כדי להתחיל, להשתמש קרם שוחק קלות לנקות את העור בתוך האמה. התחל מקמט כיפוף שורש כף היד, והתרחב לשישה סנטימטרים פרוקסימליים בקירוב. יש להרחיב את הניקוי לאזור מקו האמצע של שורש כף היד ועד לצד הרדיאלי של האמה.
נגבו את השאריות באמצעות פד להכנת אלכוהול. לאחר מכן, החל את ג'ל המוליך על אלקטרודת בר מגרה לשימוש חוזר. השתמש מספיק ג'ל כדי לכסות את דיסקיות המתכת של נקודות המגע האנודליות והקתודאליות.
הניחו את האלקטרודה המגרה בצד פאלמר של פרק כף היד כאשר הקתודה קרובה לאנודה. מניחים את הקתודה מעט מדיאלית ופרוקסימלית לתהליך הסטילואיד הרדיאלי. על המגרה ההיקפי, הגדר את בורר סוג הגירוי שני מונופאזיים, משך הגירוי ל 200 מיקרו-שניות, ובחר מתח ואמפראז' מתאימים, בדוק פעמיים את כל גורמי הכפל, תוך כדי החזקת האלקטרודה המעוררת, ספק גירוי חשמלי יחיד על ידי לחיצה על מתג ההדק על מגרה הזרם הקבוע.
לאחר מכן בדוק חזותית את שריר החוטף pollicis brevis, או שריר APB, ואת האלקטרומיוגרפיה, או תצוגת EMG, עבור עדות להתכווצות שריר. התכווצות השריר, הידועה גם בשם גל M, נגרמת על ידי הפעלה ישירה של האקסון המוטורי על ידי הגירוי החשמלי ואמורה להתרחש בין שש לתשע אלפיות השנייה לאחר חפץ הגירוי החשמלי ההיקפי. אם אין עדות להתכווצות שרירים, שאלו את המשתתפים אם הם הרגישו תחושת עקצוץ מקרינה לכיוון האצבעות או מיד מתחת לאלקטרודה.
אם המשתתף אינו מדווח על תחושה או מוגבל לעור שמתחת לאלקטרודה, יש להגדיל את הזרם במרווחים של 0.05 עד שהמשתתף מדווח על תחושת עקצוץ המקרינה עד לאצבעות או לאגודל. אם המשתתף מדווח על תחושת הקרנה בספרה שאינה האגודל, מקם מחדש את האלקטרודה על ידי הזזתה רדיאלית עד שהתחושה מקרינה לאגודל. לאחר קביעת המיקום האופטימלי של האלקטרודה המעוררת, הצמידו את האלקטרודה לפרק כף היד באמצעות שלוש פיסות נייר דבק.
מקם את החתיכה הראשונה מעל מרכז האלקטרודה, ולאחר מכן השתמש בחתיכות השנייה והשלישית כדי לאבטח את החלק העליון והתחתון של האלקטרודה. לאחר אבטחת האלקטרודה, בקשו מהמשתתפים להניח את כיוון הגפיים הרצוי לשימוש במהלך גירוי TMS. בדוק כדי לוודא שעדיין נוצר עווית באגודל.