1 Pour commencer, 2 ouvrez la base de données de pharmacologie des systèmes de médecine traditionnelle chinoise. 4 À l’aide de la boîte de recherche des noms chimiques, 5 recherchez les noms d’ingrédients sélectionnés 6 pour télécharger les fichiers de structure 3D correspondants 7 au format Mol2. 8 Pour télécharger les structures cristallines des cibles clés, 9 ouvrez la base de données RCSB Protein.
10 Dans la zone de recherche, 11 recherchez les noms des cibles 12 et téléchargez les 13 fichiers de structure cristalline correspondants au format PDB. 14 Importer les ingrédients et les fichiers de structure cibles 15 dans le logiciel d’analyse. 16 Cliquez sur Modifier, puis sur Supprimer l’eau pour supprimer les molécules d’eau.
17 Pour ajouter des hydrogènes, cliquez sur Modifier, Hydrogènes et Ajouter. 18 Définissez les ingrédients comme ligand. 19 Sélectionnez des cibles entières comme récepteur 20 et effectuez un amarrage à l’aveugle.
21 Pour déterminer la plage d’amarrage moléculaire, 22 sélectionnez le récepteur et le ligand dans l’ordre. 23 Cliquez sur Grille, puis sur Boîte de grille pour ajuster la boîte de grille 24 pour inclure l’ensemble du modèle. 25 Cliquez sur Fichier et Fermer pour enregistrer l’état actuel de la boîte de grille 26 et enregistrer les fichiers au format GPF.
27 Cliquez maintenant sur Exécuter et Exécuter la grille automatique quatre, 28 cliquez sur Nom du fichier de paramètres et Parcourir 29 pour sélectionner le fichier GFP. 30 Cliquez ensuite sur le bouton Lancer. 31 Pour l’amarrage moléculaire, 32 ouvrez le doc automatique quatre et cliquez sur docking, Macromolecule, 33 et définissez le nom de fichier rigide pour sélectionner le récepteur.
34 Cliquez ensuite sur Docking, Ligand et ouvrez, 35 ou choisissez de sélectionner le ligand. 36 Cliquez maintenant sur Docking 37 et Search Parameters pour définir les algorithmes de fonctionnement. 38 Cliquez ensuite sur Ancrage et Paramètres d’ancrage 39 pour définir les paramètres d’ancrage.
40 Sélectionnez le fichier DPF et cliquez sur le bouton de lancement. 41 Enregistrez les fichiers au format DPF. 42 Cliquez sur Analyser, Amarrage, 43 et ouvrez pour sélectionner le fichier DLG.
44 Cliquez ensuite sur Analyser et Macromolécule 45 pour ouvrir le récepteur. 46 Cliquez maintenant sur Analyser, Confirmations et Jouer, 47 classés par énergie pour analyser les résultats. 48 Enfin, cliquez sur Set Play, 49 et write complex pour enregistrer les résultats au format PDBQT.
50 Importez les fichiers d’ancrage dans PyMOLE, 51 puis sélectionnez le ligand et cliquez sur Action, Rechercher, 52 Contrats polaires et vers d’autres atomes et objet 53 pour afficher les liaisons hydrogène entre les ligands 54 et l’environnement externe. 55 Cliquez sur la lettre C pour changer de couleur. 56 Cliquez sur Action et Extraire l’objet.
57 Cliquez sur Afficher, puis sur Bâtons, 58 pour montrer la structure du bâton du récepteur, 59 Identifiez les résidus connectés aux ligands 60 et montrez la structure du bâton. 61 Cliquez ensuite sur Assistant et Mesure 62 et cliquez sur deux atomes en séquence. 63 Cliquez sur Étiquette puis sur Résidu pour afficher l’étiquette des résidus.
64 Si nécessaire, ajustez la couleur et la transparence de l’arrière-plan. 65 Enfin, cliquez sur Fichier, puis sur Exporter l’image sous 66 pour enregistrer l’image. 67 Dans le groupe de la dermatite atopique, l’analyse de la base de données 68 GEO a révélé une régulation positive 69 de P-P-A-R-G, E-G-F-R, T-N-F 70 et P-T-P-R-C MMP Nine, MAPK 14, 71 et CASP Three étaient régulées à la baisse.
72 L’analyse de l’amarrage a confirmé l’interaction 73 entre les composants actifs de SDG 74 et les protéines cibles potentielles 75, indiquant leur rôle significatif dans le traitement de l’eczéma anal. 76 L’indigo et la berberrubine ont démontré une forte activité de liaison 77 avec une énergie inférieure à moins cinq kilocalories par MOL, 78 soulignant leur potentiel thérapeutique.
