Pour commencer, lancez le logiciel 3D Slicer. Pour saisir l’image des sites d’érosion osseuse identifiés, cliquez sur le bouton Data (Données) dans la fenêtre 3D Slicer (Segment 3D). Appuyez ensuite sur Choisir des fichiers pour ajouter et localiser les images individuelles pour ajouter les fichiers.
Pour importer un répertoire entier d’images à la fois, appuyez sur l’option Choisir le répertoire à ajouter, puis recherchez et insérez le répertoire préféré. Ensuite, cliquez sur le menu déroulant de la barre d’outils du segment 3D. Passez le curseur sur les modules d’analyse osseuse et cliquez sur Masque automatique.
Sous l’onglet Étape 2 Masque automatique, choisissez un volume d’entrée dans le menu déroulant du volume d’entrée. Sélectionnez Créer un volume de carte d’étiquettes dans le menu déroulant de segmentation en sortie. Si vous préférez une autre étiquette de sortie, cliquez sur Créer une nouvelle étiquette pour mapper le volume en tant que et indiquez l’étiquette souhaitée.
Saisissez le nombre de structures à masquer dans la zone de texte donnée, puis sélectionnez ORMR ou Dual Threshold dans le menu déroulant de l’algorithme. Cliquez sur Obtenir le masque pour exécuter l’algorithme et afficher un résultat dans le répertoire d’images correspondant. Si l’image contient plusieurs structures, un masque distinct sera enregistré pour chacune d’elles.
Pour importer un masque binaire dans 3D Slicer, copiez les fichiers de masque dans le répertoire load masks situé dans le dossier BAM. Retournez à la fenêtre 3D Slicer et cliquez sur l’onglet Étape 3 Correction manuelle. Pour charger les fichiers de masque et les convertir automatiquement en segmentations de segments, cliquez sur Charger.
Pour apporter des modifications au masque, utilisez les outils fournis dans l’onglet Correction manuelle. Pour lancer l’analyse statistique, cliquez sur le module volume d’érosion dans le menu déroulant de la barre d’outils. Chargez une image et son masque correspondant.
Sélectionnez l’image et le masque d’entrée, créez une segmentation en sortie et placez les points d’amorçage sur l’érosion. Cliquez sur le bouton Obtenir les érosions pour lancer l’algorithme de mesure de l’érosion. Si la taille et la forme des volumes d’érosion détectés automatiquement ne sont pas satisfaisantes, modifiez-les manuellement sous l’onglet Étape 5 Correction manuelle.
Cliquez maintenant sur l’onglet intitulé Étape 6 Statistiques pour exporter les données de l’ordinateur dans un fichier de tableur. Ensuite, saisissez le volume d’érosion dans le menu déroulant intitulé Érosions d’entrée. Indiquez maintenant l’image en niveaux de gris et sa largeur de voxel en millimètres dans la zone de texte du menu du volume principal.
Cliquez sur Obtenir des statistiques pour générer un fichier de feuille de calcul dans le répertoire de données de sortie Erosions situé dans le dossier BAM.
