Séquençage et identification du microbiobiote multi-espèces à partir d’échantillons de rhizosphère

Pour commencer, établissez un biofilm de rhizosphère multi-espèces, et obtenez la suspension cellulaire du microbiote. Mélangez un milieu de bouillon de soja triptyque avec un minimum de sels de glycérol et de glutamate dans un rapport de un à un. Incuber la suspension cellulaire dans le milieu à 30 degrés Celsius pendant la nuit pour activer les bactéries.

Placez des filtres à cellules en nylon de 100 micromètres sur une plaque de 24 puits. Inoculez la suspension bactérienne en trois répétitions et cultivez le biofilm pelliculaire pendant 36 heures à 30 degrés Celsius. Retirez le filtre contenant le biofilm pelliculaire et ajoutez deux millilitres de tampon PBSS à une nouvelle plaque cellulaire de 24 puits.

Placez le filtre dans la plaque pour laver le biofilm et retirer les cellules libres. Après l’identification et la culture des cinq principales espèces dans le biofilm, incuber les 31 combinaisons de communautés synthétiques dans le milieu. À la suite de la procédure mentionnée, des gradients significatifs de la capacité de formation de biofilms à partir du microbiote du sol de la rhizosphère du concombre ont été observés.

Le séquençage de l’amplicon du biofilm a confirmé la présence de diverses espèces dans la pellicule.