Alors que la loi de ségrégation de Mendel stipule que les deux allèles pour un gène sont séparés en gamètes différents, il reste une autre question concernant la façon dont les gènes différents sont hérités. Par exemple, le gène des plantes hautes est-il hérité avec le gène des pois verts ? Mendel s’est posé cette question en faisant l’expérience avec un croisement dihybride ; un croisement dans lequel les deux parents sont homozygotes pour deux traits distincts, ce qui donne une génération F₁ qui est hétérozygote pour les deux traits.

Pensons à deux plants homozygotes, l’un avec des pois jaunes ronds (génotype YYRR) et l’autre avec des pois verts ridés (yyrr). Dans la génération F₁, il a constaté que tous les plants présentaient les deux traits dominants (jaune et rond ; YyRr).  Cependant, chez la génération F₂, les plants avaient des combinaisons de traits qui sont apparues dans un rapport prévisible : pour chaque 16 plants, 9 étaient jaunes et ronds, 3 étaient jaunes et ridés, 3 étaient verts et ronds, et 1 était vert et ridé. À partir de ce résultat, Mendel a proposé que l’inclusion d’un allèle vert dans un gamète n’avait aucune incidence sur la question de savoir si ce gamète recevrait l’allèle rond ou ridé : chaque combinaison était tout aussi probable. La loi de Mendel sur l’assortiment indépendant stipule que les gènes n’ont pas d’impact les uns sur les autres en ce qui concerne le tri en gamètes.

Les scientifiques savent maintenant que l’assortiment indépendant se produit parce que les chromosomes s’associent au hasard pendant la méiose I, le long de la plaque de métaphase. En conséquence, les gènes situés sur des chromosomes différents seront triés indépendamment. Cela signifie également que deux gènes résidant sur le même chromosome violent la loi de l’assortiment indépendant, surtout quand ils sont très proches l’un de l’autre parce qu’ils seront presque toujours hérités ensemble. Ce phénomène est décrit comme un “ lien ” au niveau du chromosome. Les gènes liés ne démontrent pas un rapport de 9:3:3:1 chez la génération F₂ d’un croisement dihybride.