Pour commencer, ouvrez le logiciel d’analyse de données. Dans le coin supérieur gauche, cliquez sur le bouton Fichier et sélectionnez Ouvrir. Pour sélectionner les fichiers de votre choix, faites un clic droit sur le nom du fichier et sélectionnez propriétés.
Sélectionnez ensuite l’état de l’étalonnage. Dans la liste déroulante, sélectionnez étalonnage interne du spectromètre de masse. Assurez-vous que toutes les erreurs sont inférieures à une pièce par million.
Ensuite, sélectionnez l’étalonnage de la mobilité interne et vérifiez que l’erreur est inférieure à une pièce par million. Ensuite, faites un clic droit sur le chromatogramme et sélectionnez Modifier le chromatogramme. Au moment de taper, cliquez sur la liste déroulante et sélectionnez Chromatogramme ionique extrait.
Sous Filtre, sélectionnez tous les MS et, en mode de balayage, sélectionnez tout pour afficher les pics de la molécule d’intérêt plutôt que seulement ses fragments. Il existe deux options de filtrage pour la sélection des molécules, les masses ou la formule. Si les masses sont sélectionnées, choisissez le M théorique sur Z de la molécule d’intérêt, qui dans ce cas est 829,7985.
Si la formule est sélectionnée, choisissez la formule de la molécule et des formes ioniques d’intérêt, qui dans ce cas est l’ammonium. Pour width, sélectionnez plus ou moins un. Pour la polarité, assurez-vous qu’il maintient le mode positif.
Sous mobilité, sélectionnez 1,455 à 1,465 pour isoler la molécule d’intérêt et filtrer les molécules qui ne correspondent pas à ces valeurs. Une fois les paramètres sélectionnés, cliquez sur modifier suivi de OK en haut à droite. Après un court laps de temps, le logiciel traitera les sélections et produira un chromatogramme.
Faites un clic droit sur la ligne de base de l’origine du pic d’intérêt et faites glisser tout en maintenant le bouton enfoncé jusqu’à la fin du pic pour obtenir un spectre de masse en direct de fragments dans ce temps de rétention. Faites un clic droit à gauche de l’écran sur le mobilogramme et sélectionnez modifier le mobilogramme. Une fenêtre nommée Modifier les traces du mobilogramme apparaîtra.
Suivez les étapes décrites précédemment. Pour Durée de rétention, saisissez la durée de rétention du pic d’intérêt. Une fois les paramètres sélectionnés, cliquez sur ajouter, et OK en haut à droite.
Attendez que le logiciel traite les sélections et produise un chromatogramme. Pour l’extraction des ions, répétez les étapes décrites précédemment jusqu’à ce qu’une liste d’ions soit formée. En bas de la fenêtre MS, sélectionnez profil MS et fragmenter MS pour permettre une vue spectrale des ions à partir d’un balayage complet et passif.
Pour la vue spectrale, cliquez avec le bouton droit de la souris et sélectionnez Copier les spectres composés. Les données spectrales qui apparaissent à droite peuvent fournir plus d’informations sur le composé, telles que la résolution, le pouvoir de résolution, l’intensité et le rapport signal/bruit. Pour traiter les données, intégrez manuellement le chromatogramme et les pics de mobilité afin d’obtenir des informations précieuses sur la molécule d’intérêt.
Cliquez avec le bouton droit de la souris pour trouver et sélectionner manuellement les composés, chromatogramme ou mobilogramme. Faites un clic gauche et mettez en surbrillance le pic souhaité. Les informations obtenues comprennent le temps de rétention, la surface, le rapport signal/bruit et la mobilité.
