Pour commencer, produisez des cristaux à l’intérieur des plaques NC2. Connectez-vous ensuite au système I-SPY B à l’aide de l’identifiant Diamond Fed fourni et sélectionnez Propositions. Faites défiler la liste ou tapez le numéro de la proposition dans la barre de recherche pour localiser la proposition souhaitée.
Une fois la proposition trouvée, choisissez l’expédition dans le menu déroulant sous le numéro de la proposition. La fenêtre de l’envoi s’ouvrira et affichera tous les envois liés à la proposition. Pour créer un nouvel envoi, cliquez sur Ajouter un envoi situé dans le coin supérieur droit de l’écran et donnez un nom à l’envoi.
Sélectionnez ensuite l’imageur automatisé et cliquez sur le bouton Ajouter un envoi en bas à gauche de l’écran pour confirmer l’envoi. Accédez à la fenêtre d’expédition et cliquez sur plus ajouter un conteneur, ce qui invitera la page d’ajout de conteneur à apparaître. Maintenant, choisissez un type de plaque approprié dans le menu déroulant Type de conteneur.
Entrez un code-barres et le nom du conteneur conformément aux instructions du personnel de la ligne de faisceau pour les plaques expérimentales. Sélectionnez l’imageur VMXi 20 degrés Celsius dans le menu déroulant de l’imageur demandé, puis sélectionnez la planification de l’imagerie de Fibonacci dans le menu déroulant de la planification de l’imagerie. Dans le menu déroulant de l’écran de cristallisation, sélectionnez l’écran de cristallisation.
Choisissez ensuite le nom d’utilisateur correct dans le menu déroulant du propriétaire. Cliquez sur Afficher et saisissez l’adresse de contact exacte dans la boîte e-mail. Entrez les détails de la plaque dans la zone de commentaires.
Sélectionnez l’échantillon pertinent dans le menu déroulant de la protéine et utilisez l’acronyme enregistré dans UAS et approuvé par Diamond dans la proposition expérimentale. Entrez le même nom dans la zone du nom de l’exemple et laissez les autres cases vides. Cliquez sur l’icône de la plaque plus pour répliquer l’échantillon sur l’ensemble de la plaque et remplir l’ensemble du récipient avec des carrés verts.
Cliquez sur ajouter un conteneur au bas de la page pour enregistrer la plaque. Transférez la plaque vers l’imageur approprié où elle sera stockée et imagée. Une visite sera générée lorsque le conteneur sera stocké dans l’imageur, et l’utilisateur recevra un e-mail avec un lien vers la plaque et ses images.
Pour afficher les résultats de l’imagerie, accédez à la proposition qui vous intéresse. Sélectionnez des conteneurs dans le menu déroulant sous le numéro de la proposition et affichez la liste des conteneurs disponibles. Sélectionnez le filtre, les plaques, si d’autres types de porte-échantillons sont présents.
Pour affiner la recherche, utilisez l’option Mon conteneur pour afficher uniquement les conteneurs pertinents associés à l’ID utilisateur actuel. Placez le curseur sur la ligne et cliquez avec le bouton gauche de la souris pour sélectionner le conteneur souhaité. Ensuite, une nouvelle fenêtre montrant une vue d’ensemble de la plaque apparaîtra.
Sélectionnez une goutte sur le côté gauche de la représentation de la plaque pour afficher son image récente. Naviguez entre les gouttes à l’aide des touches fléchées ou sélectionnez-les individuellement à l’aide d’une souris ou d’un curseur. Pour ajouter manuellement des points pour la collecte de données, appuyez sur le bouton de point de repère plus.
Positionnez le curseur sur le point d’intérêt souhaité. Faites la sélection et attendez qu’une croix rouge apparaisse. Une fois que tous les points sont marqués, cliquez sur le bouton plus terminer.
Cliquez sur le bouton de marque plus pour ajouter des régions pour la collecte de données avec des balayages de grille. Cliquez sur le point en haut à gauche, faites-le glisser vers le bas vers la droite pour créer une région qui sera balayée sur la ligne de faisceau. Cliquez sur le bouton plus terminer une fois que toutes les régions souhaitées sont établies.
Recherchez les croix bleues sur les images de goutte, qui représentent des objets cristallins localisés automatiquement par CHIMP. Pour afficher l’évaluation CHIMP des gouttes de cristallisation, cochez la case Afficher les scores automatiques et choisissez Crystal dans le menu déroulant de la classe. Lorsque tous les points et régions ont été marqués dans le respect des gouttes, cliquez sur le bouton Préparer la collecte de données au bas de la page.
Passez en revue la liste des échantillons présélectionnés ou identifiés automatiquement. Pour ajouter des points ou des régions individuels, appuyez sur le bouton Plus ou cliquez sur le bouton Ajouter la page actuelle à la file d’attente pour ajouter tous les échantillons affichés. Cliquez ensuite sur le filtre de points et cochez la case Sélectionner tout pour appliquer les mêmes paramètres à tous les échantillons de la liste d’échantillons en file d’attente actuelle.
Utilisez des filtres pour le point, la région, le manuel et l’auto. Pour les régions, choisissez le balayage de la grille, les pas de 10 microns du multimètre numérique, la transmission à 100 %. Pour les autres expériences ponctuelles, sélectionnez les options appropriées dans le menu déroulant.
Pour la collecte de données d’oscillation, sélectionnez un multimètre numérique à balayage oméga de 10 degrés, 10 % de transmission pour maximiser la collecte de données. Après avoir sélectionné les paramètres expérimentaux corrects pour tous les échantillons, cliquez sur le bouton du conteneur de file d’attente. Une fois que la plaque atteint le haut de la file d’attente, elle sera présentée à la ligne de faisceau pour la collecte de données, puis renvoyée au stockage des échantillons.
Recherchez ensuite un e-mail avec un lien pour accéder aux données pertinentes. Sélectionnez exemple de gestion des groupes dans le menu déroulant sous le numéro de la proposition, puis recherchez une liste de groupes si d’autres utilisateurs les ont déjà créés. Pour générer un nouveau groupe, cliquez sur le bouton Plus Créer un exemple de groupe.
Cliquez sur un envoi dans le menu déroulant de la page Créer un exemple de groupe pour afficher la visionneuse d’échantillons. Une fois que vous avez cliqué sur un conteneur, recherchez un graphique montrant la vue d’ensemble de la plaque. Cliquez sur le dépôt individuel ou sur la ligne, la lettre ou le numéro de colonne correspondant.
Après avoir sélectionné tous les puits associés à un groupe individuel, entrez un nom pour le groupe dans la zone Nom du groupe d’échantillons, puis cliquez sur le bouton Enregistrer le groupe d’échantillons. Cliquez sur le bouton Afficher le groupe d’échantillons sur cette page pour revenir à la liste des groupes d’échantillons déjà générés associés à la proposition et poursuivre le traitement des données.
