Pour auto-assembler la structure de l’origami d’ADN dans un pot, commencez par préparer un mélange de 2,5 nanomolaires du brin d’échafaudage circulaire M13mp18 et de 100 nanomolaires des 201 courtes agrafes oligonucléotidiques dans un tampon TAE complété par 15 millimolaires de chlorure de magnésium. Ajustez ensuite le volume total de la solution à 100 microlitres en utilisant de l’eau ultrapure. Recuit la solution dans un thermocycleur à l’aide d’un gradient de température.
Commencez par chauffer rapidement à 80 degrés Celsius et suivez le programme de gradient de température affiché étape par étape. Pour purifier le mélange de l’excès d’agrafes, ajoutez 100 microlitres de la solution d’origami d’ADN à un filtre amicon de coupure de poids moléculaire de 100 kilodaltons. Suivi de l’ajout de 400 microlitres d’eau ultrapure.
Puis centrifuger à 6 000G pendant huit minutes à température ambiante. Après la centrifugation, retirez le filtre et retournez le tube pour jeter le filtrat. Ajoutez 400 microlitres d’eau ultrapure au filtre et à la centrifugeuse comme démontré précédemment.
Recueillir la solution de nanostructure purifiée. Retournez le filtre dans un nouveau tube et centrifugez à 1 000 G pendant deux minutes à température ambiante en suivant les instructions du fabricant. L’assemblage correct de la fourche d’origami d’ADN a été assuré à l’aide de la microscopie à force atomique ou de l’imagerie AFM.
Comme prévu, la plupart des fourches étaient solides et ne présentaient pas de bras cassés. Cependant, le pont entre les bras était difficile à imager en raison de son petit diamètre et de sa grande flexibilité.
