Pour commencer, assurez-vous que les plaques du scanner sont prêtes avec les nématodes chargés. En général, environ 40 animaux et 200 microlitres de pelouse bactérienne par assiette sont des conditions optimales pour une expérience de longue durée. Commencez l’installation expérimentale en appliquant un nettoyant anti-buée pour vitres des deux côtés des vitres qui supporteront les plaques du scanner.
Appliquez ensuite un traitement protecteur hydrophobe sur le côté du verre qui sera en contact avec les plaques du scanner. Attendez cinq à 10 minutes et enlevez tout résidu sur la vitre. Appliquez de l’éthanol à 70 % pour désinfecter le côté de la vitre qui sera en contact avec les plaques du scanner.
Laissez agir une à deux minutes, puis retirez l’éthanol à l’aide d’un chiffon ou d’une serviette en papier. Pour charger les plaques sur les scanners, placez les tapis en caoutchouc de l’autoclave sur le verre de support de la plaque traitée. Prenez les plaques de scanner utilisées pour l’imagerie avec des nématodes chargés et retirez le couvercle.
Placez les plaques sur des tapis en caoutchouc face à la surface du verre. Débranchez les ventilateurs du scanner pour protéger les doigts de l’expérimentateur pendant le chargement de la plaque. Faites glisser doucement les plaques et les feuilles de verre qui les soutiennent sur la surface du scanner.
Réactivez les ventilateurs du scanner et vérifiez que les ventilateurs avant et latéraux sont alimentés. Allumez les scanners à ce stade. Avant de commencer l’expérience, effectuez les étapes essentielles d’acquisition de pré-image, y compris l’obtention d’une image de capture d’aperçu de l’ensemble de la surface du scanner.
À l’aide de l’interface Web, recherchez la section d’acquisition d’images de la page principale et suivez le lien intitulé Périphériques de capture et serveurs d’images. Dans la boîte de dialogue qui s’ouvre, cliquez sur rechercher de nouveaux périphériques et assurez-vous que chaque scanner connecté au serveur apparaît dans la zone des périphériques de capture d’image. Cochez la case correspondant à chaque scanner contenant des plaques nouvellement chargées, puis cliquez sur le bouton Demander une capture d’aperçu.
Ensuite, dans le navigateur Worm, sélectionnez l’image d’ouverture de fichier, puis choisissez l’image souhaitée pour ouvrir chaque image de capture d’aperçu. Pour chaque image, cliquez pour sélectionner les colonnes correspondant aux régions contenant des plaques. Une fois toutes les images définies, sélectionnez l’acquisition d’images.
Définissez les zones de numérisation, enregistrez les zones de numérisation sélectionnées sur le disque, puis choisissez l’emplacement souhaité pour exporter les spécifications de la région sur le disque. Assemblez un fichier contenant le nom de l’expérience, les emplacements physiques de chaque colonne sur les scanners, la durée totale de l’expérience et la fréquence de capture d’image. Enregistrez-le sous forme de texte et de fichier XML.
Dans le navigateur Worm, cliquez sur acquisition d’images, soumettez le programme d’expérience et choisissez le fichier XML généré. Le navigateur Worm vous demande s’il faut afficher un résumé de la planification ou exécuter l’expérience. Générez un fichier récapitulatif, vérifiez les dates des captures planifiées, l’emplacement, le nom et le nombre de scanners dans le résumé.
Encore une fois, chargez le fichier XML pour la planification de l’expérience comme illustré. Le navigateur du ver vous invite une seconde fois à afficher un résumé de la planification ou à exécuter l’expérience. Cette fois, choisissez d’exécuter le test.
La machine à durée de vie fonctionnera désormais de manière autonome jusqu’à ce que les analyses finales spécifiées dans le calendrier de l’expérience soient terminées. Une fois l’expérience terminée et toutes les étapes d’acquisition d’images et d’affranchissement effectuées, validez manuellement les résultats automatisés à l’aide du navigateur Worm. Dans le menu du navigateur Worm, cliquez sur fichier, sélectionnez l’expérience en cours, puis choisissez l’expérience souhaitée.
Pour générer le storyboard, cliquez sur validation, parcourez l’expérience entière, puis sélectionnez-la immédiatement après la mort de chaque ver. Cliquez avec le bouton droit de la souris sur l’image de l’objet pour exclure les objets autres que des vers du storyboard. Pour exclure simultanément tous les objets d’une page, maintenez la touche Ctrl enfoncée et cliquez avec le bouton droit de la souris sur n’importe quel objet.
Cliquez deux fois avec le bouton droit de la souris pour réinclure un objet exclu dans l’analyse. Pour enregistrer les annotations faites lors de l’annotation du storyboard, cliquez sur le bouton Enregistrer. Cliquez une fois avec le bouton gauche de la souris sur n’importe quel objet de la table de montage séquentiel pour ouvrir une nouvelle fenêtre qui affiche des informations détaillées sur les séries chronologiques de cet objet.
Pour annoter manuellement les heures de décès, cliquez avec le bouton gauche de la souris sur la barre du bas à l’endroit correspondant à l’heure de décès. Utilisez la barre d’espace et les flèches droite ou gauche du clavier pour vous déplacer dans les intervalles de temps ou cliquez directement sur la barre à l’intervalle de temps souhaité. Annotez manuellement les événements de contraction et d’expansion en cliquant avec le bouton droit de la souris sur la barre du bas à la période souhaitée.
Voir les courbes de survie sur le côté gauche et le nuage de points comparant le moment de l’arrêt des mouvements vigoureux au moment de la mort pour chaque individu sur le côté droit du storyboard. Pour générer les heures de mort d’une expérience, dans le navigateur Worm, sélectionnez les fichiers de données, les heures de mort, puis cliquez sur générer les heures de mort pour l’expérience en cours. L’effet de la validation manuelle des données sur les courbes de survie est illustré ici.
Les courbes de survie initiales produites avant l’annotation du storyboard ont été déformées par l’inclusion incorrecte des objets autres que les vers. Après avoir exclu les objets autres que des vers lors de l’annotation manuelle du storyboard, les courbes de survie résultantes affichaient une résolution considérablement améliorée. La représentation graphique montre la durée de vie restante moyenne estimée à différentes étapes de l’analyse post-acquisition d’image, et sa corrélation avec la durée de vie des vers.
Il a été constaté que l’annotation manuelle des heures de décès dans l’analyse du vieillissement comportemental est particulièrement importante chez les vers à longue durée de vie. Dans ce cas, ceux qui ont été exposés aux plus faibles concentrations de bœufs. En conclusion, l’estimation automatisée du temps de mort par la machine de durée de vie est suffisamment précise pour les tests de survie.
Alors que les tests de vieillissement comportemental peuvent bénéficier d’une annotation manuelle.
