &#xC2E0;&#xC11D;&#xAE30; &#xC2DC;&#xB300; &#xC720;&#xB7FD; &#xD574;&#xACE8;, &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBCC0;&#xC885;&#xB9CC; &#xCC0D;&#xC740; &#xC815;&#xD1B5; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC774; &#xACB0; &#xC11D; &#xD558;&#xAC70;&#xB098; &#xD604;&#xC7AC; &#xC778;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB4DC;&#xBB38; &#xBC18;&#xBA74; &#xB2E4;&#xB978; &#xD588;&#xB2E4; &#xD560;&#xC778; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xC624;&#xC5FC; [3, 4]&#xC5D0;&#xC11C;. &#xC774; &#xB4DC;&#xBB38; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xB4E4;&#xACE0; EMH &#xAC1C;&#xC778; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC81C;&#xD55C; &#xD558; &#xACE0; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC218;&#xC775;&#xB960;&#xC740; &#xACE0; &#xB300; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD480;&#xC758; &#xD55C;&#xCABD;&#xC73C;&#xB85C; &#xCE58;&#xC6B0;&#xCE5C;&#xB41C; &#xBCF4;&#xAE30;. DNA, &#xBAA8;&#xB4E0; &#xAC1C;&#xC778;&#xC5D0; &#xAC8C;&#xB85C; &#xC11C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC744; &#xC811;&#xCD09; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xD615; &#xB4F1; &#xC624;&#xC5FC; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xC811;&#xADFC; &#xC81C;&#xD55C; &#xBD84;&#xC11D; &#xD45C;&#xBCF8; &#xC774;&#xAC83;&#xC774; &#xAC00;&#xB2A5; [5, 6] &#xC624;&#xC5FC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xC18C;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC81C;&#xC678; &#xD558; &#xACE0;. Neandertal &#xB0A8;&#xC544;, &#xC5B4;&#xB514;&#xB85C; &#xC624;&#xC5FC; &#xBC0F; &#xC0DD; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xAD6C;&#xBD84;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;&#xC5D0; Mtdna&#xB97C; &#xACF5;&#xBD80; &#xD568;&#xC73C;&#xB85C;&#xC368; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC870;&#xAC01;&#xD654; &#xD328;&#xD134; &#xBC0F; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; misincorporations &#xACE0; &#xB300; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xC2E0;&#xB8B0;&#xC131;&#xC744; &#xCE21;&#xC815; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB7EC;&#xC2DC;&#xC544;&#xC5D0;&#xC11C; Kostenki 14 &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC57D; 30000 &#xC138; EMH&#xC5D0;&#xC11C; &#xC644;&#xC804; &#xD55C; mtDNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9;.

Kostenki, &#xB7EC;&#xC2DC;&#xC544;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC774;&#xB978; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC644;&#xC804; &#xD55C; mtDNA &#xAC8C;&#xB188;.

La recuperaci&oacute;n de secuencias de ADN de los seres humanos modernos tempranos (EMHs) podr&iacute;a arrojar luz sobre sus interacciones con grupos arcaicos como neandertales y sus relaciones con las poblaciones humanas actuales. Sin embargo, tales experimentos son altamente problem&aacute;ticos ya que ADN humano actual contamina con frecuencia huesos [1, 2]. Por ejemplo, en un reciente estudio de (mt) ADN mitocondrial del neol&iacute;ticos europeos esqueletos, secuencia variantes s&oacute;lo fueron tomadas como aut&eacute;nticas si fueran ausentes o raro en la poblaci&oacute;n actual, mientras que otros tuvieron que ser descontados como posible contaminaci&oacute;n [3, 4]. Esto limita el an&aacute;lisis a individuos EMH portadores de secuencias raras y as&iacute; produce una visi&oacute;n sesgada de la antigua piscina de gene. Otros enfoques de identificar contaminando el ADN, como el genotipado de todas las personas que han entrado en con con una muestra, restringen el an&aacute;lisis a muestras donde esto es posible [5, 6] y no excluyen todas las posibles fuentes de contaminaci&oacute;n. Mediante el estudio de ADNmt en restos de Neandertal, donde la contaminaci&oacute;n y el ADN end&oacute;geno pueden distinguirse por secuencia, demostramos que los patrones de fragmentaci&oacute;n y misincorporations nucle&oacute;tido pueden utilizarse para medir la autenticidad de las secuencias de ADN antiguas. Utilizamos estas caracter&iacute;sticas para determinar una secuencia completa de mtDNA de una EMH aproximadamente 30.000 a&ntilde;os desde el sitio de Kostenki 14 en Rusia.

Un genoma completo del mtDNA de un humano moderno temprano de Kostenki, Rusia.

&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#xFF0C;&#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x8FDB;&#x5316;&#x8FD1;&#x4EB2;&#x5728;&#x4E09;&#x4E07;&#x5E74;&#x524D;&#x6D88;&#x5931;&#x4E4B;&#x524D;&#x4F4F;&#x5728;&#x6B27;&#x6D32;&#x548C;&#x897F;&#x4E9A;&#x7684;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x5730;&#x533A;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x4E09;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x4ECE;&#x8D85;&#x8FC7; 40 &#x4EBF;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684; Neandertal &#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x8349;&#x56FE;&#x3002;&#x6765;&#x81EA;&#x4E16;&#x754C;&#x5404;&#x5730;&#x7684;&#x4E94;&#x4E2A;&#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684; Neandertal &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x627E;&#x51FA;&#x4E00;&#x4E9B;&#x53EF;&#x80FD;&#x53D7;&#x7956;&#x4F20;&#x7684;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x6240;&#x6D89;&#x53CA;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5728;&#x4EE3;&#x8C22;&#x548C;&#x8BA4;&#x77E5;&#x548C;&#x9AA8;&#x9ABC;&#x53D1;&#x5C55;&#x4E2D;&#x7684;&#x79EF;&#x6781;&#x9009;&#x62E9;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x4E0E;&#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5728;&#x6492;&#x54C8;&#x62C9;&#x4EE5;&#x5357;&#x975E;&#x6D32;&#x4E0E;&#x6B27;&#x4E9A;&#x5927;&#x9646;&#x6BD4;&#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5171;&#x4EAB;&#x4E86;&#x66F4;&#x591A;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x53D8;&#x5F02;&#x6697;&#x793A;&#x5230;&#x975E;&#x975E;&#x6D32;&#x4EBA;&#x7684;&#x7956;&#x5148;&#x6765;&#x81EA;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x57FA;&#x56E0;&#x6D41;&#x53D1;&#x751F;&#x524D;&#x6B27;&#x4E9A;&#x96C6;&#x56E2;&#x7684;&#x5206;&#x6B67;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x5F7C;&#x6B64;&#x3002;

Neandertal &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x8349;&#x56FE;&#x3002;

Neandertals, the closest evolutionary relatives of present-day humans, lived in large parts of Europe and western Asia before disappearing 30,000 years ago. We present a draft sequence of the Neandertal genome composed of more than 4 billion nucleotides from three individuals. Comparisons of the Neandertal genome to the genomes of five present-day humans from different parts of the world identify a number of genomic regions that may have been affected by positive selection in ancestral modern humans, including genes involved in metabolism and in cognitive and skeletal development. We show that Neandertals shared more genetic variants with present-day humans in Eurasia than with present-day humans in sub-Saharan Africa, suggesting that gene flow from Neandertals into the ancestors of non-Africans occurred before the divergence of Eurasian groups from each other.

A draft sequence of the Neandertal genome.

N&#xE9;andertaliens, les parents les plus proches de l&#x26;#39;&#xE9;volution de l&#x26;#39;homme d&#x26;#39;aujourd&#x26;#39;hui, vivaient dans de grandes parties de l&#x26;#39;Europe et l&#x26;#39;Asie occidentale avant de dispara&#xEE;tre il ya 30.000 ans. Nous pr&#xE9;sentons un projet de s&#xE9;quence du g&#xE9;nome de Neandertal compos&#xE9; de plus de 4 milliards de nucl&#xE9;otides de trois individus. Les comparaisons du g&#xE9;nome de Neandertal aux g&#xE9;nomes de cinq humains actuels de diff&#xE9;rentes parties du monde, &#xE0; identifier un certain nombre de r&#xE9;gions g&#xE9;nomiques qui peuvent avoir &#xE9;t&#xE9; affect&#xE9;s par une s&#xE9;lection positive dans ancestrales humains modernes, y compris les g&#xE8;nes impliqu&#xE9;s dans le m&#xE9;tabolisme et dans le d&#xE9;veloppement cognitif et du squelette . Nous montrons que les N&#xE9;andertaliens en commun des variantes g&#xE9;n&#xE9;tiques avec plus humains actuels en Eurasie qu&#x26;#39;avec les humains d&#x26;#39;aujourd&#x26;#39;hui en Afrique sub-saharienne, ce qui sugg&#xE8;re que le flux de g&#xE8;nes &#xE0; partir de N&#xE9;andertaliens dans les anc&#xEA;tres de non-Africains a eu lieu avant la divergence des groupes d&#x26;#39;Eurasie de l&#x26;#39;autre .

Un projet de s&#xE9;quence du g&#xE9;nome de Neandertal

Neandertals, die evolution&auml;ren engsten Verwandten des heutigen Menschen, lebte in weiten Teilen von Europa und Westasien vor dem Verschwinden vor 30.000 Jahren. Wir pr&auml;sentieren eine Entwurf-Sequenz von der Neandertal von mehr als 4 Milliarden Nukleotiden aus drei Personen Genom. Vergleiche des Genoms Neandertal in den Genomen von f&uuml;nf heutigen Menschen aus verschiedenen Teilen der Welt identifizieren zahlreicher genomischen Regionen, die durch positive Selektion beim Vorfahren moderner Menschen, einschlie&szlig;lich der beteiligten Gene im Stoffwechsel und in der kognitiven und Skelett beeinflusst worden sein k&ouml;nnten. Wir zeigen, dass Neandertals gemeinsam weitere genetischen Varianten mit den heutigen Menschen in Eurasien als mit den heutigen Menschen in Subsahara-Afrika, darauf hindeutet, dass Genfluss von Neandertals in die Vorfahren der nicht-Afrikaner vor die Divergenz der eurasischen Gruppen voneinander aufgetreten sind.

Ein Entwurf-Sequenz des Genoms Neandertal.

Neandertals, i parenti evolutivi pi&ugrave; vicini degli esseri umani dell&#39;attuale, vissuto nelle grandi parti di Europa e dell&#39;Asia occidentale prima di sparire 30.000 anni fa. Vi presentiamo una sequenza di bozza di Neandertal genoma &egrave; composto da pi&ugrave; di 4 miliardi di nucleotidi da tre individui. Confronti del genoma di Neandertal per i genomi dei cinque esseri umani attuali provenienti da diverse parti del mondo identificano un numero di regioni genomiche che potrebbe essere stata influenzata dalla selezione positiva in esseri umani moderni ancestrali, inclusi geni coinvolti nel metabolismo e nello sviluppo cognitivo e scheletrico. Mostriamo che Neandertals condivisi pi&ugrave; varianti genetiche con gli esseri umani attuali in Eurasia rispetto con gli esseri umani attuali nell&#39;Africa subsahariana, suggerendo che flusso genico da Neandertals negli antenati degli africani non si &egrave; verificato prima la divergenza dei gruppi Eurasian da altro.

Una sequenza di bozza del genoma di Neandertal.

&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x3001;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x8FD1;&#x3044;&#x89AA;&#x621A;&#x306F;&#x3001;&#x6D88;&#x3048;&#x3066;&#x4E07;&#x5E74;&#x524D;&#x306B;&#x524D;&#x306B;&#x3001;&#x30E8;&#x30FC;&#x30ED;&#x30C3;&#x30D1;&#x3084;&#x897F;&#x30A2;&#x30B8;&#x30A2;&#x306E;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x306B;&#x4F4F;&#x3093;&#x3067;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;3&#x4EBA;&#x304B;&#x3089;40&#x5104;&#x500B;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x304B;&#x3089;&#x6210;&#x308B;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30C9;&#x30E9;&#x30D5;&#x30C8;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4E16;&#x754C;&#x306E;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x90E8;&#x5206;&#x304B;&#x3089;5&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3068;&#x8A8D;&#x77E5;&#x3068;&#x9AA8;&#x683C;&#x306E;&#x767A;&#x9054;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x7956;&#x5148;&#x306E;&#x73FE;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x3001;&#x6B63;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5F71;&#x97FF;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x9818;&#x57DF;&#x306E;&#x756A;&#x53F7;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;&#x3001;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306F;&#x3001;&#x975E;&#x30A2;&#x30D5;&#x30EA;&#x30AB;&#x4EBA;&#x306E;&#x7956;&#x5148;&#x306B;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x6D41;&#x52D5;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3001;&#x30B5;&#x30CF;&#x30E9;&#x4EE5;&#x5357;&#x306E;&#x30A2;&#x30D5;&#x30EA;&#x30AB;&#x3067;&#x306F;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x30E6;&#x30FC;&#x30E9;&#x30B7;&#x30A2;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x3068;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x5171;&#x6709;&#x3057;&#x4E92;&#x3044;&#x306B;&#x30E6;&#x30FC;&#x30E9;&#x30B7;&#x30A2;&#xB7;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x5206;&#x5C90;&#x524D;&#x306B;&#x767A;&#x751F;&#x3057;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30C9;&#x30E9;&#x30D5;&#x30C8;&#x914D;&#x5217;

Neandertals, &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC9C4;&#xD654; &#xAC00;&#xAE4C;&#xC6B4; &#xCE5C;&#xCC99; 30000 &#xB144; &#xC804;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xB77C;&#xC838; &#xC804;&#xC5D0; &#xC720;&#xB7FD;&#xACFC; &#xC11C; &#xBD80; &#xC544;&#xC2DC;&#xC544;&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; &#xBD80;&#xBD84;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0B4; &#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0;&#xC11C; 3 &#xAC1C;&#xC778;&#xC774; 4 &#xC5B5; &#xAC1C; &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xD558;&#xB294; Neandertal&#xC758; &#xCD08;&#xC548; &#xC21C;&#xC11C; &#xD604;&#xC7AC;. &#xC138;&#xACC4;&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xBD80;&#xBD84;&#xC5D0;&#xC11C; 5 &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188;&#xC744; Neandertal &#xAC8C;&#xB188; &#xBE44;&#xAD50; &#xC870;&#xC0C1; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;, &#xC2E0;&#xC9C4; &#xB300;&#xC0AC;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xB4F1; &#xC778;&#xC9C0; &#xBC0F; &#xACE8;&#xACA9; &#xBC1C;&#xB2EC;&#xC5D0; &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xC120;&#xD0DD;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188; &#xC601;&#xC5ED; &#xC218;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; Neandertals &#xC0AC;&#xD558;&#xB77C; &#xC0AC;&#xB9C9; &#xC774;&#xB0A8;&#xC758; &#xC544;&#xD504;&#xB9AC;&#xCE74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC778;&#xAC04; &#xBCF4;&#xB2E4;&#xB294; &#xC720;&#xB77C;&#xC2DC;&#xC544;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC778;&#xAC04;&#xC740; &#xB354; &#xB9CE;&#xC740; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBCC0;&#xD615; &#xACF5;&#xC720; &#xBE44; &#xC544;&#xD504;&#xB9AC;&#xCE74; &#xC870;&#xC0C1;&#xC5D0; Neandertals&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD750;&#xB984; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xC720;&#xB77C;&#xC2DC;&#xC544; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC758; &#xBC1C;&#xC0B0; &#xD558;&#xAE30; &#xC804;&#xC5D0; &#xC11C;&#xB85C; &#xC81C;&#xC548; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Neandertal &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xCD08;&#xC548; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Los neandertales, los parientes evolutivos m&#xE1;s cercanos de los humanos actuales, viv&#xED;an en grandes partes de Europa y Asia occidental antes de desaparecer hace 30.000 a&#xF1;os. Se presenta un proyecto de secuencia del genoma del Neandertal compuesta por m&#xE1;s de 4 mil millones de nucle&#xF3;tidos de tres individuos. Las comparaciones del genoma del Neandertal con los genomas de cinco humanos actuales de diferentes partes del mundo, identificar una serie de regiones gen&#xF3;micas que pueden haber sido afectados por la selecci&#xF3;n positiva en los ancestrales los seres humanos modernos, incluidos los genes implicados en el metabolismo y en el desarrollo cognitivo y del esqueleto . Se demuestra que los neandertales comparten variantes gen&#xE9;ticas con m&#xE1;s de hoy en d&#xED;a los seres humanos en Eurasia que con los actuales seres humanos en el &#xC1;frica subsahariana, lo que sugiere que el flujo gen&#xE9;tico de los neandertales a los ancestros de los no africanos se produjo antes de la divergencia de los grupos euroasi&#xE1;ticos entre s&#xED; .

Un esbozo de la secuencia del genoma del Neandertal

&#x73B0;&#x5728;&#x662F;&#x53EF;&#x80FD;&#x6267;&#x884C;&#x706D;&#x7EDD;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x9E1F;&#x67AA;&#x6CD5;&#x6D4B;&#x5E8F;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x6355;&#x83B7;&#x7279;&#x5B9A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x5730;&#x91CD;&#x65B0;&#x6392;&#x5E8F;&#x7684;&#x6838;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x5730;&#x533A;&#x5C1A;&#x672A;&#x88AB;&#x8BC1;&#x660E;&#x53E4;&#x4EE3; DNA&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x5FAE;&#x9635;&#x5217;&#x4E0A;&#x7684;&#x6742;&#x4EA4;&#x6355;&#x83B7;&#x6210;&#x529F;&#x53EF;&#x4EE5;&#x8D85;&#x8FC7;&#x7ECF;&#x8FC7;&#x4ECE; Neandertal &#x5373;&#x4F7F;&#x5B58;&#x5728;&#x7EA6; 99.8%&#x5FAE;&#x751F;&#x7269; DNA DNA &#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x533A;&#x57DF;&#x7684;&#x6062;&#x590D;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5927;&#x7EA6; 14,000 &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x63A8;&#x65AD;&#x4E3A;&#x5BF9;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x6CBF;&#x88AD;&#x81EA;&#x6700;&#x540E;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5171;&#x540C;&#x7684;&#x7956;&#x5148;&#x4E0E;&#x9ED1;&#x7329;&#x7329;&#x5171;&#x4EAB;&#x540E;&#x5DF2;&#x66F4;&#x6539;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x751F;&#x6210;&#x4E00;&#x4E2A; Neandertal &#x548C; 50 &#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5728;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x804C;&#x4F4D;&#x7684;&#x987A;&#x5E8F;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86; 88 &#x5DF2;&#x6210;&#x4E3A;&#x56FA;&#x5B9A;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x4EE5;&#x6765;&#x6211;&#x4EEC;&#x5206;&#x6B67;&#x4ECE;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x7684;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x66FF;&#x6362;&#x3002;

&#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x5730;&#x8FDB;&#x884C;&#x8C03;&#x67E5;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x57FA;&#x4E8E;&#x9635;&#x5217;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6355;&#x83B7;&#x7684; Neandertal &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;

It is now possible to perform whole-genome shotgun sequencing as well as capture of specific genomic regions for extinct organisms. However, targeted resequencing of large parts of nuclear genomes has yet to be demonstrated for ancient DNA. Here we show that hybridization capture on microarrays can successfully recover more than a megabase of target regions from Neandertal DNA even in the presence of approximately 99.8% microbial DNA. Using this approach, we have sequenced approximately 14,000 protein-coding positions inferred to have changed on the human lineage since the last common ancestor shared with chimpanzees. By generating the sequence of one Neandertal and 50 present-day humans at these positions, we have identified 88 amino acid substitutions that have become fixed in humans since our divergence from the Neandertals.

Targeted investigation of the Neandertal genome by array-based sequence capture.

Il est maintenant possible de r&eacute;aliser le s&eacute;quen&ccedil;age du g&eacute;nome entier fusil de chasse, mais aussi capture des r&eacute;gions g&eacute;nomiques sp&eacute;cifiques pour les organismes disparus. Cependant, res&eacute;quen&ccedil;age cibl&eacute;e de grandes parties de g&eacute;nomes nucl&eacute;aires doit encore &ecirc;tre d&eacute;montr&eacute;e pour l&#39;ADN ancien. Nous d&eacute;montrons que capture d&#39;hybridation sur micror&eacute;seaux peut r&eacute;ussir &agrave; r&eacute;cup&eacute;rer plus d&#39;un megabase des r&eacute;gions cibles d&#39;ADN de Neandertal m&ecirc;me en pr&eacute;sence de l&#39;ADN microbien &agrave; environ 99,8 %. En utilisant cette approche, nous avons s&eacute;quenc&eacute; environ 14 000 postes codant pour des prot&eacute;ines et d&eacute;duits sur la lign&eacute;e humaine n&#39;ont chang&eacute; depuis le dernier anc&ecirc;tre commun partag&eacute; avec les chimpanz&eacute;s. En g&eacute;n&eacute;rant la s&eacute;quence d&#39;un Neandertal et 50 hommes aujourd&#39;hui &agrave; ces postes, nous avons identifi&eacute; des substitutions d&#39;acides amin&eacute;s 88 qui ont devenu fixe chez l&#39;homme depuis notre divergence &agrave; partir des N&eacute;andertaliens.

Enqu&ecirc;te cibl&eacute;e sur le g&eacute;nome de Neandertal de capture de la s&eacute;quence bas&eacute;e sur la baie.

Es ist jetzt m&ouml;glich, Sequenzierung des gesamten Genoms Schrotflinte sowie Erfassung der spezifischen genomischen Regionen f&uuml;r ausgestorbene Organismen durchzuf&uuml;hren. Allerdings hat das gezielte Neusequenzierung von gro&szlig;en Teilen der nuklearen Genome noch f&uuml;r alte DNA nachgewiesen werden. Hier zeigen wir, dass Hybridisierung Erfassung auf Microarrays erfolgreich mehr als ein Megabase Zielregionen aus Neandertal DNA auch in Gegenwart von ca. 99,8 % mikrobiellen DNA wiederherstellen kann. Bei dieser Vorgehensweise haben wir rund 14.000 Proteinkodierung Positionen hergeleitet auf die menschliche Abstammung seit den letzten gemeinsamen Vorfahren gemeinsam mit Schimpansen ge&auml;ndert wurden sequenziert. Durch die Abfolge von einem Neandertal und 50 heutigen Menschen an diesen Positionen generieren, haben wir 88 Aminos&auml;ure Substitutionen identifiziert, die beim Menschen seit unserem Divergenz aus der Neandertals behoben werden.

Gezielte Untersuchung des Genoms Neandertal von Array-basierte Sequenz Capture.

Ora &egrave; possibile effettuare il sequenziamento del genoma intero fucile cos&igrave; come acquisizione di specifiche regioni genomiche per organismi estinti. Tuttavia, risequenziamento mirato di grandi parti del genoma nucleare deve ancora essere dimostrata per DNA antico. Qui vi mostriamo che cattura l&#39;ibridazione su microarrays pu&ograve; recuperare con successo pi&ugrave; di una megabase delle regioni di destinazione da DNA Neandertal anche in presenza di 99,8% circa del DNA microbico. Utilizzando questo approccio, noi abbiamo sequenziato circa 14.000 proteina-codificazione posizioni dedotte hanno cambiato sulla stirpe umana poich&eacute; l&#39;ultimo antenato comune condivisa con gli scimpanz&eacute;. Generando la sequenza di un Neandertal e 50 esseri umani attuali a queste posizioni, abbiamo individuato 88 aminoacidiche che hanno fissati in esseri umani dal nostro divergenza dal Neandertals.

Indagini mirate del genoma di Neandertal di cattura sequenza basata su array.

&#x7D76;&#x6EC5;&#x3057;&#x305F;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30B7;&#x30E7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30AC;&#x30F3; &#x30FB; &#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6CD5;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x9818;&#x57DF;&#x306E;&#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3;&#x3092;&#x884C;&#x3046;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x7D5E;&#x3063;&#x305F;&#x6838;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x306E;&#x30EA;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x307E;&#x3060;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x306E;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x306E;&#x4EA4;&#x914D;&#x306E;&#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3;&#x304C;&#x6B63;&#x5E38;&#x306B;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x9818;&#x57DF;&#x304B;&#x3089;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E; DNA &#x3067;&#x3082;&#x7D04; 99.8% &#x5FAE;&#x751F;&#x7269; DNA &#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x3067;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3088;&#x308A;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x3072;&#x3068;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x30C1;&#x30F3;&#x30D1;&#x30F3;&#x30B8;&#x30FC;&#x3068;&#x5171;&#x6709;&#x306E;&#x6700;&#x7D42;&#x5171;&#x901A;&#x7956;&#x5148;&#x306E;&#x5909;&#x308F;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3068;&#x63A8;&#x6E2C;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x7D04; 14,000 &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30DD;&#x30B8;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;1 &#x3064;&#x306E;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x3068; 50 &#x306E;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x4EBA;&#x9593;&#x3067;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306E;&#x767A;&#x6563;&#x4EE5;&#x6765;&#x304B;&#x3089;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x56FA;&#x5B9A;&#x3068;&#x306A;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B; 88 &#x306E;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x7F6E;&#x63DB;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x76EE;&#x6A19;&#x3068;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3002;

&#xC774;&#xC81C; &#xBA78;&#xC885; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD2B9;&#xC815; &#xAC8C;&#xB188; &#xC601;&#xC5ED; &#xCEA1;&#xCC98;&#xB85C; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC0F7;&#xAC74; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xC218;&#xD589; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xAC00;&#xB2A5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xD575; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xD070; &#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xD0C0;&#xAC9F; resequencing &#xC544;&#xC9C1; &#xACE0; &#xB300; DNA&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC99D;&#xBA85; &#xD574;&#xC57C; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; microarrays&#xC5D0; &#xAD50; &#xC7A1; &#xCEA1;&#xCC98;&#xC758; &#xC57D; 99.8% &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; DNA&#xC758; &#xC874;&#xC7AC;&#xB3C4; DNA Neandertal&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB300;&#xC0C1; &#xC601;&#xC5ED; megabase &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xC131;&#xACF5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xBA74; &#xC57D; 14000 &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCF54;&#xB529; &#xC704;&#xCE58; &#xCE68;&#xD32C;&#xC9C0;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xACF5;&#xC720; &#xD558;&#xB294; &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9; &#xACF5;&#xD1B5; &#xC870;&#xC0C1; &#xC774;&#xD6C4; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xD608;&#xD1B5;&#xC5D0; &#xBCC0;&#xACBD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xCD94; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD55C; &#xC6B0;&#xB9AC;. &#xD55C; Neandertal&#xC640; 50 &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC778;&#xAC04;&#xC774;&#xC774; &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC0DD;&#xC131; &#xD558; &#xC5EC; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC778;&#xAC04;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB97C; Neandertals&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xBD84;&#xAE30; &#xC774;&#xD6C4; &#xACE0;&#xC815; &#xB418;&#xB294; 88 &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xB97C; &#xD568;&#xC720;&#xD55C; &#xC0B0; &#xC131; &#xB300;&#xCCB4;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xBC30;&#xC5F4; &#xAE30;&#xBC18; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xCEA1;&#xCC98;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; Neandertal &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xD0C0;&#xAC9F;&#xB41C; &#xC870;&#xC0AC;.

Ahora es posible realizar la secuenciaci&oacute;n del genoma completo de escopeta, as&iacute; como captura de regiones gen&oacute;micas espec&iacute;ficas de los organismos extintos. Sin embargo, resecuenciaci&oacute;n espec&iacute;ficas de las partes grandes de genomas nucleares todav&iacute;a debe demostrarse para ADN antiguo. Aqu&iacute; mostramos que captura de hibridaci&oacute;n de microarrays podr&aacute; recuperar con &eacute;xito m&aacute;s de una megabase de regiones objetivo de ADN Neandertal incluso en presencia de aproximadamente 99,8% de ADN microbiano. Usando esta aproximaci&oacute;n, hemos secuenciado aproximadamente 14.000 prote&iacute;na-codificaci&oacute;n posiciones deducidos a han cambiado en el linaje humano desde el &uacute;ltimo antepasado com&uacute;n compartido con los chimpanc&eacute;s. Mediante la generaci&oacute;n de la secuencia de un Neandertal y 50 seres humanos actuales en estas posiciones, hemos identificado 88 sustituciones de amino&aacute;cidos que se fijan en los seres humanos desde nuestra divergencia de los neandertales.

Investigaci&oacute;n dirigida del genoma Neandertal por captura de secuencia basada en arreglos.

&#x5229;&#x7528;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x65F6;&#x5E8F;&#x63A7;&#x5236;&#x5668;&#x7684;&#x6743;&#x529B;&#xFF0C;&#x5236;&#x5B9A;&#x76EE;&#x6807;&#x6D53;&#x7F29;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x5176;&#x4E2D;&#x591A;&#x6570;&#x9700;&#x8981;&#x8BD5;&#x5242;&#x548C;&#x5546;&#x4E1A;&#x4F9B;&#x5E94;&#x5546;&#x4EC5;&#x6709;&#x7684;&#x8BBE;&#x5907;&#x548C;&#x4E0D;&#x9002;&#x5408;&#x7684;&#x6307;&#x6807;&#xFF0C;&#x662F;&#x51E0;&#x4E2A; kilobases &#x7684;&#x957F;&#x5EA6;&#x3002;

&#x591A;&#x8DEF;&#x590D;&#x7528;&#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x6355;&#x83B7;&#x4F7F;&#x7528; PCR &#x4EA7;&#x7269;&#x7684;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;

To utilize the power of high-throughput sequencers, target enrichment methods have been developed. The majority of these require reagents and equipment that are only available from commercial vendors and are not suitable for the targets that are a few kilobases in length.

Multiplexed DNA sequence capture of mitochondrial genomes using PCR products.

Pour utiliser la puissance des s&eacute;quenceurs haut d&eacute;bit, m&eacute;thodes d&#39;enrichissement cible ont &eacute;t&eacute; d&eacute;velopp&eacute;s. La majorit&eacute; d&#39;entre eux n&eacute;cessite des r&eacute;actifs et du mat&eacute;riel qui sont uniquement disponibles aupr&egrave;s de fournisseurs commerciaux et ne conviennent pas pour les cibles qui sont quelques kilobases de longueur.

S&eacute;quence d&#39;ADN multiplex prise de g&eacute;nomes mitochondriaux, utilisant des produits PCR.

Um die Macht des Hochdurchsatz-Sequenzer zu nutzen, sind Ziel Anreicherungsverfahren entwickelt worden. Die meisten davon erfordern, Chemikalien und Ger&auml;te, die nur von kommerziellen Anbietern erh&auml;ltlich und eignen sich nicht f&uuml;r die Ziele, die ein paar Kilobases lang sind.

Multiplex DNA-Sequenz capture mitochondrial Genome mit PCR-Produkte.

Per sfruttare la potenza di alto-rendimento sequenziatori, sono stati sviluppati metodi di arricchimento di destinazione. La maggior parte di questi richiede reagenti ed attrezzature disponibili solo da venditori commerciali e non &egrave; adatta per le destinazioni che sono pochi kilobasi in lunghezza.

Sequenza di DNA multiplex cattura del genoma mitocondriale utilizzando prodotti di PCR.

&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x306E;&#x529B;&#x3092;&#x6D3B;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5927;&#x534A;&#x306F;&#x8A66;&#x85AC;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5546;&#x7528;&#x30D9;&#x30F3;&#x30C0;&#x30FC;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x307F;&#x5229;&#x7528;&#x6A5F;&#x5668;&#x3092;&#x5FC5;&#x8981;&#x3057;&#x3001;&#x306F;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E; kilobases &#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x304C;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x9069;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;

&#x591A;&#x91CD;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E; PCR &#x306E;&#x88FD;&#x54C1;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC11C;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xD65C;&#xC6A9; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xB300;&#xC0C1; &#xB18D;&#xCD95; &#xBC29;&#xBC95; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB4E4;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84; &#xC2DC; &#xC57D; &#xBC0F; &#xC7A5;&#xBE44; &#xC5D0;&#xC11C;&#xB9CC; &#xC0C1;&#xC6A9; &#xACF5;&#xAE09; &#xC5C5;&#xCCB4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC694;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xAE38;&#xC774;&#xC5D0; &#xBA87; kilobases &#xB300;&#xC0C1;&#xC5D0; &#xC801;&#xD569; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB2E4;&#xC911;&#xD654; &#xB41C; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; &#xC720;&#xC804;&#xC790; PCR &#xC81C;&#xD488;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xCEA1;&#xCC98;.

Para utilizar el poder de los secuenciadores de alto rendimiento, se han desarrollado m&eacute;todos de enriquecimiento del destino. La mayor&iacute;a de ellos requiere reactivos y equipos que s&oacute;lo est&aacute;n disponibles de proveedores comerciales y no es adecuada para los objetivos que son unos kilobases en longitud.

Secuencia de ADN multiplexado captura de genomas mitocondriales usando productos PCR.

&#x4F7F;&#x7528;&#x4ECE;&#x5728;&#x897F;&#x4F2F;&#x5229;&#x4E9A;&#x5357;&#x90E8;&#x7684; Denisova &#x5C71;&#x6D1E;&#x53D1;&#x73B0;&#x624B;&#x6307;&#x9AA8;&#x4E2D;&#x63D0;&#x53D6;&#x7684; DNA&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7EA6; 1.9-fold &#x8986;&#x76D6;&#x5230;&#x53E4; hominin &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x7EC4;&#x3002;&#x6B64;&#x4EBA;&#x662F;&#x4ECE;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x4E0E;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x5171;&#x4EAB;&#x5171;&#x540C;&#x7684;&#x8D77;&#x6E90;&#x3002;&#x8FD9;&#x90E8;&#x5206;&#x4EBA;&#x53E3;&#x6CA1;&#x6709;&#x53C2;&#x4E0E;&#x4ECE;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x7684;&#x63A8;&#x5B9A;&#x57FA;&#x56E0;&#x6D41;&#x6210;&#x4EBA;&#x58EB; &#xFF1B;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#x5B83;&#x8D21;&#x732E;&#x53CA;&#x5176;&#x5BF9;&#x5F53;&#x4ECA;&#x7F8E;&#x62C9;&#x5C3C;&#x897F;&#x4E9A;&#x4EBA;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x6750;&#x6599;&#x7684; 4-6%&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x6307;&#x5B9A;&#x6B64; hominin &#x4EBA;&#x53E3; &#39;Denisovans&#39;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x5B83;&#x53EF;&#x80FD;&#x662F;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x5B58;&#x5728;&#x4E8E;&#x4E9A;&#x6D32;&#x671F;&#x95F4;&#x5728;&#x665A;&#x66F4;&#x65B0;&#x4E16;&#x3002;&#x5728; Denisova &#x5C71;&#x6D1E;&#x91CC;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x4E00;&#x9897;&#x7259;&#x8FDB;&#x884C;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x76F8;&#x4F3C;&#x7684;&#x624B;&#x6307;&#x9AA8;&#x3002;&#x8FD9;&#x9897;&#x7259;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x4E0E;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#xFF0C;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x8868;&#x660E; Denisovans &#x6709;&#x4E0D;&#x540C;&#x4E8E;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x4E0E;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x8FDB;&#x5316;&#x5386;&#x53F2;&#x4E00;&#x6837;&#x6CA1;&#x6709;&#x6D3E;&#x751F;&#x7684;&#x5F62;&#x6001;&#x7279;&#x5F81;&#x3002;

&#x4ECE;&#x897F;&#x4F2F;&#x5229;&#x4E9A;&#x7684; Denisova &#x5C71;&#x6D1E;&#x53E4; hominin &#x7EC4;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x53F2;&#x3002;

Using DNA extracted from a finger bone found in Denisova Cave in southern Siberia, we have sequenced the genome of an archaic hominin to about 1.9-fold coverage. This individual is from a group that shares a common origin with Neanderthals. This population was not involved in the putative gene flow from Neanderthals into Eurasians; however, the data suggest that it contributed 4-6% of its genetic material to the genomes of present-day Melanesians. We designate this hominin population 'Denisovans' and suggest that it may have been widespread in Asia during the Late Pleistocene epoch. A tooth found in Denisova Cave carries a mitochondrial genome highly similar to that of the finger bone. This tooth shares no derived morphological features with Neanderthals or modern humans, further indicating that Denisovans have an evolutionary history distinct from Neanderthals and modern humans.

Genetic history of an archaic hominin group from Denisova Cave in Siberia.

En utilisant l&#39;ADN extraite &agrave; partir d&#39;un os de doigt trouv&eacute; dans la grotte de Denisova en Sib&eacute;rie du Sud, nous avons s&eacute;quenc&eacute; le g&eacute;nome d&#39;un archa&iuml;que hominiens &agrave; environ 1.9-fold de couverture. Cette personne est un groupe qui partage une origine commune avec les N&eacute;andertaliens. Cette population n&#39;&eacute;tait pas impliqu&eacute;e dans le flux de g&egrave;nes putatif de N&eacute;andertaliens dans eurasiens ; Cependant, les donn&eacute;es indiquent qu&#39;il a contribu&eacute; &agrave; 4-6 % de son mat&eacute;riel g&eacute;n&eacute;tique aux g&eacute;nomes des M&eacute;lan&eacute;siens actuels. Nous d&eacute;signer cette population d&#39;hominiens &laquo; Denisovans &raquo; et sugg&egrave;rent qu&#39;il &eacute;taient r&eacute;pandue en Asie durant le Pl&eacute;istoc&egrave;ne tardif. Une dent dans la caverne Denisova transporte un g&eacute;nome mitochondrial tr&egrave;s semblable &agrave; celle de l&#39;os de doigt. Cette dent ne partage aucuns d&eacute;riv&eacute;es de caract&eacute;ristiques morphologiques avec l&#39;homme de N&eacute;andertal ou l&#39;homme moderne, indiquant que les Denisovans ont une histoire &eacute;volutionnaire distincte de l&#39;homme de N&eacute;andertal et l&#39;homme moderne.

Histoire g&eacute;n&eacute;tique d&#39;un groupe d&#39;hominiens archa&iuml;que de la grotte de Denisova en Sib&eacute;rie.

Mit DNA extrahiert aus einem Finger Knochen gefunden in Denisowo H&ouml;hle im s&uuml;dlichen Sibirien, haben wir das Genom von einer archaischen homininen zu etwa 1.9-fold Abdeckung sequenziert. Diese Person ist aus einer Gruppe, die einen gemeinsamen Ursprung mit Neandertalern teilt. Diese Bev&ouml;lkerung beteiligte sich nicht an die vermeintliche Genfluss vom Neandertaler in Eurasier; jedoch die Daten deuten darauf hin, dass es 4 bis 6 % seiner genetischen Materials in den Genomen von heutigen Melanesier beigetragen. Wir bezeichnen diese homininen-Population &#39;Denisovans&#39; und legen nahe, dass es w&auml;hrend des sp&auml;ten Pleistoz&auml;ns in Asien weit verbreitet gewesen sein kann. Gefunden in Denisowo H&ouml;hle Zahn tr&auml;gt ein mitochondriales Genom der Finger Knochen sehr &auml;hnlich. Dieser Zahn teilt keine abgeleiteten morphologischen Merkmale mit Neandertalern oder modernen Menschen, weiter, dass Denisovans eine Evolutionsgeschichte von Neandertalern und modernen Menschen zu haben.

Genetische Geschichte einer archaischen homininen-Gruppe aus Denisowo-H&ouml;hle in Sibirien.

Usando il DNA Estratto da un osso di dito trovato nella grotta di Denisova nella Siberia meridionale, noi abbiamo sequenziato il genoma di un arcaico ominidi a copertura di circa 1.9-fold. Questo individuo &egrave; un gruppo che condivide un&#39;origine comune con i Neanderthal. Questa popolazione non &egrave; stata coinvolta nel flusso del gene putativo dall&#39;uomo di Neanderthal in eurasiatici; Tuttavia, i dati suggeriscono che ha contribuito a 4-6% del suo materiale genetico per i genomi dei Melanesiani odierna. Noi designare questa popolazione ominidi &#39;Denisovans&#39; e suggeriscono che potrebbe essere stato diffuso in Asia durante il tardo Pleistocene. Un dente trovato nella grotta di Denisova trasporta un genoma mitocondriale molto simile a quella dell&#39;osso di dito. Questo dente non condivide derivate caratteristiche morfologiche con Neanderthal o gli esseri umani moderni, ulteriormente indicando che Denisovans hanno una storia evolutiva distinta dall&#39;uomo di Neanderthal e degli esseri umani moderni.

Storia genetica di un gruppo di ominidi arcaici dalla grotta di Denisova in Siberia.

&#x5357;&#x30B7;&#x30D9;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x30C7;&#x30CB;&#x30BD;&#x30EF;&#x6D1E;&#x7A9F;&#x3067;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x305F;&#x6307;&#x9AA8;&#x304B;&#x3089;&#x62BD;&#x51FA;&#x3057;&#x305F; DNA &#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x53E4;&#x98A8;&#x306A;&#x3072;&#x3068;&#x65CF;&#x306F;&#x7D04; 1.9-fold &#x5831;&#x9053;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x500B;&#x4EBA;&#x306F;&#x3001;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x3068;&#x5171;&#x901A;&#x306E;&#x8D77;&#x6E90;&#x3092;&#x5171;&#x6709;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x304B;&#x3089;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x63A8;&#x5B9A;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x6D41;&#x52D5;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x304B;&#x3089;&#x30E6;&#x30FC;&#x30E9;&#x30B7;&#x30A2;&#x306B;&#x95A2;&#x308F;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x306A;&#x3044;;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x305D;&#x306E;&#x73FE;&#x4EE3;&#x30E1;&#x30E9;&#x30CD;&#x30B7;&#x30A2;&#x4EBA;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7269;&#x8CEA;&#x306E; 4-6 &#xFF05; &#x3092;&#x5BC4;&#x4E0E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x304A;&#x52E7;&#x3081;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x4EBA;&#x985E;&#x306E;&#x5C45;&#x4F4F;&#x4EBA;&#x53E3; &#39;Denisovans&#39; &#x3092;&#x6307;&#x5B9A;&#x3057;&#x3066;&#x305D;&#x308C;&#x4E2D;&#x5F8C;&#x671F;&#x66F4;&#x65B0;&#x4E16;&#x30A2;&#x30B8;&#x30A2;&#x3067;&#x5E83;&#x307E;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30C7;&#x30CB;&#x30BD;&#x30EF;&#x6D1E;&#x7A9F;&#x3067;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6B6F;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x6307;&#x9AA8;&#x306B;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x4F3C;&#x305F;&#x904B;&#x3076;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x6B6F;&#x306E;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x3084;&#x3055;&#x3089;&#x306B; Denisovans&#x3001;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x3068;&#x73FE;&#x751F;&#x4EBA;&#x985E;&#x304B;&#x3089;&#x5225;&#x500B;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x6B74;&#x53F2;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3001;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x3068;&#x682A;&#x5F0F;&#x6D3E;&#x751F;&#x5F62;&#x614B;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306A;&#x3057;&#x3002;

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&#xB0A8;&#xBD80; &#xC2DC;&#xBCA0;&#xB9AC;&#xC544;&#xC5D0;&#xC11C; Denisova &#xB3D9;&#xAD74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xC190;&#xAC00;&#xB77D; &#xBF08;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD94;&#xCD9C;&#xD55C; DNA&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;, &#xC57D; 1.9-fold &#xBC94;&#xC704;&#xC5D0; &#xACE0;&#xB9AC; &#xD0C0; &#xBD84; hominin &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD55C; &#xC6B0;&#xB9AC;. &#xC774; &#xAC1C;&#xC778;&#xC740; &#xC6D0;&#xC2DC;&#xC778;&#xC73C;&#xB85C; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xCD9C;&#xCC98;&#xB97C; &#xACF5;&#xC720; &#xD558;&#xB294; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC5D0;&#xC11C;. &#xC774; &#xC778;&#xAD6C;&#xB294; Eurasians;&#xC5D0; &#xC6D0;&#xC2DC;&#xC778;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD750;&#xB984;&#xC5D0; &#xAD00;&#xC5EC; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB294; &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xBA5C;&#xB77C;&#xB124;&#xC2DC;&#xC544;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0;&#xB294; &#xC720;&#xC804; &#xBB3C;&#xC9C8;&#xC758; 4-6% &#xAE30;&#xC5EC; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#39;Denisovans&#39;&#xC774; hominin &#xC778;&#xAD6C;&#xB97C; &#xC9C0;&#xC815; &#xD558; &#xACE0; &#xADF8; &#xB418;&#xC5C8;&#xC744; &#xC218;&#xB3C4; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC544;&#xC2DC;&#xC544;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xB2A6;&#xAC8C; &#xD6D9; &#xC801; &#xC138; &#xC2DC;&#xB300; &#xB3D9;&#xC548;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Denisova &#xB3D9;&#xAD74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB41C; &#xCE58;&#xC544; &#xC6B4;&#xBC18; &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; &#xAC8C;&#xB188; &#xC190;&#xAC00;&#xB77D; &#xBF08;&#xC758; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC774;&#xBE68;&#xC774; &#xC6D0;&#xC2DC;&#xC778; &#xB610;&#xB294; &#xCD94;&#xAC00; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xB294; Denisovans &#xC6D0;&#xC2DC;&#xC778;&#xACFC; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04; &#xB2E4;&#xB97C; &#xC9C4;&#xD654; &#xC5ED;&#xC0AC;&#xB97C;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04; &#xC544;&#xB2C8; &#xD30C;&#xC0DD;&#xB41C; &#xD615;&#xD0DC;&#xC18C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xACF5;&#xC720; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC2DC;&#xBCA0;&#xB9AC;&#xC544;&#xC5D0;&#xC11C; Denisova &#xB3D9;&#xAD74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACE0;&#xB9AC; &#xD0C0; &#xBD84; hominin &#xADF8;&#xB8F9;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC801; &#xC778; &#xC5ED;&#xC0AC;.

Utilizando el ADN extra&iacute;do de un hueso del dedo encontrado en la cueva de Denisova en Siberia del sur, hemos secuenciado el genoma de un hom&iacute;nido arcaico a unos 1.9-fold de cobertura. Este individuo es parte de un grupo que comparte un origen com&uacute;n con los neandertales. Esta poblaci&oacute;n no estaba involucrada en el flujo de genes putativo de los neandertales en euroasi&aacute;ticos; sin embargo, los datos sugieren que contribuy&oacute; 4-6% de su material gen&eacute;tico a los genomas de los melanesios actuales. Nos designar a esta poblaci&oacute;n de hom&iacute;nidos &quot;Denisovans&quot; y sugieren que puede haber sido extendido en Asia durante la &eacute;poca del Pleistoceno tard&iacute;o. Un diente encontrado en la cueva de Denisova lleva un genoma mitocondrial muy similar a la del hueso del dedo. Este diente no comparte caracter&iacute;sticas morfol&oacute;gicas derivadas con los neandertales o los seres humanos modernos, indicando adem&aacute;s que Denisovans tienen una historia evolutiva distinta de los neandertales y los humanos modernos.

Tomislav Maricic

Max-Planck Institute for Evolutionary Anthropology, Leipzig

Primer Extension Capture: Targeted Sequence Retrieval from Heavily Degraded DNA Sources