Pour commencer, téléchargez un exemple de fichier d’entrée délimité par des virgules contenant des mesures de métabolites. Double-cliquez sur le fichier d’exemple téléchargé pour l’ouvrir et assurez-vous qu’il contient les noms des exemples dans la première colonne et les affectations de groupe dans la deuxième colonne. Les colonnes restantes contiennent des métabolites et chaque ligne représente un échantillon.
Ensuite, téléchargez l’application Java en filigrane et double-cliquez sur le téléchargé. jar pour lancer l’application. Dans l’onglet Données, cliquez sur le bouton Parcourir pour télécharger le fichier d’entrée.
Sous Spécifier des colonnes ou des lignes, cliquez sur la flèche de la liste déroulante en regard de l’ID de l’exemple pour sélectionner le nom de la colonne ou de la ligne correspondante dans le fichier d’entrée. Sélectionnez ensuite Échantillon. Ensuite, cliquez sur la flèche déroulante à côté de Groupe pour sélectionner la colonne ou la ligne correspondante dans le fichier d’entrée et sélectionnez Groupe.
Sous Spécifier des groupes d’exemples, cliquez sur les flèches de la liste déroulante en regard de chaque groupe pour sélectionner la colonne de groupe correspondante dans le fichier d’entrée. Sous Feature Grouping (Regroupement d’entités), cochez la case en regard de la méthode souhaitée, Calculer les groupes d’entités. Cliquez sur l’option Afficher les cartes thermiques pour afficher la carte thermique et déterminer le pourcentage de réduction souhaité.
Ensuite, à l’aide du curseur de réduction des caractéristiques, sélectionnez le pourcentage de réduction souhaité des entités et faites glisser le petit cercle jusqu’à ce que le pourcentage de réduction affiche un rapport caractéristique/échantillon de 1,25. Cliquez sur le bouton suivant pour accéder à l’onglet Analyse. Sous Sélectionner le répertoire de sortie, cliquez sur le bouton Parcourir et sélectionnez l’emplacement de répertoire souhaité pour stocker les fichiers de sortie générés.
Cliquez sur le bouton Exécuter l’analyse. Lors de l’affichage du message, l’analyse terminée avec succès, cliquez sur le bouton OK dans la fenêtre contextuelle. Ensuite, dans l’onglet Analysis (Analyse), cliquez sur le bouton Browse Networks (Parcourir les réseaux) pour ouvrir les sous-réseaux interactifs en filigrane dans un onglet de navigateur.
Dans la colonne Nom du sous-réseau, cliquez sur le lien Sous-réseau 1. Explorez ensuite le sous-réseau interactif en cliquant sur le bouton plus et zoomez sur la partie du réseau, puis cliquez sur le bouton moins pour effectuer un zoom arrière. Cliquez sur un noeud de groupe et faites-le glisser pour le repositionner dans le sous-réseau.
Cliquez ensuite sur le bouton Développer les entités pour développer tous les noeuds du groupe et passer en revue les composés spécifiques qui composent les noeuds du groupe. Cliquez ensuite sur le bouton Collapse Features (Réduire les entités) pour réduire les noeuds de groupe récemment développés. Ensuite, cliquez sur le bouton Par groupe d’échantillons pour passer d’un seul sous-réseau à plusieurs sous-réseaux divisés par un groupe.
Ensuite, à l’aide de la vue des sous-réseaux, explorez et comparez les groupes. Cliquez sur le bouton Tous les échantillons pour revenir à la vue du sous-réseau unique et cliquez sur le bouton Suivant pour afficher le sous-réseau suivant. Le réseau différentiel construit à l’aide des mesures des métabolites plasmatiques chez les souris diabétiques de type 1 et non diabétiques a révélé un degré plus élevé de connectivité au réseau dans le groupe non diabétique.
Les résultats de l’analyse d’enrichissement ont montré que neuf des 12 modules métaboliques identifiés étaient significativement différents entre les souris diabétiques de type 1 et les souris non diabétiques.
