Pour commencer, téléchargez les structures cristallines de Xanthatin et Keap1. Après avoir traité les structures, naviguez dans deux tâches et sélectionnez l’option d’amarrage des ligands. Choisissez la grille réceptrice à partir du fichier et cliquez sur Parcourir.
Cliquez ensuite sur Bureau, ouvrez le dossier d’amarrage moléculaire et double-cliquez sur le fichier 2FLU de glide-grid. Sélectionnez le fichier zip 2FLU et cliquez sur Ouvrir. Maintenant, cliquez sur utiliser les ligands des fichiers.
Cliquez ensuite sur Parcourir et sélectionnez Bureau. Sélectionnez le dossier d’ancrage moléculaire et ouvrez le fichier ligprep_1. Après cela, sélectionnez le fichier ligprep_1-out-maegz et cliquez sur Ouvrir.
Accédez aux paramètres et choisissez la précision comme XP, précision supplémentaire, option. Modifiez le nom de la tâche pour qu’elle glisse. xp2flu, puis cliquez sur Exécuter.
Pour afficher les résultats de l’ancrage, cliquez sur Fichier et sélectionnez Options d’importation des structures. Accédez au bureau et ouvrez le dossier d’amarrage moléculaire. Ensuite, sélectionnez le fichier glide-dock XP 2FLU.
Choisissez le dock de glissement XP 1 pv. maegz et cliquez sur Ouvrir. Double-cliquez ensuite sur le point dans l’espace de travail pour sélectionner le ligand.
Choisissez sitemap_1_protein. Cliquez sur Tableau et faites glisser vers l’extrême droite pour afficher le score d’ancrage. Pour visualiser les résultats 2D, sélectionnez-sitemap_1_protein comme indiqué précédemment.
Cliquez sur Interaction avec le ligand, sélectionnez Afficher et cochez la case de légende LID. Cliquez ensuite sur Fichier, choisissez Enregistrer la capture d’écran et saisissez 6 000 pour la largeur. Décochez la case Arrière-plan transparent et cliquez sur OK. Enregistrez le fichier sur le bureau sous le nom 2D-xanthatin-2FLU.
L’analyse de l’amarrage moléculaire a prédit l’interaction entre la xanthatine et la protéine Keap1.
