Après avoir installé Napari et Napari Animation, créez un nouveau fichier de bloc-notes Jupyter. Pour visualiser des images et créer des films du cerveau du poisson zèbre rendu, chargez l’image 3D et ouvrez la fenêtre Napari. Ensuite, connectez le plugin d’animation Napari.
Ensuite, définissez les paramètres tels que la taille du voxel, la carte de couleurs et les limites de contraste dans les contrôles de calque. Ajustez les paramètres de la visionneuse dans le canevas. Ensuite, pour capturer l’image rendue, appuyez sur le bouton de capture dans l’assistant d’animation.
Pour générer des films du volume rendu, modifiez les paramètres de la visionneuse et ajoutez des images clés. Après avoir ajouté des images clés, définissez le nombre d’images entre les images clés dans l’assistant d’animation. Enfin, enregistrez l’animation rendue.
Le champ de vision volumétrique d’un cerveau larvaire de poisson-zèbre exprimant GCaMP 7A panneuronal couvrait les régions cérébrales du cerveau antérieur, du mésencéphale et du cerveau postérieur. Les corps cellulaires neuronaux du bulbe rachidien, de la plaque cérébelleuse, du tectum optique, de l’hébénula et du télencéphale dorsal étaient clairement visibles dans tout le cerveau d’une larve de poisson zèbre. En imagerie fonctionnelle 2D, les corps cellulaires neuronaux étaient clairement visibles à la fois en arrière-plan et dans l’activité neuronale superposée.
