Culture in vitro d’un échantillon de sédiments environnementaux pour la croissance de micro-organismes anaérobies

Pour commencer, disposez une bouteille stérile d’azote bouchée et les bouteilles de culture, ainsi qu’une bouteille de prélèvement d’échantillons. Versez de l’éthanol à 100 % sur les bouchons et mettez-y le feu à l’aide d’un briquet. Une fois que les bouchons ne sont plus en feu, insérez une seringue d’un millilitre munie d’une aiguille de calibre 23 dans la bouteille d’azote et aspirez environ un millilitre d’azote.

Extrayez l’aiguille et appuyez lentement sur le piston pour libérer l’azote. Insérez immédiatement l’aiguille dans le flacon de prélèvement et prélevez 0,5 millilitre de l’échantillon environnemental. Inoculer l’échantillon prélevé dans le flacon de culture contenant le milieu.

Faites tourner doucement le flacon et placez-le dans un incubateur à la température souhaitée. Le nombre de cellules directes avant l’inoculation était souvent inférieur à la limite de détection. Après l’inoculation, le nombre de cellules a augmenté de plus de 10 millions de cellules par millilitre aux jours 30, 37 et 44.

Bien que le nombre de cellules ait été inférieur à la limite de détection avant l’ajout de l’inoculum, le NGS a indiqué une présence basale de micro-organismes pré-inoculum dans les sédiments et le genre principal geobacillus était stable aux jours huit, 15 et 22. Après l’inoculation de l’inoculum BLM-1 au jour 23, les géobacilles n’ont plus dominé et de nouveaux genres majeurs sont apparus avec une multitude de genres mineurs.