Pour commencer, lancez le logiciel de traitement d’image, sélectionnez fichier, puis ouvrez les données et choisissez les images numérisées par micro-tomodensitométrie précédemment générées au format BMP point. Lorsque la fenêtre des paramètres de lecture de l’image s’ouvre, confirmez les paramètres et acceptez s’ils sont corrects. Dans le panneau principal, cliquez sur la vue du projet pour localiser un nouvel objet créé avec le nom du fichier BMP à points.
Faites un clic droit sur l’objet créé et sélectionnez l’option ortho slice, puis cliquez sur créer. Sous Propriétés, sélectionnez le plan d’orientation et le numéro de tranche à afficher. Pour obtenir des volumes 3D de la tête complète dans le panneau principal, accédez à la vue projet, cliquez avec le bouton droit de la souris sur l’objet image, sélectionnez l’option de seuillage interactif, puis cliquez sur créer.
Sous Propriétés, modifiez les valeurs du seuil RVB minimum et du seuil RVB maximum jusqu’à ce que la partie de l’image correspondant à la tête de l’animal soit sélectionnée. Sélectionnez ensuite appliquer. Cliquez avec le bouton droit de la souris sur l’objet de seuil créé sous la vue du projet.
Dans Propriétés, sélectionnez isosurface, choisissez un seuil pour visualiser la surface, puis cliquez sur Appliquer. Pour numériser les repères, faites un clic droit sur la vue du projet, sélectionnez créer un objet, puis sélectionnez des points et des lignes suivis de repères, puis cliquez sur créer. Cliquez ensuite avec le bouton droit de la souris sur les nouveaux repères d’objet.
Sélectionnez la vue de point de repère et cliquez sur créer. Sous taille, modifiez la taille du point. Pour ajouter des points de repère dans les propriétés, en mode d’édition, sélectionnez ajouter.
Numérisez cinq points également répartis autour des courbes jusqu’au prochain point de repère à l’intersection du cortex du mésencéphale, puis numérisez huit semi-points de repère autour du cortex. Pour enregistrer les points numérisés, cliquez avec le bouton droit de la souris sur les points de repère de l’objet et choisissez Enregistrer les données. Pour segmenter le cerveau, cliquez avec le bouton droit de la souris sur la vue du projet, puis créez un objet, sélectionnez des images et des champs, puis étiquetez le champ.
Cliquez sur créer. Sélectionnez l’objet de champ d’étiquette et appuyez sur l’option de l’éditeur de segmentation dans les propriétés. Sous matériaux, ajoutez un nouveau matériau et renommez-le en cerveau.
Sous sélection, choisissez la tranche actuelle pour segmenter le tissu correspondant au cerveau dans chaque tranche. Dans les outils, utilisez la baguette magique et le pinceau pour sélectionner le tissu cérébral dans chaque tranche. Ensuite, sous sélection, appuyez sur ajouter.
Revenez maintenant à la vue du projet, faites un clic droit sur le champ d’étiquette et sélectionnez générer une surface, puis cliquez sur Appliquer. Une fois la surface obtenue, appliquez la surface d’extraction pour l’exporter. Avec la micro-tomodensitométrie, malgré la petite taille du cerveau des souris nouveau-nées, les structures anatomiques telles que les bulbes olfactifs, le cortex, le mésencéphale, le cervelet et le cerveau postérieur peuvent être distinguées.
La segmentation manuelle de l’ensemble du cerveau a abouti à la reconstruction du modèle 3D du cerveau des nouveau-nés.
