Pour commencer, préparez l’interface du peptide protéique pour la diversification des séquences. Ouvrez le fichier PDB dans chimera et assurez-vous que la structure des sous-unités cibles est intacte, sans atomes ou liaisons manquants. Pour supprimer toutes les molécules non essentielles de la structure, cliquez sur Sélectionner, puis sur Résidu, puis sélectionnez toutes les molécules autres que les acides aminés standard.
Cliquez ensuite sur Actions suivies d’Atomes/Liaisons et supprimez. Ensuite, cliquez sur Favoris et Séquence, puis cliquez sur la chaîne considérée comme le ligand. Recadrez la chaîne de ligands jusqu’au segment en interaction identifié en supprimant tous les résidus sauf ceux entre les positions sélectionnées.
Cliquez sur Fichier et enregistrer la base de données pluggable pour enregistrer la structure modifiée dans un autre fichier de base de données pluggable. Copiez ce fichier dans un emplacement Linux accessible par les applications Rosetta. Utilisez l’application PDB fixe de Rosetta pour effectuer un reconditionnement de toutes les chaînes latérales d’acides aminés de la structure de base avant la diversification de la séquence en exécutant cette commande.
Ensuite, renommez le fichier PDB recompressé avec le suffixe de soulignement repack à l’aide de la commande suivante. Ensuite, exécutez pepspec en mode conception pour effectuer la diversification de séquence à l’aide de cette commande. Ensuite, générez un pwm à l’aide de l’gen_pepspec_pwm.
py script inclus dans la suite Rosetta. Pour exécuter ce script, utilisez la commande suivante. Pour créer un logo de séquence, ouvrez le fichier contenant les séquences peptidiques générées à l’étape précédente avec l’éditeur de texte préféré et copiez toutes les séquences.
Accédez au serveur de logo Web et collez les séquences dans la zone de texte Alignement de plusieurs séquences. Choisissez le format et la taille du logo en fonction de la longueur d’entrée et cliquez sur créer un logo. À l’aide de ce protocole, les préférences en acides aminés ont été prédites pour le motif pLxIS conservé dans la surface de liaison d’IRF5.
La position, la matrice pondérale et le logo de séquence générés lors de la diversification des séquences ont montré une préférence pour le glutamate à la position 432 et pour la leucine et l’isoleucine aux positions 433 et 435. Les positions 427, 429 et 436 généralement occupées par la sérine ont montré une préférence plus élevée pour l’aspartate et le glutamate, mettant en évidence le rôle de la phosphorylation et de la dimérisation de l’IRF5. La position 425 a montré une forte préférence pour la sérine, suggérant son implication dans l’interaction protéine-protéine sous sa forme non phosphorylée.
