Method Article
Here, we introduce a method, cocem3D, to unveil the ultrastructure of a specific cell in its native tissue by bridging confocal and serial block-face scanning electron microscopy.
Délimitation de l'ultrastructure d'une cellule est importante pour comprendre sa fonction. Cela peut être un projet de taille pour les types de cellules rares diffusés tout au long de tissus faits de divers types de cellules, comme les cellules entéro de l'épithélium intestinal. Ces capteurs gastro-intestinaux de l'alimentation et les bactéries ont été difficiles à étudier parce qu'elles sont dispersées parmi d'autres cellules épithéliales dans un rapport de 1: 1000. Récemment, des souris transgéniques rapporteurs ont été générés pour identifier des cellules entéro-endocrines au moyen de fluorescence. Un de ceux est le peptide YY-GFP souris. L'utilisation de cette souris, nous avons développé une méthode pour corréler confocale et microscopie électronique à balayage d'îlot de série. Nous avons nommé la méthode cocem3D et appliqués pour identifier une cellule entéroendocrine spécifique du tissu et de dévoiler la ultrastructure de la cellule en 3D. La résolution de cocem3D est suffisante pour identifier les organites aussi petit que vésicules de sécrétion et de distinguer les membranes cellulaires pour le volume rendering. Cocem3D peut être facilement adapté pour étudier l'ultrastructure 3D d'autres types de cellules spécifiques dans leur tissu natif.
Vie à l'intérieur d'une cellule se déroule dans le temps et l'espace. Changements dans le temps sont souvent étudiés en utilisant la microscopie time-lapse combinée à des techniques d'imagerie de fluorescence, comme la microscopie de super-résolution. Espace, en particulier la disposition des organites à l'intérieur d'une cellule ou d'interactions de cellule à cellule, ne peut être obtenue par un compte rendu complet de la structure fine de la cellule. Un compte rendu complet de la structure fine d'une cellule peut aussi apporter de la clarté à la fonction génomique dans les cas où le génome est disponible, comme le C. elegans nématode 1 ou la Placozoaires tricoplax plat adhérentes 2. Microscopie électronique de sectionnement de série est maintenant reproductible, le temps efficace et moins coûteux tâche grâce au développement des technologies de microscopie électronique 3D automatisés, comme la microscopie électronique à balayage série d'îlot 3 (SBEM).
Le besoin d'information structurelle pour élucider la fonction est très évident dans certaines cell types où la fonction dépend des interactions physiques de cellule à cellule, comme les neurones, les cellules gliales, cellules épithéliales ou sensorielles. Nous sommes particulièrement intéressés à élucider comment les signaux sensoriels de nutriments dans le lumen de l'intestin sont transduits en un signal électrique qui module finalement comportements appétitives. Le circuit est complexe, mais commence à la paroi de l'intestin où les éléments nutritifs viennent en contact avec les cellules epitheliales sensorielles, appelées cellules entéro-endocrines. Contrairement à d'autres cellules epitheliales sensorielles, telles que des cellules gustatives, des cellules entéro-endocrines sont dispersées tout au long de l'épithélium intestinal dans un rapport de un à mille 7.4. En conséquence, ils ont été difficiles à identifier et étudier, et pour longtemps, ils ont été vu seulement comme une source d'hormones de l'intestin. Mais avec le développement de souris fluorescence rapporteurs spécifiques des cellules, la fonction sensorielle complexe de ces cellules est en train d'émerger. En utilisant une de ces souris rapporteurs, un peptide YY-GFP (PyyGFP) souris, nous avons trouvé que enteroendocrine cellules ont une queue cytoplasmique de premier plan que nous avons nommé neuropod. L'apparition de neuropods suggéré une fonction conservée dans la communication de cellule à cellule. Ainsi, nous avons pensé que, en documentant l'ultrastructure d'une cellule d'entéroendocrines, la fonction de neuropods pourrait être dérivée.
La nécessité de comprendre la structure d'un appendice dans une cellule dispersée qui est difficile à identifier était la raison principale pour développer une méthode pour combiner la microscopie confocale et SBEM. La cellule d'intérêt a été identifié en utilisant des souris rapporteurs spécifiques des cellules de PyyGFP. La méthode a permis de documenter l'ensemble ultrastructure d'une cellule entéroendocrine et son neuropod. Dans neuropods, nous avons trouvé les caractéristiques structurelles des axones neuronaux, et à l'extérieur neuropods, nous avons trouvé une relation physique à cellules gliales entériques 8. En effet, neuropods contiennent environ 70% de tous les vésicules sécrétoires qui suggère un rôle essentiel dans la fonction de sécrétion de ces cellules. Construire sur ledes données structurelles, et plus récemment, nous avons trouvé que, grâce à ces neuropods, des cellules entéro-endocrines et les neurones innervant l'intestin former un circuit neuroépithéliale, similaire à celle des cellules gustatives dans la langue 8,9.
Découvrir ces caractéristiques de mécanismes chimiosensoriels gastro-intestinaux refoulées à partir de données recueillies structurelles en utilisant cette méthode de microscopie corrélative. Nous croyons que cette méthode pourrait être utile dans d'autres domaines de la biologie cellulaire, en particulier lorsque les cellules sont dispersées dans les tissus à un taux très faible. Nous nous sommes référés à la méthode que confocale corrélative et la microscopie électronique à balayage face du bloc de série en 3D (Cocem3D). Le procédé comprend les étapes principales suivantes: dissection des tissus, la microscopie confocale, imagerie par SBEM, SBEM image confocale et la corrélation, et la segmentation manuelle. Comparé à d'autres méthodes de corrélation, le concept est assez simple parce que la corrélation est physique plutôt que chimique.
Tous les soins des animaux et expériences ont été réalisées conformément à un protocole approuvé par le Comité institutionnel de protection et d'utilisation des animaux de l'Université Duke.
Cocem3D découle d'une combinaison de protocoles précédemment publiés 10,11 et a été appliqué ici pour étudier une cellule entéroendocrine spécifique en utilisant un journaliste souris PyyGFP 12. Ce procédé peut facilement être appliqué à d'autres cellules d'intérêt en utilisant des souris transgéniques rapporteuses disponibles dans le commerce. La méthode est décrite en trois sections: microscopie corrélative confocale, microscopie électronique à balayage bloc-face série (SBEM), et de données de rendu en 3D.
Corrélative microscopie confocale
L'objectif de cette section est de récolter un segment de tissu du côlon distal des dimensions qui permettent confocale corrélative et l'imagerie SBEM. Le protocole est le suivant:
1. Exploitation du Tissue
2. Dissection et de fixation segments de tissu
3. blocs de tissus micro-dissection
4. imagerie confocale
5. incorporation blocs dans Agarose
Serial Numérisation Bloc-face Electron Microscopy (SBEM)
Dans cette section, le bloc de tissu est préparé et imagée avec SBEM à faible grossissement. L'image de l'enquête de la face du bloc est ensuite corrélée avec les données confocale pour identifier la région contenant la cellule d'intérêt. Une fois la régionest identifié, le tissu est imagée avec une résolution de 7 nm / pixel et des tranches de 70 nm. Ce fut suffisant pour résoudre et de distinguer les grands-dense vésicules de sécrétion de base à partir d'autres organites. Dans les cellules entéro-endocrines, ce type de vésicules varie entre 100 et 150 nm de diamètre 13. Le protocole est le suivant:
6. Les articles de tissus coloration
7. infiltrant and Embedding coupes de tissus dans Résine
8. Montage et Recadrage de l'bloc de tissu pour l'imagerie
9. SBEM
10. Optimisation SBEM Images pour la segmentation de surface
Rendu des données en 3D
11. microscopie confocale
12. série Bloc-face SEM
Remarque: Les données Manuel segmentation est une procédure très coûteuse en temps et en fonction des caractéristiques d'être rendus à la procédure peut prendre plusieurs semaines. Segmentation pour les vidéos et les chiffres présentés dans Bohórquez et al 2014 8. A été fait manuellement et a pris environ 500 heures de travail. Il est recommandé de donner la priorité aux caractéristiques essentielles nécessitant rendu avant de commencer le processus de segmentation. La procédure est la suivante:
La méthode présentée ici a été utilisé pour étudier l'ultrastructure d'une cellule spécifique dans une couche de l'épithélium. La cellule d'intérêt dans ce cas est la cellule entéroendocrine insaisissable. Leur identification in situ n'a été possible que dans les dernières années avec le développement de souris fluorescence rapporteurs spécifiques des cellules. En 2011, nous avons développé une souris dans laquelle le promoteur de l'hormone de PYY entraîne l'expression de la protéine fluorescente verte 17. Dans ce PyyGFP souris, les cellules entéro de la partie distale de l'intestin grêle et du côlon sont facilement distingués sous lumière UV. Ce modèle de souris est une base pour identifier un bloc de tissu contenant une cellule entéroendocrine et le traiter pour SBEM. La méthode de corrélation est désigné ici comme cocem3D et a été construit sur les protocoles précédemment publiés 10,11.
L'optimisation des dimensions du bloc de tissu est critique pour la corrélation. Dans des expériences préliminaires,il a été déterminé que, dans un bloc de tissu de 300 um de long x 50 um d'épaisseur le nombre d'images SBEM est réduit à un minimum tout en couvrant l'ensemble du corps de la cellule d'intérêt. La figure 1A montre un Overlook de la dissection en utilisant une lame microtrome vibrant obtenir le bloc de tissu avec les bonnes dimensions. Au moins 100 blocs sont obtenus avant le tri à travers eux à choisir ceux avec des cellules intactes d'intérêt. Blocs sélectionnés sont imagées par microscopie confocale et d'image z empilements sont espacés optiquement chaque 1 pm (Figure 1B et C). La figure 1D montre un volume vue rendue d'une cellule entéroendocrine dans l'iléon de la souris. Son neuropod important se prolonge sous les cellules épithéliales de ~ 60 um.
La cellule d'intérêt se trouve en corrélant les z-piles confocale avec une image de SBEM de l'ensemble du visage de bloc. Un exemple est présenté ici d'un bloc de la partie distale du côlon d'un PyyGFPsouris. Après l'obtention confocale z-piles (figure 2A), le bloc est noyé dans une mince couche de bas point de fusion agarose (figure 2B). Cela est nécessaire pour la manipulation ultérieure du bloc. Il est important de maintenir l'orientation du bloc le plus plat possible de faire correspondre les tranches optiques avec les tranches de SBEM. Sur la figure 2C, une image représentative est affichée de la totalité de la face du bloc de tissu. Certaines parties de ce chiffre ont déjà été publiés dans Bohorquez et al., 2014 8. Ce fut ensuite corrélée avec l'image confocale en tenant compte des points de repère et des dimensions de tissus. Figure 2D montre une superposition du confocale et l'image SBEM du bloc, révélant la emplacement précis de notre cellule d'intérêt.
Une fois que la cellule a été identifié, l'imagerie par SBEM est fait à une résolution suffisamment élevée pour identifier les vésicules de sécrétion et d'autres organites cellulaires. L'ensemble de données, il a présentére a été imagée à 7 nm par pixel que les images du bloc ont été prises tous les 70 nm. L'ensemble des données contenues 643 images qui couvrent 45 um de la profondeur des tissus. A quelques microns sont rasés lors de l'imagerie initiale de l'ensemble du visage de bloc à faible grossissement. L'ensemble de données de SBEM brut a été acquis en format .dm3 et transformé en .tiff pour manipulation ultérieure. La pile de SBEM a été recadrée en utilisant le logiciel Fidji plugin "cultures (3D)" bloc pour contenir seulement la région d'intérêt. Cela réduit la quantité de mémoire RAM nécessaire pour le rendu de volume. La cellule a été identifié par sa position et les vésicules sécrétoires, et segmenté en utilisant le logiciel Imaris. La figure 3 contient un rendu en 3D de la cellule entéroendocrine.
Figure 1:. Microscopie confocale corrélative (A) Workflow pour disséquer un morceau detissu intestinal dans un tissu bloquer 300 x 50 um d'épaisseur. (B) Un bloc de tissu représentant des bonnes dimensions. Notez qu'un bloc de tissu de ces dimensions de l'intestin grêle de souris étend sur trois villosités ou, dans le cas du côlon environ 8 cryptes. (C) Un prélèvement de villosités de l'intestin grêle qui contient une cellule d'intérêt. (D) Une pile confocale z-rendu en 3D en utilisant le logiciel Imaris représente une cellule entéroendocrine d'une course en avant neuropod sous l'épithélium intestinal. Bleu = DAPI colorant nucléaire. Bars = 10 um. S'il vous plaît, cliquez ici pour voir une version plus grande de cette figure.
Figure 2: la microscopie électronique à balayage série d'îlot (A) Image confocale d'un sele.bloc de tissu DECT du côlon contenant les cellules de PyyGFP (vert) d'intérêt. (B) Une fois que le bloc est imagé au microscope confocal, il est ensuite incorporé à plat en bas point de fusion à l'aide d'agarose des lames de verre. Intégration de la bloc de tissu dans l'agarose facilite la manipulation ultérieure, et l'encoche dans le coin gauche permet de monter le bloc dans le SBEM dans la bonne orientation. (C) l'image SBEM de la face du bloc. (D) la corrélation des données confocale avec SBEM d'identifier cellule d'intérêt (flèche blanche). Images dans c et d de cette figure sont modifiés à partir Bohorquez et al., 2014 8. Bleu = DAPI colorant nucléaire. Bars = 10 um. S'il vous plaît, cliquez ici pour voir une version plus grande de cette figure.
Figure 3:. Les données de rendu en 3D (A) Rendu de volume des cellules entéroendocrine utilisant un logiciel Imaris. La cellule contient un neuropod emballé avec des vésicules sécrétoires. Pour une description complète de l'ultrastructure d'une cellule entéroendocrine, s'il vous plaît se référer à Bohórquez et al., 2014 8. S'il vous plaît, cliquez ici pour voir une version plus grande de cette figure.
Chemosensation gastro-intestinal est en train de devenir un nouveau champ passionnant de la recherche biomédicale. Ceci est dû en grande partie à la découverte de récepteurs du goût fonctionnels dans les cellules entéro 18. Des études ultérieures ont montré que des cellules entéro-endocrines expriment des récepteurs spécifiques pour les substances nutritives, y compris des hydrates de carbone, des lipides, des acides aminés et des 5,6,19,20. Le facteur catalytique pour ces découvertes a été le développement de souris rapporteurs, dans lequel des cellules entéro-endocrines sont 20 marquées par fluorescence. Nous avons développé une de ces souris, la souris PyyGFP, pour étudier des cellules entéro-endocrines de l'intestin grêle et le côlon distal 17,21. Ces cellules sont d'intérêt parce qu'ils sécrètent PYY et du glucagon-like peptide 1, qui sont tous deux des inducteurs de satiété 22,23. À l'époque, un compte rendu complet ultra-structurelle de ces cellules était manquant, ce qui nous croyions était essentiel de comprendre leurs mécanismes de signalisation.
ontenu "> Ici, nous avons décrit une méthode visuelle pour combler microscopie confocale avec SBEM. La méthode est appelée en tant Cocem3D, qui nous a permis de documenter l'ultrastructure complète des cellules entéro. Nous avons signalé que ces cellules ont une neuropod qui contient trois quarts de tous les vésicules de sécrétion 8. Dans le neuropod, il ya neurofilaments et un peu comme axones neuronaux, neuropods sont nourries par des cellules gliales entériques 8. Plus important encore, il est bien que ces neuropods que entéroendocrine cellules connecter physiquement à des neurones innervant l'intestin et 9 côlon.Un des points forts de cocem3D est sa simplicité. La réduction de l'échantillon de tissu dans un bloc qui peut être imagé par SBEM confocale et facilite l'identification d'une cellule spécifique d'un tissu. Vésicules de sécrétion et d'autres organites peuvent être identifiés avec une facilité à une résolution de 7 nm / pixel. Parce que les sections en SBEM sont éliminés, d'autres procèschanter des tissus pour identifier les protéines spécifiques est pas une option à ce stade. Cependant, la mise au point de procédés tels que ATUM 24, dans lequel les sections du bloc de tissu sont conservés, sont susceptibles de permettre l'identification de protéines spécifiques dans la cellule. Détermination de l'emplacement spécifique des récepteurs sur les cellules chimiosensoriels entéroendocrines information est essentielle pour le développement de thérapies médicamenteuses pour l'obésité, car les cellules entéro sont une interface sensorielle entre les aliments dans l'intestin et de la satiété dans le cerveau.
Dr Satish Medicetty est un employé de et reçoit 100% du salaire de Renovo Neural Inc; Toutefois, cela ne modifie pas l'adhésion de l'auteur de politiques JoVE sur les données et matériaux partage. Pas de conflit d'intérêts est déclaré pour les auteurs restants.
Our sincere appreciation is expressed to the following people: Drs. Sam Johnson and Benjamin Carlson of the Duke Light Microscopy Core Facility for their assistance with data visualization software, and Ms. Valerie Lapham and Dr. John M. Mackenzie, Jr. of the Center for Electron Microscopy at North Carolina State University for their advice on electron microscopy. We thank Dr. Elaine B. Bohórquez for her editorial assistance. Authors contributed in the following manner: DVB, SM, and RAL designed experiments and analyzed data. DVB performed experiments and FH performed manual rendering of data. SM is director of Renovo Neural, where SBEM data was acquired. DVB wrote the manuscript and all authors reviewed and edited the final manuscript. This work was supported by NIH grants R01DK091946 and Veterans Affairs grant I01BX002230 to RAL, and F32DK094704, to DVB.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Phosphate buffered saline | Life technologies | 10010023 | |
Heparin sodium salt | Sigma | H4784 | |
Paraformaldehyde | Sigma | 158127 | 4%, freshly made in PBS, final pH 7.4 |
Glutaraldehyde | Sigma | G5882 | |
Dental wax | Electron Microscopy Sciences | 72660 | |
Low-melting agarose | Life technologies | 16520-100 | 5%, freshly made in PBS |
Standard Tissue-Tek Cryomold | Electron Microscopy Sciences | 62534-25 | |
DAPI nuclear stain | Life technologies | D1306 | |
Postively charged glass slides and coverslips | |||
Fine art paintbrush #1 | |||
Cacodylate buffer | Electron Microscopy Sciences | 11650 | |
Tannic acid | Electron Microscopy Sciences | 21700 | |
EMbed 812 kit | Electron Microscopy Sciences | 14120 | |
Liquid releasing agent | Electron Microscopy Sciences | 70880 | |
Liquid silver colloidal | Electron Microscopy Sciences | 12630 | |
CircuitWorks conductive epoxy | ITW Chemtronics | CW2400 | |
Variable flow peristaltic pump | VWR | 70730-064 | |
VT1200S Vibrating blade microtome | Leica | ||
Zeiss 780i confocal microscope | Carl Zeiss | ||
Sigma VP Scanning Electron Microscope | Carl Zeiss | ||
3view system | Gatan | ||
Renovo Neural Inc (Cleveland, OH) | http://www.renovoneural.com | Renovo provides 3d EM services | |
Fiji software | Open access software | ||
Computer station with 16 GB of RAM or more | |||
Data visualization software Imaris 7.5 | Bitplane |
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