1 Pour commencer, lancez le logiciel Cytoscape 3.9.12 sur le bureau et importez le fichier tsv 3 contenant les protéines centrales de l’eczéma anus. 4 Cliquez sur la barre de style dans le panneau de configuration 5 pour optimiser la couleur, la police et la taille des nœuds du réseau. 6 Pour l’analyse de la topologie du réseau, 7 utilisez la fonction d’analyse du réseau.
8 Pour obtenir des gènes pivots, utilisez CytoHubba 9 et établissez le réseau cible de la maladie composant médicamenteuse. 10 Ouvrez le site Web Metascape. 11 Sélectionnez un fichier ou collez une liste de gènes dans la boîte de dialogue 12 et cliquez sur le bouton Envoyer.
13 Sélectionnez ensuite H.sapiens à la fois dans l’entrée en tant qu’espèce 14 et l’analyse en tant qu’espèce, 15 et activez la fonction d’analyse personnalisée. 16 Dans l’option d’enrichissement, 17 sélectionnez les fonctions moléculaires GO, les processus biologiques GO, les composants cellulaires 18 GO et la base de données KEGG Pathway. 19 Cochez la case Choisir des grappes GO sélectives, 20 et cliquez sur le bouton d’analyse d’enrichissement.
21 Une fois la barre de progression terminée, 22 lancez une page de rapport d’analyse et cliquez sur 23 pour récupérer les résultats de l’enrichissement. 24 Ouvrez l’outil GEO2R pour rechercher 25 et analyser la base de données des puces génétiques GEO. 26 Ouvrez le site Web de la base de données GEO.
27 Entrez ensuite le mot-clé ou l’acquisition GEO 28 et cliquez sur le bouton de recherche. 29 Sélectionnez le résultat le mieux adapté, 30 et trouvez la série de référence. 31 Sur le site Web de l’outil GEO2R, 32 entrez la série de référence dans la case d’accession GEO 33 et cliquez sur le bouton de réglage.
34 Sélectionnez la dermatite atopique comme groupe expérimental 35 et le contrôle non atopique comme groupe témoin. 36 Cliquez sur le bouton d’analyse et attendez que les résultats apparaissent. 37 Analyses d’enrichissement KEGG et GO de 59 cibles clés 38 ont identifié 218 voies et plus de 3 000 processus biologiques, 39 mettant en évidence des voies significatives dans les ODD et l’eczéma anal.
L’analyse des processus biologiques, de la composition cellulaire 41 et de la fonction moléculaire 42 a mis l’accent sur les cibles communes dans les SDG et l’eczéma anal. 43 Les fonctions biologiques pertinentes comprenaient la phosphorylation de la peptidyl-tyrosine 44 et la régulation de l’adhésion cellule-cellule.
