JoVE Logo
Authors
Contact Us

Sign In

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

In This Article

  • Erratum Notice
  • Summary
  • Abstract
  • Introduction
  • Protocol
  • תוצאות
  • Discussion
  • Disclosures
  • Acknowledgements
  • Materials
  • References
  • Erratum
  • Reprints and Permissions

Erratum Notice

Important: There has been an erratum issued for this article. Read More ...

Summary

כאן, אנו מציגים פרוטוקול להמרת תמונות מיקרוסקופיות של פיטופלנקטון לגרפיקה וקטורית ודפוסים חוזרים כדי לאפשר הדמיה של שינויים בטקסי פיטופלנקטון ובביומסה במשך 60 שנה. פרוטוקול זה מייצג גישה שניתן להשתמש בה עבור סדרות זמן פלנקטון אחרות ומערכי נתונים ברחבי העולם.

Abstract

סדרות זמן אוקיינוגרפיות מספקות נקודת מבט חשובה על תהליכים סביבתיים במערכות אקולוגיות. סדרת זמן הפלנקטון לטווח ארוך של מפרץ נרגנסט (NBPTS) במפרץ נרגנסט, רוד איילנד, ארה"ב, מייצגת את אחת מסדרות הזמן הפלנקטון הארוכות ביותר מסוגה בעולם (1959-היום) ומציגה הזדמנות ייחודית לדמיין שינוי ארוך טווח במערכת אקולוגית מימית. פיטופלנקטון מייצגים את בסיס מארג המזון ברוב המערכות הימיות, כולל מפרץ נראגנסט. לכן, העברת חשיבותם ל-2.4 מיליארד בני האדם החיים באוקיינוס החופי היא קריטית. פיתחנו פרוטוקול במטרה להמחיש את המגוון והגודל של פיטופלנקטון על ידי שימוש ב-Adobe Illustrator כדי להמיר תמונות מיקרוסקופיות של פיטופלנקטון שנאספו מה-NBPTS לגרפיקה וקטורית שניתן להתאים לדפוסים חזותיים שחוזרים על עצמם לאורך זמן. טקסים שופעים מספרית או כאלה שהיוו איומים כלכליים ובריאותיים, כגון טקסי פריחת האצות המזיקה, Pseudo-nitzschia spp., נבחרו להמרת תמונות. לאחר מכן נוצרו דפוסים של תמונות פיטופלנקטון שונות בהתבסס על השפע היחסי שלהן במשך עשורים נבחרים של נתונים שנאספו (שנות ה-70, ה-90 וה-2010). דפוסים דקדליים של ביומסה של פיטופלנקטון השפיעו על קווי המתאר של כל עשור, בעוד ששיפוע צבע רקע מכחול לאדום שימש כדי לחשוף עליית טמפרטורה ארוכת טווח שנצפתה במפרץ נרגנסט. לבסוף, הודפסו לוחות גדולים בגודל 96 אינץ' על 34 אינץ' עם תבניות פיטופלנקטון חוזרות ונשנות כדי להמחיש שינויים אפשריים בשפע הפיטופלנקטון לאורך זמן. פרויקט זה מאפשר הדמיה של שינויים מילוליים בביומסה של פיטופלנקטון, שהם בדרך כלל בלתי נראים לעין בלתי, תוך מינוף נתוני סדרות בזמן אמת (למשל, ביומסה של פיטופלנקטון ושפע) בתוך יצירת האמנות עצמה. הוא מייצג גישה שניתן להשתמש בה עבור סדרות זמן פלנקטון רבות אחרות עבור הדמיית נתונים, תקשורת, חינוך ומאמצי יישוג.

Introduction

פיטופלנקטון הם יצרנים ראשוניים המייצגים את בסיס מארג המזון במערכות אקולוגיות ימיות 1,2. בעוד שתוכניות ניטור פיטופלנקטון הן המפתח לזיהוי שינויים נוכחיים ועתידיים במערכות אקולוגיות ימיות, התמיכה בהן פוחתת עם הזמן 3. בשל זמני הייצור הקצרים יחסית שלהם והניידות המוגבלת שלהם, פיטופלנקטון מגיבים במיוחד לשינויי אקלים, מה שהופך אותם לכלי חשוב בניטור סדרות זמן. סדרות הזמן של פיטופלנקטון חשובות גם לניהול מבוסס מערכות אקולוגיות של זמינות משאבים ומתן הקשר לאירועים אפיזודיים, כגון גלי חום ימיים4. סדרות זמן קצרות טווח, בעניין של שנים, מספקות תובנות לגבי רצף קהילתי של פיטופלנקטון ודינמיקה עונתית (למשל, ref.5,6), בעוד שסדרות זמן ארוכות טווח, כגון סדרות הזמן האטלנטי של ברמודה (BATS) וסדרות הוואי אושן טיימס (HOTS), משתרעות על פני יותר משני עשורים ומאפשרות לזהות מגמות ארוכות טווח 7,8. מחקרים כאלה ממחישים את התועלת והחשיבות של תיעוד פיטופלנקטון פתור, להבנה מלאה של שינויים ארוכי טווח במערכות אקולוגיות בסביבות ימיות דינמיות. יתר על כן, הדמיה ותקשורת של השינויים האלה בפיטופלנקטון, שלא ניתן לראותם בעין בלתי, קשים יותר להבנה מאשר עבור אורגניזמים גדולים ונראים בקלות, כמו דגים ולווייתנים. הדמיות ממוחשבות מציעות טכניקה לחקור מערכי נתונים מורכבים9 וגרפיקה משופרת להמחשה הופכת לזמינה (למשל, רשת אינטגרציה ויישומים, המרכז למדעי הסביבה באוניברסיטת מרילנד). עם זאת, רוב המחקרים באקולוגיה של פיטופלנקטון, כולל רבים המוזכרים כאן, עדיין מציגים תוצאות רק כגרפים של נתונים המפחיתים את נגישותם לקהל הרחב. בהתחשב בכך שפיטופלנקטון מייצגים את הבסיס של מארג המזון ברוב המערכות הימיות, העברת חשיבותם לכמעט 2.4 מיליארד בני אדם החיים באוקיינוס החופי היא קריטית10. כאן, פיתחנו פרוטוקול במטרה להמחיש את המגוון והגודל של פיטופלנקטון, כפי שנאסף על ידי תוכנית ניטור פיטופלנקטון.

סדרת זמן הפלנקטון של מפרץ נרגנסט (NBPTS) מספקת פרספקטיבה ארוכת טווח של 60+ שנה (1959-הווה) על ההשפעות של שינוי גלובלי בהקשר אקלימי על שפע פיטופלנקטון, עונתיות ופנולוגיה (תולדות חיים). מפרץ נרגנסט (באנגלית: Narragansett Bay) הוא שפך חוף המחובר למערכות הרחבות יותר של המדף הצפון-מזרחי של ארצות הברית וצפון-מערב האוקיינוס האטלנטי, אשר לייצורו השלכות חשובות על דיג ושימוש אנושי לאורך חופי ארצות הברית.11. NBay נחשבת למערכת עונתית מאוד החווה התחממות מים ארוכת טווח (1950-2015) באזור, כמו גם שינויים בחומרים מזינים ועלייה בצלילות המים12,13. בנוסף, חלה ירידה בביומסה של פיטופלנקטון ב-NBay העליון הקשורה לירידה אנתרופוגנית בחנקן אנאורגני מומס, המיוחסת בחלקה לשדרוגים במתקני טיהור שפכים12. שינויים בטקסי פיטופלנקטון, במיוחד פריחות אצות מזיקות (HABs), מתרחשים גם ב-NBay. Pseudo-nitzschia spp., המייצרת פריחות רעילות נרחבות באזורים מתפתחים לאורך החוף המערבי של ארה"ב, הובילה לסגירת רכיכות בולטות לראשונה בהיסטוריה של NBay בשנים 2016 ו-2017 14,15,16. העברת שינויים אלה לקהלים מגוונים חשובה להגברת האוריינות המדעית ולקידום תמיכה מתמשכת במחקרי ניטור פיטופלנקטון.

מטרת הפרויקט הייתה להשתמש בתמונות מיקרוסקופיות של פיטופלנקטון מ-NBay, כמו גם בנתונים שסונתזו מ-NBPTS, כדי להמחיש את השינויים המילוליים בטקסי פיטופלנקטון ובביומסה המתרחשים ב-NBay כדי לתקשר ולהגביר את חשיבות הפיטופלנקטון לקהל הרחב. NBPTS מספק 60+ שנים של ספירות פיטופלנקטון שבועיות זמינות לציבור וביומסה כדי למנף נתונים מ (https://web.uri.edu/gso/research/plankton/). התוצר הסופי היה ציור קיר גדול של תבניות פלנקטון המייצגות את נתוני סדרות הזמן (למשל, ביומסה של פיטופלנקטון וטקסה, טמפרטורה) בתוך יצירת האמנות עצמה. גישה זו מייצגת שיטת ויזואליזציה שניתן להשתמש בה עבור סדרות זמן פלנקטון רבות אחרות ברחבי העולם וניתן להתאים אותה לתוכניות ניטור עם נתונים עונתיים קצרי טווח גם כן. היתרונות של יישום פרוטוקול זה כוללים הגדלת המאמצים בהדמיית נתונים, תקשורת מדעית, חינוך ומעורבות עם קהילות מקומיות.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

1. המרת תמונות פיטופלנקטון לגרפיקה וקטורית

  1. בחרו תמונות מיקרוסקופיות של פיטופלנקטון שנלקחו מסדרת זמן הפלנקטון לטווח ארוך של מפרץ נראגנסט (NBPTS) כקבצים .JPG, .PNG או .PDF (איור 1A).
    הערה: טקסים כוללים Thalassiosira nordenskioeldii, Thalassionema nitzschioides, Tripos spp., Odontella aurita, קומפלקס מיני שלד, Chaetoceros diadema, Eucampia zodiacus, Dinophysis spp. ו - Pseudo-nitzschia spp. התמונות צולמו במיקרוסקופ אור.
  2. פתח עורך גרפי וקטורי ספציפי או את המאייר המשמש למחקר זה (ראה טבלת חומרים). תוכנת גרפיקה וקטורית הוזכרה כמאיירת בהמשך כתב היד.
  3. מקם תמונה .JPG או .PNG מיקרוסקופית בסביבת העבודה של Illustrator באמצעות פתיחת קובץ מהמחשב או גרירה ושחרור שלו בסביבת עבודה חדשה.
  4. עבור אל תצוגה > הצג רשת שקיפות כדי לחשוף את רקע לוח המשבצות המציין שקיפות.
  5. לחץ על Window > Image Trace בתפריט הנפתח כדי לפתוח את החלון Image Trace.
  6. לחץ על הכלי בחירה (חץ שחור) בסרגל הכלים ולחץ על תמונת הפיטופלנקטון.
  7. לחץ על אובייקט > הרחב בתפריט הנפתח.
  8. השתמשו בכלי בחירה ישירה (חץ לבן) בסרגל הכלים כדי ללחוץ ולבחור בחלקי הרקע של התמונה כדי להיפטר מהם מסביב לפיטופלנקטון. הקש delete.
  9. חזרו על הפעולה לכל אחד מאזורי הרקע בתמונה.
  10. לחץ על File > Export כדי לשמור את הקובץ כקובץ .PNG. ודא שהתיבה שקוף רקע נבחרה.
  11. מקם .PNG תמונה מיקרוסקופית עם רקע שהוסר למרחב עבודה חדש ב- Illustrator על-ידי פתיחת הקובץ מהמחשב או גרור ושחרר אותו לסביבת עבודה חדשה.
  12. לחץ על Window > Image Trace בתפריט הנפתח כדי לפתוח את החלון Image Trace.
  13. תחת האפשרויות 'מעקב אחר תמונות', לחצו על 'קביעה מוגדרת מראש > סמל ומצב בשחור-לבן ' >'-לבן'.
  14. השתמשו ב'סף' וכן באפשרויות 'מתקדם' (כלומר, נתיבים, פינות ורעש) כדי למקד את התמונה.
  15. תחת מאפיינים, בחר הרחב כדי להפוך אותו לווקטורי.
  16. בחר View > Show Transparency Grid.
  17. לחץ על התמונה הווקטורית ולאחר מכן לחץ לחיצה ימנית ובחר פרק קבוצה.
  18. בחרו בכלי בחירה ישירה (חץ לבן) בסרגל הכלים. גרור וצייר תיבה מסביב לרווח הלבן בלבד. הקש Delete כדי להסיר אותו.
  19. חזור על הפעולה עד להסרת כל הרווח הלבן.
  20. לחץ על קובץ > שמירה בשם ובחר . EPS לשמירה כגרפיקה וקטורית.
  21. חזרו על הפעולה עבור טקסי פיטופלנקטון מ-1.1 (איור 1B).

2. יצירת תבניות פיטופלנקטון

  1. השתמש בנתוני ספירת פיטופלנקטון ממערך הנתונים NBPTS כדי לקבוע את השפע הממוצע של כל טקסון בין השנים 1970-1979 (שנות ה-70), 1990-1999 (שנות ה-90) ו-2010-2019 (שנות ה-2010).
  2. חשב ממוצע ± סטיית תקן עבור כל טקסה פיטופלנקטון עבור כל עשור בתוכנה סטטיסטית על ידי לחיצה או הקלדה 'mean() ו- sd()'.
  3. לחץ או הקלד 'aov() ' כדי להשתמש ב- ANOVA כדי לבדוק הבדלים משמעותיים בין עשרות שנים בתוכנה סטטיסטית.
    הערה: לחלק מהמינים (למשל, Tripos spp., Chaetoceros diadema) אין מדגם גדול מספיק בשנות התשעים. במקרה זה, לחץ או הקלד 't.test()' בתוכנה סטטיסטית כדי להשוות את השפע הממוצע בשנות השבעים לשנות ה -2010.
  4. השתמשו בכלי 'משטח יצירה' (ריבוע) בסרגל הכלים כדי ללחוץ וליצור משטח יצירה חדש בסביבת עבודה חדשה של המאייר הספציפי ששימש במחקר זה.
  5. צרו שלושה משטחי יצירה זהים באותו גודל. התאם את הגודל בתוך מאפיינים > שינוי צורה.
    הערה: עבור פרויקט זה, משטחי יצירה עבור תמונות פיטופלנקטון היו בגודל 1224 פיקסלים על 545 פיקסלים.
  6. גרור ושחרר את הסמל . קובצי EPS של טקסי הפיטופלנקטון השונים על שלושת משטחי היצירה.
  7. צבעו את הפיטופלנקטון בצבעים שונים המייצגים את העשור על ידי שימוש בכלי בחירה ישירה (חץ לבן) כדי לצייר תיבה סביב פיטופלנקטון בודד.
  8. תחת מאפיינים, בחר מילוי ולאחר מכן לחץ על הצבע הרצוי מלוח הצבעים. הקש Enter כדי למלא את הווקטור.
  9. השתמשו בכלי הבחירה (חץ שחור) לסימון פיטופלנקטון מסוים ולאחר מכן בחרו 'עריכה' >'העתקה ועריכה > הדבק'.
  10. הדביקו כל וקטור פיטופלנקטון באופן איכותי בהתבסס על הפרופורציות היחסיות של כל טקסה במערך הנתונים, כפי שנקבע ב-2.2 עבור כל אחד משלושת העשורים (איור 1C).
    הערה: שפע הפיטופלנקטון בכל פאנל הוא ייצוג איכותי של טבלה 1. לדוגמה, אם נצפה שפע גבוה יותר של Pseudo-nitzschia spp. בשנות ה-2010 מאשר בשנות ה-90, העתיקו יותר גרפיקה פסאודו-ניצשיה למשטח היצירה של 2010 מאשר למשטח היצירה של 1990.
  11. בחרו 'עצם' > 'דוגמת מילוי' > 'צור' ליצירת דוגמית צבע של דוגמת מילוי פיטופלנקטון לכל אחד משלושת העשורים.

3. שילוב ביומסה של פיטופלנקטון ונתוני טמפרטורה

  1. לחץ או הקלד 'mean()' כדי לחשב את ממוצע הכלורופיל a (chl a, פרוקסי לביומסה של פיטופלנקטון) עבור כל שבוע בכל עשור בתוכנה סטטיסטית.
  2. לחץ או הקלד 'plot()' בתוכנה סטטיסטית כדי לגרף את הביומסה הדקדלית הממוצעת (משתנה תלוי) בכל שבוע (משתנה בלתי תלוי) ולחץ על שמור את הגרף כ.JPG או .PNG.
  3. מקם .JPG או .PNG של ה- chl דמות ביומסה דקדלית בסביבת העבודה של illustrator על-ידי פתיחת הקובץ מהמחשב או גרור ושחרר אותו לסביבת עבודה חדשה.
  4. חזור על שלבים 1.3 עד 1.8 כדי לבצע וקטוריזציה של כל אחד משלושת המחזורים העונתיים של chl a .
    1. עבור אל הצג > הצג רשת שקיפות כדי לחשוף את רקע לוח המשבצות המציין שקיפות.
    2. לחץ על Window > Image Trace בתפריט הנפתח כדי לפתוח את החלון Image Trace.
    3. לחץ על הכלי בחירה (חץ שחור) בסרגל הכלים ולחץ על התמונה.
    4. לחץ על אובייקט > הרחב בתפריט הנפתח.
    5. השתמשו בכלי בחירה ישירה (חץ לבן) בסרגל הכלים כדי ללחוץ ולבחור בחלקי הרקע של התמונה כדי להיפטר מהם מסביב לקו המציין את המחזור העונתי. הקש delete. חזור על הפעולה עבור כל אזור רקע באיור.
    6. לחץ על File > Export כדי לשמור את הקובץ כקובץ .PNG. ודא שהתיבה שקוף רקע נבחרה.
    7. מקם דמות .PNG עם רקע שהוסר לסביבת עבודה חדשה של המאייר הספציפי שנעשה בו שימוש על-ידי פתיחת הקובץ מהמחשב או גרירה ושחרור שלו לסביבת עבודה חדשה.
    8. לחץ על חלון > מעקב אחר תמונות בתפריט הנפתח כדי לפתוח את חלון מעקב אחר תמונות.
    9. תחת מאפיינים, בחר הרחב כדי להפוך אותו לווקטורי.
    10. בחר View > Show Transparency Grid.
    11. לחץ על התמונה הווקטורית ולאחר מכן לחץ לחיצה ימנית ובחר פרק קבוצה.
    12. בחרו בכלי בחירה ישירה (חץ לבן) בסרגל הכלים. גרור וצייר תיבה מסביב לרווח הלבן בלבד. הקש Delete כדי להסיר אותו.
    13. חזור על הפעולה עד שכל הרווח הלבן יוסר עבור כל אחת מהשורות משנות השבעים, התשעים וה-2010.
    14. לחץ על קובץ > שמירה בשם ובחר . EPS כדי לשמור כל שורה כגרפיקה וקטורית נפרדת.
  5. השתמשו בכלי 'משטח יצירה' (ריבוע) בסרגל הכלים כדי ללחוץ על גרירה וליצור משטח יצירה חדש בסביבת עבודה חדשה של Illustrator.
  6. צרו שלושה משטחי יצירה זהים באותו גודל. התאם את הגודל בתוך מאפיינים > שינוי צורה.
    הערה: עבור פרויקט זה, הממדים היו 1224 פיקסלים על 3456 פיקסלים.
  7. גרור ושחרר אחד מה- chl a . קובצי EPS באחד משלושת משטחי היצירה, בהתאמה.
  8. צרו שכבה חדשה על ידי לחיצה על 'סמל הפתק הנדבק'.
  9. צרו מלבן בתוך השכבה החדשה בעזרת הכלי מלבן מסרגל הכלים.
  10. מלאו את המלבן במעבר צבע כחול בהיר בעזרת הכלי מעבר צבע מסרגל הכלים.
  11. העתק את קו המגמה הווקטורי והוסף אותו לשכבה עם המלבן בתוכו.
  12. השתמש בכלי 'מקטע קו' מסרגל הכלים כדי ליצור תיבה המחוברת לקו המגמה. החזק את מקש Shift לחוץ כדי להפוך את הקווים לישרים ומיושרים.
  13. הקש על מקש הבקרה ובחר את כל הרכיבים, כולל הקווים, המלבן וקו המגמה בתוך השכבה.
  14. בחרו 'עצם' > 'נתיב מסיכה' > 'צור'. פעולה זו תסיר את המילוי העליון של הצורה.
  15. מלא את הצורה בתבנית פיטופלנקטון שנשמרה כדוגמית צבע מ- 2.11.
  16. חזור על תהליך זה עבור כל אחד משלושת העשורים.
  17. חזור על שלבים 3.9 ו- 3.10 כדי ליצור מלבן בצבע עם שיפוע צבע אדום לכחול כדי לייצג את טמפרטורת המים המתחממת על פני שלושת לוחות הדקדל.
  18. לחץ לחיצה ימנית על האובייקט והזז אותו בחזרה מאחורי תבניות הפיטופלנקטון.

4. הוספת פרטים ללוחות פיטופלנקטון

  1. להוספת תמונות של פיטופלנקטון מצולם לתבניות הפיטופלנקטון, בחרו 'פתח ' ולחצו על קובץ התמונה כדי לפתוח אותו במאייר המשמש כאן.
  2. צרו עיגול בעזרת הכלי אליפסה מסרגל הכלים וכיסו אותו על גבי תמונת הפיטופלנקטון.
  3. החזק את מקש Shift כדי לבחור הן את הצורה והן את התמונה, ולאחר מכן בתפריט לחץ על אובייקט > נתיב מסיכה > לעשות כדי למלא את הצורה עם התמונה.
  4. חזור על תמונות פיטופלנקטון נבחרות ופזר על פני שלושת העשורים כדי להיראות כמו זכוכית מגדלת שמתקרבת לפיטופלנקטון הממחיש (איור 1D).
    הערה: ניתן לחזור על שלבים 1.3 עד 1.8 כדי להוסיף אלמנטים אמנותיים של סירות וציפורים לפאנלים כדי לגרום ל- CHL מחזורים עונתיים להיראות כמו גלי אוקיינוס.
  5. השתמשו בכלי 'מלבן' מסרגל הכלים כדי ליצור תיבת מלל בכל אחד ממשטחי היצירה של העשור.
  6. השתמש בכלי 'סוג' (T) כדי ללחוץ ולהקליד טקסט אינפורמטיבי על כל עשור. הוסף טקסט בראש כל עשור עם שם העשור והוסף את שמות העונות המתאימות בתחתית כל אחד משלושת הלוחות.
  7. שמור את מרחב העבודה ב- Illustrator.

5. הפקת ציורי קיר

  1. ייבא את קובץ illustrator שנשמר ובחר לייבא רק את שלושת העשורים שהושלמו. בחר הכל וייצא כקובץ .PDF.
  2. פתחו את דוגמת הפלנקטון .PDF הקובץ בעזרת פלוטר בפורמט גדול כדי לשנות את קנה המידה של שלושת משטחי היצירה הדקדליים לחלוניות בגודל 96 אינץ' על 34 אינץ'.
  3. הדפס לוחות על נייר חומר כבד והתקן עם חומרה תלויה.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

תוצאות

התוצאות מתעדות ירידה בביומסה של פיטופלנקטון משנות ה-70 עד שנות ה-90 עד שנות ה-2010 (איור 1). כל העשורים הציגו שיא בימודאלי בריכוז כלורופיל A (chl a), כאשר השיא הראשון התרחש בחורף והשני התרחש בקיץ. שנות השבעים הציגו ממוצע גבוה יותר של chl a בחורף מאשר בקיץ. לעומת זאת, שנות ה...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

שלבים קריטיים של הפרוטוקול כוללים השגת תמונות מיקרוסקופיות של פיטופלנקטון והמרתן לגרפיקה וקטורית. הפיכת התמונות של phytoplankton, אשר אינם מורגשים לעין בלתי, גדול מספיק כדי להיראות ללא זכוכית מגדלת על ציור הקיר, עוזר להביא אותם לחיים עבור הצופה. כדי להשיג ציור קיר זה לא רק כיצירת אמנות אלא גם כש?...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

למחברים אין ניגודי עניינים להצהיר.

Acknowledgements

מחקר זה נתמך על ידי הקרן הלאומית למדע (OIA-1655221, OCE-1655686) ורוד איילנד סי גרנט (NA22-OAR4170123, RISG22-R/2223-95-5-U). אנו מודים לקברניטים הרבים על הסיוע בשטח ולסטודנטים ולחוקרים הרבים שאספו נתונים מאז 1970. אנו מודים לסטיוארט קופלנד וג'ורג'יה רודס על פיתוח פרויקט Vis-A-Thon שהפיק את ציור הקיר פלנקטון, כמו גם לרפאל אטיאס מבית הספר לעיצוב רוד איילנד על הליווי האמנותי שלו במהלך פיתוח הפרויקט.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

NameCompanyCatalog NumberComments
Adobe IllustratorAdobeversion 23.0.6Free alternatives include: Inkscape, GIMP, Vectr, Vectornator
Eclipse E800NikonECLIPSE Ni/Ci Upright MicroscopeNow succeeded by Eclipse Ni-U
Epson Large Format PrinterEpsonSCT5475SR
Heavy Matte PaperEpsonS041596
RStudioRstudio, PBCversion 2022.07.1Any statistical software tool will suffice

References

  1. Cloern, J. E., Jassby, A. D. Complex seasonal patterns of primary producers at the land-sea interface. Ecology Letters. 11 (12), 1294-1303 (2008).
  2. Cloern, J. E., Jassby, A. D. Patterns and Scales of Phytoplankton Variability in Estuarine-Coastal Ecosystems. Estuaries and Coasts. 33 (2), 230-241 (2010).
  3. Hays, G. C., Richardson, A. J., Robinson, C. Climate change and marine plankton. Trends in Ecology & Evolution. 20 (6), 337-344 (2005).
  4. Harvey, C. J., et al. The importance of long-term ecological time series for integrated ecosystem assessment and ecosystem-based management. Progress in Oceanography. 188, 102418(2020).
  5. Leeuwe, M. A., et al. Annual patterns in phytoplankton phenology in Antarctic coastal waters explained by environmental drivers. Limnology and Oceanography. 65 (7), 1651-1668 (2020).
  6. Hunter-Cevera, K. R., et al. Physiological and ecological drivers of early spring blooms of a coastal phytoplankter. Science. 354 (6310), 326-329 (2016).
  7. Church, M. J., Lomas, M. W., Muller-Karger, F. Sea change: Charting the course for biogeochemical ocean time-series research in a new millennium. Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography. 93, 2-15 (2013).
  8. Bates, N. R., Johnson, R. J. Acceleration of ocean warming, salinification, deoxygenation and acidification in the surface subtropical North Atlantic Ocean. Communications Earth & Environment. 1 (1), 33(2020).
  9. Wolanski, E., Spagnol, S., Gentien, P., Spaulding, M., Prandle, D. Visualization in Marine Science. Estuarine, Coastal and Shelf Science. 50 (1), 7-9 (2000).
  10. United Nations. Factsheet: People and Oceans (2017). , The Ocean Conference. New York. https://www.un.org/sustainabledevelopment/wp-content/uploads/2017/05/Ocean-fact-sheet-package.pdf (2017).
  11. Oviatt, C. A. The changing ecology of temperate coastal waters during a warming trend. Estuaries. 27 (6), 895-904 (2004).
  12. Oviatt, C., et al. Managed nutrient reduction impacts on nutrient concentrations, water clarity, primary production, and hypoxia in a north temperate estuary. Estuarine, Coastal and Shelf Science. 199, 25-34 (2017).
  13. Fulweiler, R. W., Oczkowski, A. J., Miller, K. M., Oviatt, C. A., Pilson, M. E. Q. Whole truths vs. half truths - And a search for clarity in long-term water temperature records. Estuarine, Coastal and Shelf Science. 157, A1-A6 (2015).
  14. Trainer, V. L., et al. Pseudo-nitzschia physiological ecology, phylogeny, toxicity, monitoring and impacts on ecosystem health. Harmful Algae. 14, 271-300 (2012).
  15. Sterling, A. R., et al. Emerging harmful algal blooms caused by distinct seasonal assemblages of a toxic diatom. Limnology and Oceanography. 67 (11), 2341-2359 (2022).
  16. Roche, K. M., Sterling, A. R., Rynearson, T. A., Bertin, M. J., Jenkins, B. D. A Decade of Time Series Sampling Reveals Thermal Variation and Shifts in Pseudo-nitzschia Species Composition That Contribute to Harmful Algal Blooms in an Eastern US Estuary. Frontiers in Marine Science. 9, 889840(2022).
  17. Li, Qi Data visualization as creative art practice. Visual Communication. 17 (3), 299-2222312 (2018).
  18. Cloern, J. E., et al. Projected Evolution of California's San Francisco Bay-Delta-River System in a Century of Climate Change. PLoS ONE. 6 (9), e24465(2011).
  19. Bashevkin, S. M., et al. Five decades (1972-2020) of zooplankton monitoring in the upper San Francisco Estuary. PLOS ONE. 17 (3), e0265402(2022).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Erratum


Formal Correction: Erratum: Visualizing Oceanographic Data to Depict Long-term Changes in Phytoplankton
Posted by JoVE Editors on 1/01/1970. Citeable Link.

An erratum was issued for: Visualizing Oceanographic Data to Depict Long-term Changes in Phytoplankton. The Authors section was updated from:

Patricia S. Thibodeau1
Jongsun Kim2
1Graduate School of Oceanography, University of Rhode Island
2School of Earth, Environmental and Marine Sciences, The University of Texas - Rio Grande Valley

to:

Patricia S. Thibodeau1
Jongsun Kim2
1School of Marine and Environmental Programs, University of New England
2School of Earth, Environmental and Marine Sciences, The University of Texas - Rio Grande Valley

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Explore More Articles

Adobe IllustratorSpp

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Contact Us

Recommend to library

JoVE NEWSLETTERS

Research

Education

Authors

Librarians

ABOUT JoVE

Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved