Avant de lancer l’installation de SCRAP sur la plate-forme Mac OSX, exécutez la commande git dans le terminal pour confirmer l’existence de Git. Pour vérifier l’installation de Miniconda, tapez which conda dans le terminal. Pour installer Miniconda, reportez-vous au fichier Markdown de configuration de la plate-forme sur le référentiel GitHub de Meffert Lab pour obtenir des instructions d’installation sur Windows, Mac OS et Ubuntu Pour les systèmes Mac, à l’aide du gestionnaire de paquets Home Brew, utilisez la commande brew install miniconda pour installer Miniconda.
Pour installer Conda, exécutez conda init, en spécifiant l’interpréteur de commandes utilisé, puis fermez et rouvrez l’interpréteur de commandes. Une installation réussie affiche l’environnement de base activé dans la session de terminal. Ensuite, exécutez le clone git indiqué pour obtenir la dernière copie du code source SCRAP.
Installez Mamba, un solveur de paquets amélioré pour Conda. À l’aide de la commande suivante, installez toutes les dépendances de SCRAP à partir de SCRAP_environment. yml à son propre environnement Conda.
Ensuite, utilisez le script bash indiqué, spécifique à l’organisme dont les interactions avec l’ARNm de l’ARN SNC sont analysées pour SCRAP. Indiquez le répertoire du dossier source SCRAP et effectuez les étapes d’installation à l’aide des fichiers contenus dans les dossiers FASTA et annotation. Assurez-vous que le chemin d’accès au répertoire est complet et se termine par une barre oblique.
Reportez-vous aux tableaux dans Lisez-moi. md pour les abréviations correctes des espèces de miRBase. Pour un génome de référence mis à jour, utilisez l’UCSC Genome Browser ou le NCBI Genome Data Hub.
Inspectez l’annotation species.annotation correspondante. bed dans le répertoire d’annotation du dossier source SCRAP. S’il est nécessaire d’analyser une autre espèce, fournissez un fichier indiqué.
Après avoir installé les dépendances et SCRAP, utilisez le script indiqué pour lancer l’analyse SCRAP avec la structure de commande spécifiée. Répertoriez le chemin d’accès complet aux répertoires d’exemple sans raccourci et formatez les répertoires d’exemple avec le nom de dossier correspondant au nom de l’exemple. Insistez sur le fait que le chemin d’accès répertorié mène au répertoire contenant tous les exemples de dossiers et non à un exemple de dossier ou de fichier individuel.
Ensuite, répertoriez le chemin d’accès complet au fichier de l’adaptateur. Vérifiez que les exemples de noms dans le fichier de l’adaptateur correspondent aux noms de dossiers et de fichiers mentionnés précédemment. Spécifiez le type d’échantillon, extrémité appariée ou extrémité unique, et indiquez le choix des filtres ARN pour les pré-ARNm, les ARNt et, éventuellement, le nettoyage de l’ARN.
Répertoriez le chemin d’accès complet au répertoire de référence. l’abréviation miRBase et l’abréviation du génome de référence.
