Pour configurer l’environnement d’accélération GPU, ouvrez le terminal et entrez la commande nvidia-smi. Vérifiez que la commande affiche correctement toutes les informations sur la carte GPU et que la version de CUDA est supérieure à 10.2. Exécutez ensuite la commande conda V pour confirmer l’installation de Conda.
Entrez la commande suivante. Pour configurer l’environnement virtuel et patienter quelques minutes jusqu’à ce que l’environnement soit correctement configuré. Exécutez la commande conda activate CRYOSIEVE_ENV.
pour activer l’environnement virtuel nouvellement créé. Pour installer CryoSieve, exécutez la commande pip install cryosieve. Après l’installation, entrez la commande cryosieve h pour vous assurer que les informations d’aide s’affichent correctement.
À partir d’EMPIAR, téléchargez l’ensemble de données de la pile finale EMPIAR-10097. Ouvrez GitHub puis téléchargez le fichier étoile et le masque. MRC et l’initiale.
Modèle MRC. Placez tous ces fichiers dans un dossier. Ouvrez le terminal et utilisez la commande cd file path pour accéder au dossier contenant l’ensemble de données.
Entrez ensuite la commande conda activate CRYOSIEVE_ENV pour activer l’environnement Conda. Utilisez la commande suivante. Pour démarrer le tamisage des particules, surveillez l’affichage du terminal pour les journaux de sortie pour chaque itération.
Entrez la commande indiquée pour imprimer les résultats de résolution pour les 10 itérations de tamisage. L’empilement de particules filtré dans la septième itération a la résolution la plus élevée, le moins de particules affichant le résultat optimal. Pour importer des particules tamisées, ouvrez l’interface Web de CryoSPARC.
Entrez dans un espace de travail et cliquez sur le bouton constructeur en haut à droite du panneau. Sélectionnez ensuite et cliquez sur l’option d’importation de la pile de particules. Dans la section des paramètres du panneau d’importation de la pile de particules, spécifiez le méta-chemin de la particule comme _.
nstar du dossier de sortie et du chemin d’accès aux données de particules vers le dossier contenant le fichier MRCS. Cliquez sur le bouton File d’attente (File d’attente) suivi du bouton File d’attente (File d’attente) pour lancer le processus. Dans le panneau supérieur droit de CryoSPARC, cliquez sur le bouton constructeur, puis sélectionnez et cliquez sur l’option Importer des volumes 3D.
Spécifiez le chemin d’accès aux données du volume comme initial. MRC. Cliquez sur le bouton File d’attente (File d’attente) suivi du bouton File d’attente (File d’attente) pour lancer le processus.
Encore une fois, cliquez sur le bouton du constructeur et sélectionnez l’option Raffinement homogène. Dans le panneau principal de gauche, ouvrez la tâche d’importation de la pile de particules de la quatrième itération. Faites glisser le module de particules importé depuis le côté droit du panneau principal et déposez-le dans la section Piles de particules du constructeur.
Cliquez sur le X rouge pour fermer la tâche d’importation de la pile de particules. Ouvrez la tâche d’importation de volumes 3D. Faites glisser le module de volumes importés depuis le côté droit du panneau principal et déposez-le dans la section de volume initiale du constructeur.
Dans le dossier Parameters, recherchez l’option de symétrie et définissez-la sur C3. Recherchez et désactivez l’option Forcer la réexécution du fractionnement GS. Cliquez sur le bouton File d’attente JOb puis sur le bouton File d’attente pour lancer l’affinement homogène. Une fois toutes les tâches terminées, examinez les résultats et confirmez que la pile de particules filtrée lors de la sixième itération a fourni le résultat optimal.
Le modèle pour cartographier et demi-cartographier les courbes de corrélation de la coquille de Fourier des cartes de densité reconstruites pour l’ensemble de données sur le trimère de l’hémagglutinine de la grippe avant et après la méthode sont présentées. Des cartes de densité brutes et nettes ont également été comparées au niveau de contour équivalent appliqué. L’amélioration des cartes de densité reconstruites est évidente à partir de la comparaison des chaînes latérales dans les cartes nettes.
Après avoir éliminé la majorité des particules de la pile finale, le facteur B de Rosenthal Henderson est passé de 226,9 angström carré à 146,2 angström carré. Des paramètres tels que la résolution locale, le facteur B local et RESLOG ont indiqué que CryoSieve améliore à la fois la qualité des cartes de densité et de la particule.
