Commencez par télécharger la structure du complexe protéine-protéine. Pour cela, rendez-vous sur la page d’accueil de la banque de données sur les protéines et entrez l’ID PDB dans le champ de recherche principal. Sur la page principale de la structure, cliquez sur télécharger les fichiers, puis sur l’assemblage biologique 1 pour télécharger les fichiers au format PDB-gz.
Ouvrez la structure téléchargée dans UCSF Chimera. Accédez aux outils, puis à structure/édition, puis cliquez sur Modifier les ID de chaîne. Renommez la deuxième chaîne, initialement étiquetée A à B.Ensuite, cliquez sur favoris, puis sur le panneau de modèle.
Sélectionnez le modèle avec les deux chaînes, puis cliquez sur le bouton grouper/dissocier pour séparer chaque chaîne en un modèle différent. Ensuite, sélectionnez les deux modèles et cliquez sur le bouton copier/combiner. Entrez un nouveau nom pour le modèle combiné, cochez la case Fermer les modèles source, puis cliquez sur OK.
Cliquez sur sélectionner, puis chaîner, et confirmez que les chaînes du dimère sont maintenant identifiées comme A et B.Cliquez sur fichier, et enregistrez PDB pour enregistrer la structure modifiée en tant que nouveau fichier PDB. Pour identifier le segment cible dans la protéine ligand, accédez au serveur BUDE Alanine Scan. Cliquez sur le bouton Choisir un fichier sous structurer, télécharger et télécharger le fichier PDB enregistré.
Sur la page suivante, vérifiez que la structure a été correctement chargée et entrez un nom pour le travail sur le serveur. Définissez les chaînes A comme récepteur et B comme ligand, puis cliquez sur le bouton de démarrage de l’analyse pour soumettre le travail. Une fois le travail terminé, cliquez sur afficher les résultats pour ouvrir la page des résultats.
Dans la liste des résidus, sélectionnez le tronçon de résidus prévu pour mieux interagir avec la surface de liaison cible. À l’aide de ce protocole, un segment d’acide aminé interagissant avec la surface de liaison d’IRF5 a été prédit. En utilisant la mutagenèse computationnelle à balayage de l’alanine, un segment de 13 acides aminés a été prédit des positions 424 à 436, le motif PLXIS commençant à l’arginine 432.
