Pour commencer, ouvrez un navigateur Web et accédez au lien permettant d’accéder à la fonctionnalité d’analyse des voies articulaires sur le site Web de MetaboAnalyst. Accédez au dossier dans lequel sont enregistrés les fichiers de sortie de l’implémentation de DeepOmicsAE et ouvrez les fichiers texte nommés module_n. txt pour chaque module de signalisation généré.
À partir des fichiers texte, localisez la liste des protéines et copiez-les. Sur la page Web MetaboAnalyst, collez la liste des protéines copiées dans la fenêtre des protéines du gène avec des changements de pliage facultatifs. Répétez l’opération pour les métabolites, en les collant dans la liste des composés avec une fenêtre facultative de changement de pli sur la même page Web.
Choisissez l’organisme concerné et le type d’identification. Ensuite, soumettez les informations en cliquant sur Soumettre en bas de la page. Sur la page suivante, vérifiez le mappage d’ID pour vous assurer que les identificateurs sont correctement reconnus, puis cliquez sur Continuer.
Dans la page Paramétrage, sélectionnez Voies métaboliques intégrées ou Toutes les voies intégrées pour visualiser la contribution de l’entrée aux voies métaboliques ou à toutes les voies de signalisation. Dans le panneau Sélection de l’algorithme, choisissez Analyse d’enrichissement, Test hypergéométrique ; Mesure de topologie, Centralité de degré ; et Méthode d’intégration, Combiner p valeurs au niveau de la voie. Cliquez sur Soumettre en bas de la page.
La dernière page, Vue des résultats, affichera les résultats de l’analyse d’enrichissement. Cela comprend des tracés de parcours enrichis en fonction de leur impact et de leur importance et une liste tabulaire de parcours. L’interprétation MetaboAnalyst des modules de signalisation obtenus lors de l’étude DeepOmicsAE sur un ensemble de données provenant d’échantillons cérébraux de patients sains ou atteints de la maladie d’Alzheimer a révélé que pour chaque module de signalisation, des voies métaboliques et de signalisation distinctes étaient enrichies.
De plus, la caractérisation des interactions entre les caractéristiques cliniques et les modules de signalisation a montré que l’altération du métabolisme des glycérolipides chez les patients atteints de la maladie d’Alzheimer était associée à leur sexe et à leur âge au décès. À l’inverse, les altérations des synapses et de la fonctionnalité axonale ont tendance à se produire chez les patients atteints de la maladie d’Alzheimer, quels que soient leur sexe, leur niveau d’éducation et leur longévité.
