אזור המקדם האיקריוטי הוא מקטע של DNA הממוקם במעלה הזרם של גן. הוא מכיל אתר קשירת RNA פולימראז, אתר התחלת שעתוק, וכמה רצפים cis-regulatory . אזור המקדם הפרוקסימלי ממוקם בקרבת הגן ויש לו רצפים cis-regulatory ואת מקדם הליבה. מקדם הליבה הוא אתר הקישור של RNA פולימראז והוא ממוקם בדרך כלל בין -35 ל +35 נוקלאוטידים מאתר התחלת השעתוק. אזורי המקדם הדיסטלי הם רצפים מווסתים סיס, במרחק אלפי זוגות בסיסים מגן. אורכו של אזור מקדם יכול להשתנות באופן משמעותי מגן לגן.

מקדם הליבה מכיל מוטיבים אופייניים שבהם גורמי שעתוק כלליים יכולים לקשור ולגייס RNA פולימראז. תיבת TATA היא מוטיב הממוקם 25-30 זוגות בסיסים במעלה הזרם מאתר התחלת התמלול. הוא גמיש יותר ופחות יציב מבחינה תרמודינמית ממוטיבים מקדמים אחרים בשל תכולת ה- A-T הגבוהה שלו, המאפשרת קשירה יעילה של מכונות התמלול. הוא נמצא בגנים הדורשים רמות ביטוי גבוהות בתנאים מסוימים, כגון אותם גנים המעורבים בהתמיינות תאים. תיבת TATA מוקפת לעתים קרובות על ידי קבוצה של מוטיבים נוקלאוטידים קצרים, הידועים כרכיבי זיהוי B. פקטור שעתוק II B, מרכיב חשוב המעורב בהרכבת מכונות השעתוק בתיבת TATA, נקשר לרכיבי B אלה.

רכיב היוזם, המורכב מהרצף המנוון YYANWYY*, מכיל את אתר התחלת התעתוק. במורד הזרם של האלמנט היוזם הוא מוטיב אופייני נוסף, המכונה אלמנט מקדם במורד הזרם (DPE), המורכב מהרצף המנוון RGWYVT. תיבת TATA ו- DPE מווסתים סוגים דומים של גנים, ומקדם אאוקריוטי יכול להיות תיבת TATA או DPE. הרכיב היוזם יכול לתפקד בסינרגיה עם תיבת TATA או DPE כדי לווסת את התמלול.

איי CpG הם סוג נוסף של מוטיב מקדם ליבה המווסת את הביטוי של סוגים אחרים של גנים, כמו גנים של משק בית, הדורשים ביטוי קבוע בכמויות קטנות. הם נקראים איי CpG מכיוון שהם מכילים רצפים עשירים בציטוזין, ואחריו גואנין. האות "p" מייצגת את קשר הפוספודיסטרים המקשר בין C ל-G. איי CpG ידועים גם כמתרחשים באזורים קדמיים דיסטליים.

*קודי R עבור A או G; קודי W עבור A או T; קודי Y עבור C או T; קודי V עבור A או G או C; וקודי N עבור כל אחד מארבעת הבסיסים.