Après avoir exécuté SCRAP, utilisez la commande de script indiquée pour effectuer des appels de pointe. Répertoriez les chemins d’accès complets au répertoire contenant les exemples de dossiers et le fichier de l’adaptateur. Ensuite, définissez les critères d’appel de pic, y compris le nombre minimal de lectures de séquençage et le nombre de bibliothèques de séquençage distinctes nécessaires pour qu’un pic soit reconnu.
Indiquez si les pics doivent être alimentés par des ARNsnc de la même famille, ce qui est pertinent pour les miARN qui partagent des séquences de semence et peuvent se lier à des cibles génétiques qui se chevauchent. Ensuite, indiquez le chemin d’accès complet au répertoire de référence, l’abréviation de la base MIR et l’abréviation du génome de référence. Après l’appel de pic, exécutez le script d’annotation de pic.
Indiquez le chemin complet jusqu’aux pics résultants. bed à partir du pic appelant le répertoire de référence et l’espèce souhaitée pour l’annotation. Utilisez samtools merge pour fusionner tous les fichiers bam souhaités afin de faciliter la visualisation combinée.
Ensuite, utilisez le tri samtools pour le tri ligne par ligne des fusionnés. bam. Indexez les éléments triés.
bam à l’aide de l’index samtools, générant un fichier d’index binaire au format samtools requis pour les outils de visualisation génomique. Enfin, dans la visionneuse de génomique intégrative, ouvrez le fichier trié. bam et indexé.
par fichier. L’application d’une version modifiée de SCRAP à des ensembles de données de séquençage précédemment publiés a révélé une diminution des interactions des miARN avec les régions de l’intron. La réduction a été observée après avoir isolé les interactions à haut niveau de confiance par le biais d’appels de pointe avec SCRAP.
